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- PDB-7cjr: Crystal structure of a periplasmic sensor domain of histidine kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cjr
タイトルCrystal structure of a periplasmic sensor domain of histidine kinase VbrK
要素Histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / histidine kinase / sensor / transferase / tetratricopeptide repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay sensor kinase activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases ...Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Whole genome shotgun sequence / Histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Goh, B.C. / Chua, Y.K. / Qian, X. / Savko, M. / Lescar, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / : 2020
タイトル: Crystal structure of the periplasmic sensor domain of histidine kinase VbrK suggests indirect sensing of beta-lactam antibiotics.
著者: Goh, B.C. / Chua, Y.K. / Qian, X. / Lin, J. / Savko, M. / Dedon, P.C. / Lescar, J.
履歴
登録2020年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6375
ポリマ-27,2831
非ポリマー3544
48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.550, 52.550, 157.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase


分子量: 27283.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: CGJ74_25135, WR32_19055 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta T1R
参照: UniProt: A0A0L8SC43, UniProt: A0A0D1DAV4*PLUS, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.14 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2M NaCl, 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH5.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 210.98
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 222
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 9M1PIXEL2018年12月9日
DECTRIS EIGER X 9M2PIXEL2018年12月9日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
221
反射解像度: 2.28→43.68 Å / Num. obs: 10752 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25.1 % / Biso Wilson estimate: 74.57 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.0103 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible allMean I/σ(I) obs
2.28-2.3424.31.867310.8570.3731.898195.8
2.782-2.881243.65891298.996

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→43.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.393 / SU Rfree Blow DPI: 0.255 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.252
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2731 535 5 %RANDOM
Rwork0.2316 ---
obs0.2339 10693 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 144.91 Å2 / Biso mean: 78.8 Å2 / Biso min: 52.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.1785 Å20 Å20 Å2
2---10.1785 Å20 Å2
3---20.3571 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→43.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1690 0 52 27 1769
Biso mean--120.85 68.28 -
残基数----214
拘束条件
Refine-IDタイプRestraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d614SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes296HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1763HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion227SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1367SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1793HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2452HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.11
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 20 4.85 %
Rwork0.2659 392 -
all0.2666 412 -
obs--93.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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