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万見
- PDB-6akw: Crystal structure of RNA dioxygenase bound with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6akw
タイトルCrystal structure of RNA dioxygenase bound with an inhibitor
要素Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
キーワードOXIDOREDUCTASE / RNA demethylase / inhibitor / oxidation / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of white fat cell proliferation / tRNA demethylase activity / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of respiratory system process / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity ...regulation of white fat cell proliferation / tRNA demethylase activity / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of respiratory system process / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / snRNA processing / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / RNA repair / DNA alkylation repair / temperature homeostasis / mRNA destabilization / regulation of multicellular organism growth / adipose tissue development / ferrous iron binding / transferase activity / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FTO C-terminal domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, C-terminal / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / FTO, C-terminal domain superfamily / FTO catalytic domain / FTO C-terminal domain / FTO catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily ...FTO C-terminal domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, C-terminal / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / FTO, C-terminal domain superfamily / FTO catalytic domain / FTO C-terminal domain / FTO catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8S3 / 2-OXOGLUTARIC ACID / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, C.-G. / Huang, Y. / Gan, J.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2019
タイトル: Small-Molecule Targeting of Oncogenic FTO Demethylase in Acute Myeloid Leukemia.
著者: Huang, Y. / Su, R. / Sheng, Y. / Dong, L. / Dong, Z. / Xu, H. / Ni, T. / Zhang, Z.S. / Zhang, T. / Li, C. / Han, L. / Zhu, Z. / Lian, F. / Wei, J. / Deng, Q. / Wang, Y. / Wunderlich, M. / ...著者: Huang, Y. / Su, R. / Sheng, Y. / Dong, L. / Dong, Z. / Xu, H. / Ni, T. / Zhang, Z.S. / Zhang, T. / Li, C. / Han, L. / Zhu, Z. / Lian, F. / Wei, J. / Deng, Q. / Wang, Y. / Wunderlich, M. / Gao, Z. / Pan, G. / Zhong, D. / Zhou, H. / Zhang, N. / Gan, J. / Jiang, H. / Mulloy, J.C. / Qian, Z. / Chen, J. / Yang, C.G.
履歴
登録2018年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0493
ポリマ－56,5261
非ポリマー5232
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area20310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)141.388, 141.388, 83.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / Fat mass and obesity-associated protein


分子量: 56525.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTO, KIAA1752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9C0B1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9C0B1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 化合物 ChemComp-8S3 / 2-[[2,6-bis(chloranyl)-4-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)phenyl]amino]benzoic acid


分子量: 377.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H14Cl2N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 100 mM sodium citrate, 12% PEG 3350, 8% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9735 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 31725 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 3187 / Rsym value: 0.804

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QKN

4qkn


解像度: 2.2→28.745 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 28.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 1409 5.04 %
Rwork0.2122 --
obs0.2144 27969 88.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3468 0 35 153 3656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6514900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.112152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004638
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1985-2.27710.2879450.28211146X-RAY DIFFRACTION37
2.2771-2.36820.32521100.27771839X-RAY DIFFRACTION62
2.3682-2.47590.37621220.2712565X-RAY DIFFRACTION84
2.4759-2.60640.28931540.25353007X-RAY DIFFRACTION99
2.6064-2.76960.29681540.24432975X-RAY DIFFRACTION100
2.7696-2.98320.33021590.24243030X-RAY DIFFRACTION100
2.9832-3.2830.26241820.23822974X-RAY DIFFRACTION100
3.283-3.75720.24061430.20543029X-RAY DIFFRACTION100
3.7572-4.73020.22051690.17283002X-RAY DIFFRACTION100
4.7302-28.74770.1991710.17252993X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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