[日本語] English
万見
- PDB-3kys: Crystal structure of human YAP and TEAD complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kys
タイトルCrystal structure of human YAP and TEAD complex
要素
  • 65 kDa Yes-associated protein
  • Transcriptional enhancer factor TEF-1
キーワードTRANSCRIPTION/PROTEIN BINDING / immunoglobulin-like fold / Activator / Disease mutation / DNA-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / polarized epithelial cell differentiation / bud elongation involved in lung branching / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription ...enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / polarized epithelial cell differentiation / bud elongation involved in lung branching / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / heart process / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell proliferation / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / intestinal epithelial cell development / tissue homeostasis / Formation of axial mesoderm / negative regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / proline-rich region binding / Signaling by Hippo / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / organ growth / negative regulation of epithelial cell differentiation / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / Zygotic genome activation (ZGA) / regulation of neurogenesis / somatic stem cell population maintenance / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / embryonic organ development / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / Nuclear signaling by ERBB4 / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to progesterone / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / wound healing / cellular response to gamma radiation / cell morphogenesis / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell-cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Virus Scaffolding Protein; Chain A / Virus Scaffolding Protein; Chain A - #10 / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain ...Virus Scaffolding Protein; Chain A / Virus Scaffolding Protein; Chain A - #10 / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Other non-globular / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Special / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional enhancer factor TEF-1 / Transcriptional coactivator YAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Li, Z. / Zhao, B. / Wang, P. / Chen, F. / Dong, Z. / Yang, H. / Guan, K.L. / Xu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)30870493 中国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the YAP and TEAD complex
著者: Li, Z. / Zhao, B. / Wang, P. / Chen, F. / Dong, Z. / Yang, H. / Guan, K.L. / Xu, Y.
履歴
登録2009年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年10月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_name_com.name / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.occupancy_max / _refine.occupancy_min / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_ls_sigma_I / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.solvent_model_param_bsol / _refine.solvent_model_param_ksol / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_diffrn_id / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.id / _struct_sheet.number_strands
解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: 65 kDa Yes-associated protein
C: Transcriptional enhancer factor TEF-1
D: 65 kDa Yes-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6824
ポリマ－77,6824
非ポリマー00
水93752
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: 65 kDa Yes-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8412
ポリマ－38,8412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional enhancer factor TEF-1
D: 65 kDa Yes-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8412
ポリマ－38,8412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.643, 110.503, 165.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-1 / NTEF-1 / Protein GT-IIC / TEA domain family member 1 / TEAD-1 / Transcription factor 13 / TCF-13


分子量: 25676.406 Da / 分子数: 2 / 断片: YAP binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: X=P1L / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD1, TCF13, TEF1 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28347
#2: タンパク質 65 kDa Yes-associated protein / ranscriptional coactivator YAP1 / Yes-associated protein 1 / Protein yorkie homolog / Yes- ...ranscriptional coactivator YAP1 / Yes-associated protein 1 / Protein yorkie homolog / Yes-associated protein YAP65 homolog


分子量: 13164.702 Da / 分子数: 2 / 断片: TEAD binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YAP1, YAP65 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46937
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate, 2M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 20593 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 44.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 3.91 / Num. unique obs: 20593 / % possible all: 83.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→40.16 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 1050 5.12 %
Rwork0.2277 19457 -
obs0.2296 20507 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 190.68 Å2 / Biso mean: 71.2349 Å2 / Biso min: 29.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→40.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4234 0 0 52 4286
Biso mean---64.77 -
残基数----518
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.930.3533960.31082058215485
2.93-3.080.35381290.29312412254198
3.08-3.270.36131420.273824272569100
3.28-3.530.29931280.256124702598100
3.53-3.880.28831360.220224452581100
3.88-4.440.26341210.199125252646100
4.44-5.60.19071440.187724972641100
5.6-40.160.25931540.23582623277799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4279-0.285-0.78592.41750.06564.8506-0.0815-0.00580.0398-0.07140.0646-0.1590.20140.25310.02070.3532-0.0931-0.08980.34220.07140.3591-12.79499.899918.753
23.39640.2805-1.2824.56630.57482.3333-0.2285-0.6405-1.01420.16880.0546-0.72590.67260.61610.09730.72450.0114-0.17020.63840.16160.6002-8.6757-1.285227.4797
32.46360.7516-0.60483.51870.27584.78540.0016-0.00860.1009-0.12430.05580.19620.1063-0.3846-0.01240.21170.0496-0.02220.3678-0.05550.3663-11.329611.2843-23.6735
43.2285-0.0115-0.76283.80130.31141.9668-0.38970.3414-0.8008-0.2120.30410.56420.5191-0.44660.07260.6428-0.0205-0.08350.6103-0.09080.5507-13.3367-0.555-32.8117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 195:411)A195 - 411
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 51:100)B51 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 194:411)C194 - 411
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 52:100)D52 - 100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る