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- PDB-7co5: HtrA-type protease AlgW with decapeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7co5
タイトルHtrA-type protease AlgW with decapeptide
要素
  • AlgW protein
  • decapeptide SVRDELRWVF
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / AlgW protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.345 Å
データ登録者Li, T. / Song, Y.J. / Bao, R.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: Molecular Basis of the Versatile Regulatory Mechanism of HtrA-Type Protease AlgW from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Li, T. / Song, Y. / Luo, L. / Zhao, N. / He, L. / Kang, M. / Li, C. / Zhu, Y. / Shen, Y. / Zhao, C. / Yang, J. / Huang, Q. / Mou, X. / Zong, Z. / Yang, J. / Tang, H. / He, Y. / Bao, R.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: decapeptide SVRDELRWVF
H: AlgW protein
A: decapeptide SVRDELRWVF
B: AlgW protein
C: decapeptide SVRDELRWVF
D: AlgW protein
E: decapeptide SVRDELRWVF
F: AlgW protein
I: decapeptide SVRDELRWVF
J: AlgW protein
K: decapeptide SVRDELRWVF
L: AlgW protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,25018
ポリマ－246,83512
非ポリマー4156
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26160 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area85340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.120, 130.837, 250.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 5 through 10)
21(chain C and resid 5 through 10)
31chain E
41chain G
51chain I
12chain B
22chain D
32chain F
42chain H
52chain J
62chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPHEPHE(chain A and resid 5 through 10)AC5 - 105 - 10
21GLUGLUPHEPHE(chain C and resid 5 through 10)CE5 - 105 - 10
31GLUGLUPHEPHEchain EEG5 - 105 - 10
41GLUGLUPHEPHEchain GGA5 - 105 - 10
51GLUGLUPHEPHEchain III5 - 105 - 10
12VALVALPROPROchain BBD53 - 37753 - 377
22VALVALPROPROchain DDF53 - 37753 - 377
32VALVALPROPROchain FFH53 - 37753 - 377
42VALVALPROPROchain HHB53 - 37753 - 377
52VALVALPROPROchain JJJ53 - 37753 - 377
62VALVALPROPROchain LLL53 - 37753 - 377

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
decapeptide SVRDELRWVF


分子量: 1308.485 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
AlgW protein / Probable periplasmic serine endoprotease DegP-like / Protease Do


分子量: 39830.680 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: algW, PA4446 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HVX1
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.93 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2% Tacsimate PH 7.0, 5% 2-Propanol, 0.1M Imidazole PH 7.0, 8% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.345→34.5 Å / Num. obs: 213255 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 14.08 Å2 / CC1/2: 0.796 / Net I/σ(I): 2.96
反射 シェル解像度: 2.345→2.429 Å / Num. unique obs: 11425 / CC1/2: 0.262

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SOZ

1soz


解像度: 2.345→34.5 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 3403 1.6 %
Rwork0.2681 209852 -
obs0.2684 213255 84.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.32 Å2 / Biso mean: 33.657 Å2 / Biso min: 0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.345→34.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14730 0 30 316 15076
Biso mean--33.14 23.43 -
残基数----1991
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A132X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
12C132X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
13E132X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
14G132X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
15I132X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
21B8921X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
22D8921X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
23F8921X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
24H8921X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
25J8921X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
26L8921X-RAY DIFFRACTION28.575TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3454-2.37890.35611090.3456692766
2.3789-2.41440.36631310.3588798378
2.4144-2.45210.35851310.349822379
2.4521-2.49230.37971330.376814679
2.4923-2.53530.44571270.3748806178
2.5353-2.58130.35141390.3351812078
2.5813-2.6310.35371360.3478817879
2.631-2.68470.4041220.3663810178
2.6847-2.7430.39111290.3565780075
2.743-2.80680.38211190.3519815279
2.8068-2.87690.40991370.3354823779
2.8769-2.95470.35771370.3304854083
2.9547-3.04160.36141450.3142880485
3.0416-3.13970.35321450.2977883486
3.1397-3.25180.34261500.2803909688
3.2518-3.38190.28071470.2554926589
3.3819-3.53570.28581470.2377926389
3.5357-3.72190.22931520.224947592
3.7219-3.95480.22761540.209925789
3.9548-4.25960.211590.1844961293
4.2596-4.68730.18481660.164992496
4.6873-5.36340.21351640.1802996496
5.3634-6.74910.24031620.2193980195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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