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万見
- PDB-1vcj: Influenza B virus neuraminidase complexed with 1-(4-Carboxy-2-(3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vcj
タイトルInfluenza B virus neuraminidase complexed with 1-(4-Carboxy-2-(3-pentylamino)phenyl)-5-aminomethyl-5-hydroxymethyl-pyrrolidin-2-one
要素NEURAMINIDASE
キーワードHYDROLASE / neuraminidase / benzoic acid inhibitors / small molecule inhibitor / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IBA / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lommer, B.S. / Ali, S.M. / Bajpai, S.N. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: A benzoic acid inhibitor induces a novel conformational change in the active site of Influenza B virus neuraminidase.
著者: Lommer, B.S. / Ali, S.M. / Bajpai, S.N. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M.
履歴
登録2004年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2004年3月23日ID: 1UJA
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Derived calculations
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6812
ポリマ－43,3311
非ポリマー3491
水1,910106
1
A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,7238
ポリマ－173,3254
非ポリマー1,3984
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area17840 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area44850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.360, 124.360, 71.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 NEURAMINIDASE


分子量: 43331.234 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 78-466 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza B virus (B/Lee/40) (B型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus B / 生物種: Influenza B virus / 株: B-LEE-40 / 参照: UniProt: P03474, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物 ChemComp-IBA / 4-[(2R)-2-(AMINOMETHYL)-2-(HYDROXYMETHYL)-5-OXOPYRROLIDIN-1-YL]-3-[(1-ETHYLPROPYL)AMINO]BENZOIC ACID / 1-(4-CARBOXY-2-(3-PENTYLAMINO)PHENYL)-5-AMINOMETHYL-5-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDIN-2-ONE


分子量: 349.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H27N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG 3350, sodium chloride, sodium nitrate, calcium chloride, sodium azide, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sudbeck, E.A., (1997) J. Mol. Biol., 267, 584.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
13.0 mg/mlprotein1drop
218.5 %(w/v)PEG33501reservoir
30.15 M1reservoirNaCl
42 M1reservoirNaNO3
55 mM1reservoirCaCl2
60.1 %(w/v)sodium azide1reservoirpH6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年10月6日
放射モノクロメーター: graphite monochromator, 0.3 mm pinhole collimator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 20397 / Num. obs: 18434 / % possible obs: 81.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.207 / % possible all: 63.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 63.2 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SADIEデータ収集
SAINTデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
SADIEデータ削減
SAINTデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→6 Å / 交差検証法: THROUGHUOT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1843 10 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 18434 --
all-20397 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.355 Å0.289 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3031 0 25 106 3162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.689
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.323 -
Rwork0.294 -
obs-63.2 %
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.253
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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