PDB-7cle: Non-Specific Class-c acidphosphatase from Sphingobium sp. RSMS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cle

タイトル

Non-Specific Class-c acidphosphatase from Sphingobium sp. RSMS

要素

Acid phosphatase

キーワード

HYDROLASE / Non specific Phosphatase / Class c / HAD superfamily.

機能・相同性

5-nucleotidase lipoprotein e(P4) / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily / HAD-like superfamily / cell outer membrane / Acid phosphatase

機能・相同性情報

生物種

Sphingobium sp. 20006FA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.342 Å

データ登録者

Gaur, N.K. / Kumar, A. / Sunder, S. / Mukhopadhyaya, R. / Makde, R.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Non-Specific Class-c acidphosphatase from Sphingobium sp. RSMS
著者: Gaur, N.K. / Kumar, A. / Sunder, S. / Mukhopadhyaya, R. / Makde, R.D.

履歴

登録	2020年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cle.cif.gz	113.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cle.ent.gz	86.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cle.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7cle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7cle	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f7aC 7f7bC 7f7cC 7f7dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g9k-1 6ini-d 1ilv-1 1dkf-d 3pnt-1 2ar9-1 1ugs-d 4kt6-1 4zo1-d 3fn4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acid phosphatase

ヘテロ分子

31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acid phosphatase

ヘテロ分子

A: Acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, It shows dimer on gel filtration.
62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.622, 170.622, 170.622
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-477- HOH
2	1	A-522- HOH

#1: タンパク質	Acid phosphatase 分子量: 31206.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. 20006FA (バクテリア) 遺伝子: A8O16_10785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 DE3 / 参照: UniProt: A0A197BYF0
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.91 % / 解説: Hexagonal Crystals
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: 1M Ammonium sulphate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 1% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→45.6 Å / Num. obs: 18061 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 28.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.643 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.34→2.42 Å / Num. unique obs: 1632 / CC_1/2: 0.998

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.342→42.656 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2231	885	4.91 %
R_work	0.1915	17148	-
obs	0.1931	18033	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.49 Å² / B_iso mean: 35.047 Å² / B_iso min: 18.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.342→42.656 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1832	0	1	130	1963
B_iso mean	-	-	18.97	39.79	-
残基数	-	-	-	-	253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1875
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.617	2556
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	341
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.563	1098

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3423-2.4891	0.2605	133	0.2235	2722	97
2.4891-2.6812	0.2694	145	0.2121	2839	100
2.6812-2.951	0.2983	156	0.2336	2821	100
2.951-3.3779	0.2566	144	0.2191	2850	100
3.3779-4.2552	0.2241	152	0.1751	2876	100
4.2552-42.656	0.1626	155	0.1618	3040	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.1833 Å / Origin y: -21.1355 Å / Origin z: 29.3795 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3086 Å²	-0.0215 Å²	-0.0036 Å²	-	0.1637 Å²	0.028 Å²	-	-	0.2761 Å²
L	1.2555 °²	0.0996 °²	-0.8316 °²	-	0.8784 °²	-0.027 °²	-	-	1.7703 °²
S	-0.0274 Å °	0.1981 Å °	0.0322 Å °	-0.2131 Å °	-0.0057 Å °	0.0099 Å °	-0.0228 Å °	-0.0891 Å °	0.0381 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	19 - 272
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 130

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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