PDB-7cm1: Neuraminidase from the Wuhan Asiatic toad influenza virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cm1

タイトル

Neuraminidase from the Wuhan Asiatic toad influenza virus

要素

Neuraminidase

キーワード

VIRAL PROTEIN / HYDROLASE / Lattice-translocation defects LTD Neuraminidase NA

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Wuhan asiatic toad influenza virus (インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Wang, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Lattice-translocation defects in specific crystals of the catalytic head domain of influenza neuraminidase.
著者: Li, L. / Dai, S. / Gao, G.F. / Wang, J.

履歴

登録	2020年7月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cm1.cif.gz	380 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cm1.ent.gz	255.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cm1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cm1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b9sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3k3a-4 1vcj-1 1nsc-1 3k38-3 3k39-3 1b9v-1 1inf-1 1nsd-1 3k39-2 3k3a-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4245391 / データの種類: other data / 詳細: raw X-ray diffraction data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Neuraminidase

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

84.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Neuraminidase

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

B: Neuraminidase

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.966, 143.148, 120.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2

#1: タンパク質	Neuraminidase / Toad NA 分子量: 41985.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Wuhan asiatic toad influenza virus (インフルエンザウイルス) 遺伝子: NA 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: A0A2P1GNT2, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-G39 / (3R,4R,5S)-4-(acetylamino)-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylic acid / Oseltamivir carboxylate / オセルタミビルカルボキシラ-ト分子量: 284.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₂₄N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8 mg/mL in 20 mM Tris, 50 mM NaCl pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 55993 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 22.72 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.14→2.22 Å / Num. unique obs: 5151 / CC_1/2: 0.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3940	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1B9S

1b9s

解像度: 2.14→18.35 Å / SU ML: 0.3356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9475
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2796	2766	4.95 %
R_work	0.2204	53092	-
obs	0.2234	55858	98.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→18.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5844	0	42	739	6625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	5988
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9943	8114
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0553	928
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	1050
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.7532	2228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.18	0.3493	128	0.2618	2506	X-RAY DIFFRACTION	93.4
2.18-2.22	0.3257	142	0.2772	2624	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.22-2.26	0.3753	143	0.285	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.26-2.31	0.3495	142	0.2686	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.31-2.36	0.3234	119	0.2761	2655	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.36-2.41	0.3462	146	0.2619	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.41-2.47	0.3427	129	0.2617	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.47-2.54	0.3154	142	0.2564	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.54-2.61	0.3104	128	0.2507	2671	X-RAY DIFFRACTION	98.8
2.61-2.7	0.3574	116	0.2486	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.7-2.79	0.32	165	0.2401	2651	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.79-2.9	0.3413	146	0.2369	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.9-3.04	0.2769	124	0.2251	2693	X-RAY DIFFRACTION	98.63
3.04-3.2	0.2441	135	0.2148	2636	X-RAY DIFFRACTION	97.95
3.2-3.39	0.2664	150	0.2037	2645	X-RAY DIFFRACTION	97.8
3.39-3.65	0.2725	145	0.2023	2645	X-RAY DIFFRACTION	97.11
3.65-4.02	0.2382	125	0.1831	2658	X-RAY DIFFRACTION	97.27
4.02-4.59	0.2182	132	0.1718	2662	X-RAY DIFFRACTION	96.95
4.59-5.76	0.2101	149	0.1785	2663	X-RAY DIFFRACTION	96.63
5.76-18.35	0.2399	160	0.2082	2739	X-RAY DIFFRACTION	96.31

