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- PDB-7cmm: Crystal structure of TEAD1-YBD in complex with K-975 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cmm
タイトルCrystal structure of TEAD1-YBD in complex with K-975
要素Transcriptional enhancer factor TEF-1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional enhancer factor TEF-1 / TEAD / TEAD1 / YAP binding domain / YBD / inhibitor / covalent binder
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly ...TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KK9 / Transcriptional enhancer factor TEF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tsuji, Y. / Suzuki, M. / Yasunaga, M. / Hamguchi, K. / Saito, J.
引用ジャーナル: Am J Cancer Res / 年: 2020
タイトル: The novel potent TEAD inhibitor, K-975, inhibits YAP1/TAZ-TEAD protein-protein interactions and exerts an anti-tumor effect on malignant pleural mesothelioma.
著者: Kaneda, A. / Seike, T. / Danjo, T. / Nakajima, T. / Otsubo, N. / Yamaguchi, D. / Tsuji, Y. / Hamaguchi, K. / Yasunaga, M. / Nishiya, Y. / Suzuki, M. / Saito, J.I. / Yatsunami, R. / Nakamura, ...著者: Kaneda, A. / Seike, T. / Danjo, T. / Nakajima, T. / Otsubo, N. / Yamaguchi, D. / Tsuji, Y. / Hamaguchi, K. / Yasunaga, M. / Nishiya, Y. / Suzuki, M. / Saito, J.I. / Yatsunami, R. / Nakamura, S. / Sekido, Y. / Mori, K.
履歴
登録2020年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
C: Transcriptional enhancer factor TEF-1
D: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4408
ポリマ－106,2814
非ポリマー1,1594
水724
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8602
ポリマ－26,5701
非ポリマー2901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8602
ポリマ－26,5701
非ポリマー2901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8602
ポリマ－26,5701
非ポリマー2901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8602
ポリマ－26,5701
非ポリマー2901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.990, 151.810, 67.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 210 through 226 or (resid 227...
21(chain B and (resid 210 through 227 or resid 236...
31(chain C and (resid 210 through 226 or (resid 227...
41(chain D and (resid 210 through 226 or (resid 227...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLU(chain A and (resid 210 through 226 or (resid 227...AA210 - 22614 - 30
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 210 through 226 or (resid 227...AA22731
13SERSERASPASP(chain A and (resid 210 through 226 or (resid 227...AA210 - 42614 - 230
14SERSERASPASP(chain A and (resid 210 through 226 or (resid 227...AA210 - 42614 - 230
15SERSERASPASP(chain A and (resid 210 through 226 or (resid 227...AA210 - 42614 - 230
16SERSERASPASP(chain A and (resid 210 through 226 or (resid 227...AA210 - 42614 - 230
27SERSERGLNGLN(chain B and (resid 210 through 227 or resid 236...BB210 - 22714 - 31
28LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 210 through 227 or resid 236...BB236 - 25340 - 57
29LEULEULEULEU(chain B and (resid 210 through 227 or resid 236...BB25458
210SERSERLYSLYS(chain B and (resid 210 through 227 or resid 236...BB210 - 42514 - 229
211SERSERLYSLYS(chain B and (resid 210 through 227 or resid 236...BB210 - 42514 - 229
212SERSERLYSLYS(chain B and (resid 210 through 227 or resid 236...BB210 - 42514 - 229
213SERSERLYSLYS(chain B and (resid 210 through 227 or resid 236...BB210 - 42514 - 229
314SERSERGLUGLU(chain C and (resid 210 through 226 or (resid 227...CC210 - 22614 - 30
315GLNGLNGLNGLN(chain C and (resid 210 through 226 or (resid 227...CC22731
316SERSERASPASP(chain C and (resid 210 through 226 or (resid 227...CC210 - 42614 - 230
317SERSERASPASP(chain C and (resid 210 through 226 or (resid 227...CC210 - 42614 - 230
318SERSERASPASP(chain C and (resid 210 through 226 or (resid 227...CC210 - 42614 - 230
319SERSERASPASP(chain C and (resid 210 through 226 or (resid 227...CC210 - 42614 - 230
420SERSERGLUGLU(chain D and (resid 210 through 226 or (resid 227...DD210 - 22614 - 30
421GLNGLNLYSLYS(chain D and (resid 210 through 226 or (resid 227...DD227 - 23631 - 40
422SERSERLYSLYS(chain D and (resid 210 through 226 or (resid 227...DD210 - 42514 - 229
423SERSERLYSLYS(chain D and (resid 210 through 226 or (resid 227...DD210 - 42514 - 229
424SERSERLYSLYS(chain D and (resid 210 through 226 or (resid 227...DD210 - 42514 - 229
425SERSERLYSLYS(chain D and (resid 210 through 226 or (resid 227...DD210 - 42514 - 229

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional enhancer factor TEF-1 / NTEF-1 / Protein GT-IIC / TEA domain family member 1 / TEAD-1 / Transcription factor 13 / TCF-13


分子量: 26570.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD1, TCF13, TEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28347
#2: 化合物
ChemComp-KK9 / N-[3-(4-chloranylphenoxy)-4-methyl-phenyl]propanamide


分子量: 289.757 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16ClNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, PEG 3350, Bis-Tris / PH範囲: 5.5-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→49.33 Å / Num. obs: 19877 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 18.6 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.546 / Rpim(I) all: 0.129 / Rrim(I) all: 0.562 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 369455 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.5-3.8319.53.299079146470.6140.7583.3771.399.7
8.57-49.3316.80.072498414840.9970.0170.07234.799.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KYS

3kys


解像度: 3.5→10 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 959 5.12 %
Rwork0.2337 17771 -
obs0.2363 18730 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 213.94 Å2 / Biso mean: 92.6784 Å2 / Biso min: 49.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6408 0 80 4 6492
Biso mean--90.11 53.7 -
残基数----803
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2300X-RAY DIFFRACTION7.013TORSIONAL
12B2300X-RAY DIFFRACTION7.013TORSIONAL
13C2300X-RAY DIFFRACTION7.013TORSIONAL
14D2300X-RAY DIFFRACTION7.013TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.680.39961500.37192357250795
3.68-3.890.33981430.33292525266899
3.89-4.170.34591360.27532505264199
4.17-4.560.25331100.206325832693100
4.56-5.140.24841290.175825632692100
5.14-6.20.25251560.205925682724100
6.2-100.24761350.205526702805100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.3445 Å / Origin y: -4.806 Å / Origin z: 11.0434 Å
111213212223313233
T0.9807 Å20.0197 Å20.0881 Å2-0.632 Å2-0.0667 Å2--0.2647 Å2
L0.7389 °2-0.8429 °20.5332 °2-3.6731 °2-1.2175 °2--0.1312 °2
S0.1043 Å °-0.0567 Å °-0.0217 Å °0.1871 Å °-0.1013 Å °0.048 Å °-0.1007 Å °-0.0494 Å °-0.0144 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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