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Yorodumi- PDB-4f49: 2.25A resolution structure of Transmissible Gastroenteritis Virus... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f49 | ||||||
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Title | 2.25A resolution structure of Transmissible Gastroenteritis Virus Protease containing a covalently bound Dipeptidyl Inhibitor | ||||||
Components | 3C-like proteinase | ||||||
Keywords | HYDROLASE/Hydrolase INHIBITOR / PROTEASE / ANTIVIRAL INHIBITORS / DIPEPTIDYL INHIBITOR / HYDROLASE-Hydrolase INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / host cell perinuclear region of cytoplasm ...host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Porcine transmissible gastroenteritis coronavirus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Lovell, S. / Battaile, K.P. / Kim, Y. / Tiew, K.-C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. / Groutas, W.C. / Chang, K.-O. | ||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2012 Title: Broad-Spectrum Antivirals against 3C or 3C-Like Proteases of Picornaviruses, Noroviruses, and Coronaviruses. Authors: Kim, Y. / Lovell, S. / Tiew, K.C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. / Battaile, K.P. / Groutas, W.C. / Chang, K.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f49.cif.gz | 465.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f49.ent.gz | 383.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f49.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4f49_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4f49_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 4f49_validation.xml.gz | 46.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4f49_validation.cif.gz | 63.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f49 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3ur6C 3ur9C 4dcdC 2ampS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34154.547 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Porcine transmissible gastroenteritis coronavirus Strain: Purdue / Gene: 1a / Plasmid: pET28(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: P0C6V2, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases #2: Chemical | ChemComp-K36 / ( #3: Chemical | ChemComp-PG4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | WHEN THE K36 LIGAND IS MIXED WITH THE TGEV PROTEASE, IT FORMS A COVALENT COMPLEX WITH A LINKAGE ...WHEN THE K36 LIGAND IS MIXED WITH THE TGEV PROTEASE, IT FORMS A COVALENT COMPLEX WITH A LINKAGE BETWEEN C21 OF THE LIGAND AND THE SULFUR ATOM (SG) OF CYS144. THE BISULFITE FUNCTIONAL | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion Details: 20% PEG 3350, 100 mM MES, 200 mM sodium acetate, vapor diffusion, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 16, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→170.14 Å / Num. all: 57334 / Num. obs: 57334 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.56 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 7.0574 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2AMP Resolution: 2.25→55.708 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 23.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.987 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.6 Å2 / Biso mean: 31.8543 Å2 / Biso min: 11.94 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→55.708 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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