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.242591720567	-0.193092078924	0.17878002372	0.276730206839	-0.254565996794	0.880286187469	-0.00100071545709	0.0288273383972	-0.048547158225	0.0364432927575	0.0320963437695	0.0771294767126	-0.0720230166444	-0.100695126551	-0.0271873249219	0.160481102665	0.00671362562713	0.00760706116132	0.201958423546	0.0047540595911	0.175132883335	-17.8749737329	18.6544848113	-33.9089159559
2	2.93611761469	0.578322073424	-1.02399235719	3.61388362895	-2.01040110545	3.18183623974	-0.0632102783558	-0.0217879865293	-0.0516153225931	-0.0830391971507	0.0212987066434	0.366388060487	-0.0596778189036	-0.259720914263	0.000874289207226	0.155776781425	0.0239168982962	-0.00980509114081	0.194657894417	-0.0196364205993	0.159248892381	-33.7148269103	22.9858199999	-31.8521067243
3	2.58639144398	-0.0690601120624	-0.482703946268	2.47287463622	-1.06535424808	2.24118180999	-0.165228449645	0.0292271095568	0.119897630611	-0.0972471460843	0.159513701172	0.565380378015	0.110614393092	-0.195091037396	-0.0236555977692	0.148849644034	0.0300249869613	0.00712966975599	0.234907777347	0.0369231318082	0.204962933754	-35.3797522914	28.9522385058	-32.1769618713
4	0.383574709766	0.215895837565	0.70474269946	1.12148078999	0.387459181893	1.25752018792	0.0309136334807	0.0904350734951	0.135571615513	-0.0761813620478	-0.0697296646193	0.230393367143	0.0977216335181	-0.139230983156	0.04577524978	0.146566747539	0.0211429954543	-0.0149712003272	0.290196378829	-0.0224697484522	0.260597646821	-36.5795302287	23.3974399791	-47.0523514033
5	1.92551171487	-1.20388677731	0.797279588788	1.47590942586	-0.817437497572	1.39053794863	0.129522832976	0.245526215516	-0.0337645773149	-0.177323467949	-0.135247293112	0.178506824115	0.0303618879669	0.0113558083446	-0.0044253521554	0.175206672643	0.00133232604152	-0.0230592759693	0.195394095579	-0.0256389226728	0.147337629509	-22.81788015	16.5136282018	-51.3811110739
6	0.788420976139	0.209006658113	-0.171802848693	0.985214188532	0.941092043717	1.14139634114	-0.0174814793352	-0.0162991133934	-0.0177779888626	-0.000484632953164	0.0408909370289	0.04190002209	-0.0555484095527	-0.0639091850114	-0.0349715990389	0.138588939671	0.0273113054653	-0.010353664961	0.143827708272	0.0140922260485	0.133636717814	-6.48582310649	17.4028228253	-14.1787955401
7	3.081995606	-1.35192842138	0.0641752049122	2.42938195148	0.617145333334	1.03579377133	-0.0148516578988	-0.129606183275	-0.156829084216	0.12873372573	0.0267454016939	0.140947167494	-0.0721194089669	0.0176430954611	-0.0233547124773	0.137343061761	-0.00710153619893	0.00490959378231	0.1770167361	-0.00985722327522	0.126673064549	0.770752905486	25.1030638434	1.76459354634
8	1.07390370048	1.07576927582	-0.798847973295	2.0429836081	-0.682356652416	0.604528847643	0.102050297568	-0.113916945861	-0.040966233086	0.310692453445	-0.0511193299255	-0.003562509864	-0.0688800068257	-0.0944124206749	-0.0518697211732	0.222933723735	0.00878401739633	0.000623656751715	0.294891024915	0.0062039275728	0.177961723219	-16.9709906019	23.4994906586	6.47005761188
9	0.786048330937	-0.555385743154	-0.636649839816	1.21757148654	1.1774739869	2.6148318255	0.0275624970044	-0.0662731610247	0.0235169728263	0.138455741447	-0.115400847667	0.0861557601353	-0.0364210805803	-0.267272186337	0.0878024782904	0.113984262207	-0.0129391631894	0.0069699098702	0.222096766035	0.0134724430409	0.167995368838	-21.3387225421	16.6342541579	-7.2876165743

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 80 through 214 )	B	A	80 - 214	1 - 135
2	2	chain 'B' and (resid 215 through 250 )	B	A	215 - 250	136 - 171
3	3	chain 'B' and (resid 251 through 277 )	B	A	251 - 277	172 - 198
4	4	chain 'B' and (resid 278 through 362 )	B	A	278 - 362	199 - 283
5	5	chain 'B' and (resid 363 through 466 )	B	A	363 - 466	284 - 387
6	6	chain 'A' and (resid 80 through 186 )	A	D	80 - 186	1 - 107
7	7	chain 'A' and (resid 187 through 277 )	A	D	187 - 277	108 - 198
8	8	chain 'A' and (resid 278 through 362 )	A	D	278 - 362	199 - 283
9	9	chain 'A' and (resid 363 through 466 )	A	D	363 - 466	284 - 387

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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