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- PDB-4f49: 2.25A resolution structure of Transmissible Gastroenteritis Virus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f49
タイトル2.25A resolution structure of Transmissible Gastroenteritis Virus Protease containing a covalently bound Dipeptidyl Inhibitor
要素3C-like proteinase
キーワードHYDROLASE/Hydrolase INHIBITOR / PROTEASE / ANTIVIRAL INHIBITORS / DIPEPTIDYL INHIBITOR / HYDROLASE-Hydrolase INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / regulation of autophagy ...host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal ...Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus replicase NSP9 / Trypsin-like serine proteases / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Thrombin, subunit H / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K36 / Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine transmissible gastroenteritis coronavirus (伝染性胃腸炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Kim, Y. / Tiew, K.-C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. / Groutas, W.C. / Chang, K.-O.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Broad-Spectrum Antivirals against 3C or 3C-Like Proteases of Picornaviruses, Noroviruses, and Coronaviruses.
著者: Kim, Y. / Lovell, S. / Tiew, K.C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. / Battaile, K.P. / Groutas, W.C. / Chang, K.O.
履歴
登録2012年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32020年5月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
B: 3C-like proteinase
C: 3C-like proteinase
D: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,7559
ポリマ－136,6184
非ポリマー2,1365
水5,350297
1
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6402
ポリマ－34,1551
非ポリマー4861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6402
ポリマ－34,1551
非ポリマー4861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6402
ポリマ－34,1551
非ポリマー4861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8343
ポリマ－34,1551
非ポリマー6802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.662, 170.140, 66.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp / M-PRO / nsp5 / p34


分子量: 34154.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine transmissible gastroenteritis coronavirus (伝染性胃腸炎ウイルス)
株: Purdue / 遺伝子: 1a / プラスミド: pET28(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P0C6V2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-K36 / (1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid / GC376


タイプ: peptide-like / 分子量: 485.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N3O8S / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細WHEN THE K36 LIGAND IS MIXED WITH THE TGEV PROTEASE, IT FORMS A COVALENT COMPLEX WITH A LINKAGE ...WHEN THE K36 LIGAND IS MIXED WITH THE TGEV PROTEASE, IT FORMS A COVALENT COMPLEX WITH A LINKAGE BETWEEN C21 OF THE LIGAND AND THE SULFUR ATOM (SG) OF CYS144. THE BISULFITE FUNCTIONAL GROUP OF K36 IS REMOVED DURING THIS REACTION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% PEG 3350, 100 mM MES, 200 mM sodium acetate, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→170.14 Å / Num. all: 57334 / Num. obs: 57334 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.56 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 7.0574
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.25-2.373.480.61.9828686823297.71
2.37-2.523.690.422.7429082788197.93
2.52-2.693.640.33.726900738498.21
2.69-2.93.550.234.6824680695698.56
2.9-3.183.40.176.3321666637498.89
3.18-3.563.480.119.4120105577498.96
3.56-4.113.710.0813.3819019513399.21
4.11-5.033.580.0615.515578434799.27
5.03-7.123.350.0613.311268336199.7
7.12-170.143.720.0516.67032189299.77

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å34.87 Å
Translation2.5 Å34.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
PHASER2.4.0位相決定
PHENIXdev_961精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2AMP

