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万見
- PDB-7ck5: Solution structure of 28 amino acid polypeptide (354-381) in Plan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ck5
タイトルSolution structure of 28 amino acid polypeptide (354-381) in Plantago asiatica mosaic virus replicase bound to SDS micelle
要素PlAMV replicase peptide from RNA-dependent RNA polymerase
キーワードVIRAL PROTEIN / Replicase / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methyltransferase activity / RNA processing / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. ...Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plantago asiatica mosaic potexvirus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Komatsu, K. / Sasaki, N. / Yoshida, T. / Suzuki, K. / Masujima, Y. / Hashimoto, M. / Watanabe, S. / Tochio, N. / Kigawa, T. / Yamaji, Y. ...Komatsu, K. / Sasaki, N. / Yoshida, T. / Suzuki, K. / Masujima, Y. / Hashimoto, M. / Watanabe, S. / Tochio, N. / Kigawa, T. / Yamaji, Y. / Oshima, K. / Namba, S. / Nelson, R. / Arie, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2021
タイトル: Identification of a Proline-Kinked Amphipathic alpha-Helix Downstream from the Methyltransferase Domain of a Potexvirus Replicase and Its Role in Virus Replication and Perinuclear Complex Formation.
著者: Komatsu, K. / Sasaki, N. / Yoshida, T. / Suzuki, K. / Masujima, Y. / Hashimoto, M. / Watanabe, S. / Tochio, N. / Kigawa, T. / Yamaji, Y. / Oshima, K. / Namba, S. / Nelson, R.S. / Arie, T.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PlAMV replicase peptide from RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2971
ポリマ－3,2971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PlAMV replicase peptide from RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 3296.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plantago asiatica mosaic potexvirus (ウイルス)
解説: Cell free expression system / 遺伝子: RdRp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1B578

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
1161isotropic13D 1H-15N NOESY
1281isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] PlAMV replicase peptide, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 100 mM [U-2H] SDS, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C15N_peptide / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPlAMV replicase peptide[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium acetate[U-2H]1
100 mMSDS[U-2H]1
10 %D2O[U-2H]1
試料状態イオン強度: 120 mM / Label: condition_1 / pH: 5.6 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker ava / 製造業者: Bruker / モデル: ava / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
MagRO-NMRViewKobayashi N.chemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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