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- PDB-7ck2: Crystal structure of Arabidopsis CESA3 catalytic domain with UDP-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ck2
タイトルCrystal structure of Arabidopsis CESA3 catalytic domain with UDP-Glucose
要素Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming],Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming]
キーワードPLANT PROTEIN / enzyme / synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type secondary cell wall biogenesis / plant-type primary cell wall biogenesis / cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / plasmodesma / trans-Golgi network / cell wall organization / defense response / : ...plant-type secondary cell wall biogenesis / plant-type primary cell wall biogenesis / cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / plasmodesma / trans-Golgi network / cell wall organization / defense response / : / endosome / Golgi membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cellulose synthase, RING-type zinc finger / Zinc-binding RING-finger / Cellulose synthase / Cellulose synthase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming]
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Qiao, Z. / Gao, Y.G.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structure of Arabidopsis CESA3 catalytic domain with its substrate UDP-glucose provides insight into the mechanism of cellulose synthesis.
著者: Qiao, Z. / Lampugnani, E.R. / Yan, X.F. / Khan, G.A. / Saw, W.G. / Hannah, P. / Qian, F. / Calabria, J. / Miao, Y. / Gruber, G. / Persson, S. / Gao, Y.G.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming],Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming]
B: Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming],Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2958
ポリマ－91,9432
非ポリマー1,3526
水4,252236
1
A: Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming],Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6474
ポリマ－45,9711
非ポリマー6763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17820 Å2
手法PISA
2
B: Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming],Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6474
ポリマ－45,9711
非ポリマー6763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.360, 148.530, 94.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 334 through 565 or resid 593...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 334 through 628 or resid 703 through 784 or resid 844 through 846))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNASPA1 - 232
d_12ens_1ARGTYRA234 - 269
d_13ens_1LEUPROA271 - 352
d_14ens_1MNMNB
d_15ens_1MNMNC
d_16ens_1UPGUPGD
d_21ens_1GLNTYRE1 - 268
d_22ens_1LEUPROE270 - 351
d_23ens_1MNMNF
d_24ens_1MNMNG
d_25ens_1UPGUPGH

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.994504215634, 0.0323842026337, 0.0995621841138), (-0.00652716024526, -0.968287629882, 0.24975280178), (0.104492876623, 0.247730355906, 0.963177506744)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.994504215634, 0.0323842026337, 0.0995621841138), (-0.00652716024526, -0.968287629882, 0.24975280178), (0.104492876623, 0.247730355906, 0.963177506744)
ベクター: -1.3560001969, -63.9876457802, 8.59528154291)

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要素

#1: タンパク質 Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming],Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming] / AtCesA3 / Constitutive expression of VSP1 protein 1 / Isoxaben-resistant protein 1 / Ath-B / ...AtCesA3 / Constitutive expression of VSP1 protein 1 / Isoxaben-resistant protein 1 / Ath-B / Protein ECTOPIC LIGNIN 1 / Protein RADIALLY SWOLLEN 5 / AtRSW5


分子量: 45971.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CESA3, ATHB, CEV1, ELI1, IXR1, RSW5, At5g05170, K2A11.4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q941L0, cellulose synthase (UDP-forming)
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9735 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 89995 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 48.42 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.98
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 6579 / CC1/2: 0.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→43.78 Å / SU ML: 0.2706 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.4689
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 4499 5 %
Rwork0.2138 85488 -
obs0.2147 89987 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5539 0 76 236 5851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01165749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8177799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1553845
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5693765
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.72679252352 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.070.45461490.44272835X-RAY DIFFRACTION98.81
2.07-2.10.45891480.42842822X-RAY DIFFRACTION97.41
2.1-2.120.45381480.39272797X-RAY DIFFRACTION98.66
2.12-2.150.37561470.392805X-RAY DIFFRACTION98.01
2.15-2.180.39531500.36962843X-RAY DIFFRACTION98.36
2.18-2.210.3841480.34862823X-RAY DIFFRACTION98.48
2.21-2.240.33541480.33442811X-RAY DIFFRACTION97.95
2.24-2.270.37971510.3342860X-RAY DIFFRACTION99.05
2.27-2.310.37361470.30612797X-RAY DIFFRACTION98.49
2.31-2.350.31021500.30322843X-RAY DIFFRACTION98.75
2.35-2.390.30641480.29522823X-RAY DIFFRACTION98.57
2.39-2.430.33361490.28072819X-RAY DIFFRACTION98.54
2.43-2.480.31981520.26672897X-RAY DIFFRACTION98.64
2.48-2.530.29641480.25032804X-RAY DIFFRACTION99.46
2.53-2.580.26071500.23472859X-RAY DIFFRACTION99.08
2.58-2.640.2561490.22152819X-RAY DIFFRACTION98.9
2.64-2.710.26481500.22522864X-RAY DIFFRACTION99.28
2.71-2.780.25031500.232840X-RAY DIFFRACTION99.17
2.78-2.860.24091510.23432877X-RAY DIFFRACTION99.18
2.86-2.960.26411500.22572846X-RAY DIFFRACTION99.4
2.96-3.060.24751500.22392857X-RAY DIFFRACTION99.37
3.06-3.180.23031510.2162855X-RAY DIFFRACTION99.57
3.18-3.330.21311500.21412865X-RAY DIFFRACTION99.64
3.33-3.50.21771510.21852867X-RAY DIFFRACTION99.54
3.51-3.720.2041510.20712866X-RAY DIFFRACTION99.83
3.72-4.010.21561520.18932886X-RAY DIFFRACTION99.77
4.01-4.420.22991520.17572895X-RAY DIFFRACTION99.93
4.42-5.050.1961520.1652880X-RAY DIFFRACTION99.87
5.05-6.360.17671530.19182899X-RAY DIFFRACTION99.9
6.36-43.780.17611540.16912934X-RAY DIFFRACTION99.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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