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万見
- PDB-7ckk: Structural complex of FTO bound with Dac51 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ckk
タイトルStructural complex of FTO bound with Dac51
要素Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Inhibitor / Complex / Demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of white fat cell proliferation / tRNA demethylase activity / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of respiratory system process / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / oxidative RNA demethylase activity ...regulation of white fat cell proliferation / tRNA demethylase activity / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of respiratory system process / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / oxidative RNA demethylase activity / snRNA processing / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / RNA repair / DNA alkylation repair / temperature homeostasis / mRNA destabilization / regulation of multicellular organism growth / adipose tissue development / ferrous iron binding / transferase activity / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, C-terminal / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / FTO, C-terminal domain superfamily / FTO catalytic domain / FTO C-terminal domain / FTO catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B6C / N-OXALYLGLYCINE / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Yang, C. / Gan, J.
資金援助1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)
引用ジャーナル: Cell Metab. / 年: 2021
タイトル: Tumors exploit FTO-mediated regulation of glycolytic metabolism to evade immune surveillance.
著者: Liu, Y. / Liang, G. / Xu, H. / Dong, W. / Dong, Z. / Qiu, Z. / Zhang, Z. / Li, F. / Huang, Y. / Li, Y. / Wu, J. / Yin, S. / Zhang, Y. / Guo, P. / Liu, J. / Xi, J.J. / Jiang, P. / Han, D. / Yang, C.G. / Xu, M.M.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9173
ポリマ－54,3781
非ポリマー5382
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.124, 142.124, 84.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / Fat mass and obesity-associated protein / U6 small nuclear RNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)- ...Fat mass and obesity-associated protein / U6 small nuclear RNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-demethylase FTO / U6 small nuclear RNA N(6)-methyladenosine-demethylase FTO / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-demethylase FTO / m6A(m)-demethylase FTO / mRNA N(6)-methyladenosine demethylase FTO / tRNA N1-methyl adenine demethylase FTO


分子量: 54378.297 Da / 分子数: 1 / 変異: K45L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTO, KIAA1752
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9C0B1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9C0B1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む, mRNA N6-methyladenine demethylase
#2: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-B6C / 2-{[2,6-dichloro-4-(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]amino}-N-hydroxybenzamide


分子量: 391.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16Cl2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.8), 12 % (w/v) polyethylene glycol 3350, 8 % isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9735 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 26488 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 260158
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.438.81.16226340.7520.4031.2320.86699.2
2.43-2.539.70.86326280.8670.2890.9110.875100
2.53-2.65100.62326870.9470.2050.6560.922100
2.65-2.79100.44626440.0360.1750.4851.0399.8
2.79-2.969.50.21526470.9880.0730.2270.94299.5
2.96-3.1910.60.12926500.9950.0410.1361.016100
3.19-3.5110.40.07826690.9970.0250.0821.101100
3.51-4.029.80.05326450.9970.0180.0561.18299.9
4.02-5.069.40.03926270.9970.0140.0421.13498.8
5.06-30100.02826570.9990.010.030.6899.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QKN

4qkn


解像度: 2.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 7.242 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 1250 5.2 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs0.2228 22821 90.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.13 Å2 / Biso mean: 37.38 Å2 / Biso min: 11.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3361 0 36 71 3468
Biso mean--48.5 28.26 -
残基数----424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.9534733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91237299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8215419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3524.036166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66615555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4961522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02827
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 42 -
Rwork0.26 1056 -
all-1098 -
obs--56.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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