PDB-7cm8: High resolution crystal structure of M92A mutant of O-acetyl-L-se...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cm8

タイトル

High resolution crystal structure of M92A mutant of O-acetyl-L-serine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae

要素

Cysteine synthase

キーワード

TRANSFERASE / Cysteine synthase / Substrate selection / mutant / Competetive allostery

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kaushik, A. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Kumaran, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism of selective substrate engagement and inhibitor disengagement of cysteine synthase.
著者: Kaushik, A. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, R.P. / Kaur, R. / Koul, S. / Kumaran, S.

履歴

登録	2020年7月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年7月7日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_reflns_twin Item: _pdbx_reflns_twin.crystal_id / _pdbx_reflns_twin.diffrn_id
改定 1.3	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.4	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cm8.cif.gz	77.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cm8.ent.gz	53 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cm8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cm8_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cm8_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	7cm8_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	7cm8_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cm8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xcnC 5xcpSC 5xcwC 7c35C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c35-1 1fcj-2 7djq-d 5xcn-1 4ho1-1 1d6s-d 5xcp-1 5v9h-2 3lig-d 5i67-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

ヘテロ分子

37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine synthase

ヘテロ分子

A: Cysteine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.440, 112.440, 44.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase 分子量: 37144.273 Da / 分子数: 1 / 変異: M92A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌) 遺伝子: cysK, HI_1103 / プラスミド: peT28a+ PBR322 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 100mM HEPES buffer pH 7.4, 1.4M Sodium Citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年7月7日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.6666
pseudo-merohedral	1	1	K, H, -L	2	0.3334

反射

解像度: 1.9→39.75 Å / Num. obs: 21690 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 21.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1380 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XCP

5xcp

解像度: 1.9→35.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.053 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23076	1100	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19924	-	-	-
obs	0.20087	20579	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.031 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-22.48 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-22.48 Å²	-0 Å²
3-	-	-	44.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→35.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2258	0	11	77	2346

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	80	-
R_work	0.341	1499	-
obs	-	-	98.69 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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