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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cnu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DLC2 in complex with BMF peptide | ||||||
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![]() | MOTOR PROTEIN / Dynein light chain 2 / Bcl-2-modifying factor | ||||||
機能・相同性 | ![]() myosin V complex / Activation of BMF and translocation to mitochondria / 9+0 non-motile cilium / ciliary tip / Intraflagellar transport / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoplasmic dynein complex / myosin complex / anoikis ...myosin V complex / Activation of BMF and translocation to mitochondria / 9+0 non-motile cilium / ciliary tip / Intraflagellar transport / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoplasmic dynein complex / myosin complex / anoikis / dynein intermediate chain binding / Macroautophagy / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / microtubule-based process / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / negative regulation of autophagy / RHO GTPases Activate Formins / positive regulation of protein-containing complex assembly / cilium / Aggrephagy / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / cellular response to UV / mitochondrial outer membrane / postsynapse / microtubule / cytoskeleton / positive regulation of apoptotic process / centrosome / glutamatergic synapse / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wen, Y. / Shao, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Non-canonical phosphorylation of Bmf by p38 MAPK promotes its apoptotic activity in anoikis. 著者: Zhi, Z. / Ouyang, Z. / Ren, Y. / Cheng, Y. / Liu, P. / Wen, Y. / Shao, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xqqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11250.780 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2033.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium chloride 0.1 M HEPES 7.0 20 % w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→41.93 Å / Num. obs: 19215 / % possible obs: 98.98 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.78 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 1908 / CC1/2: 0.951 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2XQQ 解像度: 2→41.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 10.969 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.342 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→41.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.049 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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