2amp


解像度: 2.25→55.708 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2405 2907 5.08 %RANDOM
Rwork0.1813 ---
obs0.1844 57275 98.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.987 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 94.6 Å2 / Biso mean: 31.8543 Å2 / Biso min: 11.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7032 Å20 Å21.6393 Å2
2---1.3206 Å20 Å2
3---6.0238 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→55.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9087 0 129 297 9513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30512735
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2853356
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.28690.30911280.262522265097
2.2869-2.32630.3091620.22412544270698
2.3263-2.36860.26241120.21482567267998
2.3686-2.41420.27271360.19692605274198
2.4142-2.46350.28681140.19912564267898
2.4635-2.5170.26621500.2022561271198
2.517-2.57560.26841620.1922562272498
2.5756-2.640.28941320.19972587271998
2.64-2.71140.31661070.19382592269998
2.7114-2.79110.27891280.19382615274398
2.7911-2.88120.25731460.1912575272198
2.8812-2.98420.27661260.1892564269099
2.9842-3.10370.24711660.19012583274999
3.1037-3.24490.25191540.19032570272499
3.2449-3.4160.25661410.18852625276699
3.416-3.630.23161350.18632597273299
3.63-3.91020.24541540.17332606276099
3.9102-4.30350.18791560.14462593274999
4.3035-4.92590.17211280.12982620274899
4.9259-6.20490.20031300.168526482778100
6.2049-55.7080.2171400.19112668280899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4746-0.55620.44910.9069-0.5092.3133-0.1877-0.52690.10070.27220.1032-0.0531-0.01450.14840.04320.26610.0673-0.0310.279-0.0490.202922.25272.323619.2022
21.86540.22391.15490.8134-0.79711.81960.1968-0.83230.33410.6036-0.1112-0.0902-0.52410.0783-0.01270.4190.0072-0.11640.4584-0.10430.274124.694411.028224.0552
33.34080.53730.30050.9489-0.03113.2473-0.0229-0.07190.2120.05480.08760.1470.1303-0.2621-0.04830.16720.0101-0.04080.2109-0.04570.146311.67626.14639.0266
42.6237-0.46641.92670.7908-0.45291.9718-0.0512-0.43260.09490.1460.11580.1056-0.0861-0.2362-0.07050.21170.03230.01150.2609-0.02810.15837.27994.744311.1657
52.4844-0.6167-0.57542.3118-0.22233.96670.0503-0.2512-0.01410.0989-0.0980.0242-0.3787-0.45010.02430.16290.0092-0.08340.20320.01330.1784-13.02178.4413-2.6791
65.04034.1344-1.2396.3936-3.12675.1916-0.15610.27370.5258-0.25590.1483-0.21-0.1879-0.31150.0230.21150.01420.01760.17360.02930.3351-9.577412.9787-7.6543
74.39632.7745-0.52995.16121.13972.4019-0.1124-0.25730.0688-0.42380.014-0.1128-0.0470.24880.07640.19010.0312-0.02130.15780.04580.33540.48996.5843-7.0182
80.79410.41960.01481.7214-0.10761.96040.07450.14350.40440.03720.0005-0.0741-0.3092-0.0087-0.02530.15420.0198-0.00960.20780.08220.34424.84716.9717-13.3181
91.20990.5810.79483.2391.13072.20910.06650.17830.754-0.26940.16670.0809-1.13920.02330.15450.37670.01950.07890.18470.12930.559831.062427.8478-18.832
102.27961.50821.71634.293.94764.189-0.38940.46480.3675-0.72590.5318-0.8887-0.53340.3043-0.26170.28470.01480.14660.27520.10290.432935.19419.637-21.2905
113.51190.90771.26651.72372.1793.03290.0585-0.0091-0.09250.30730.2887-0.3760.1520.4211-0.27750.1712-0.0129-0.01490.1530.05660.240434.42159.7273-9.4735
122.90420.14030.03024.72492.88334.2013-0.02870.20310.2805-0.00560.2354-0.19470.2132-0.2199-0.11680.1349-0.0480.01280.20950.07240.165618.48738.2247-11.7684
131.37760.9389-0.21323.338-0.30440.0507-0.03380.31740.0693-0.19850.0151-0.1516-0.03470.0046-0.00850.21310.0056-0.02960.29430.03660.173319.89544.1831-17.0609
143.44650.7137-0.51143.2234-0.07421.0955-0.27380.4571-0.2337-0.26360.1441-0.19650.0279-0.14780.11720.2688-0.032-0.00840.1975-0.00310.14879.8972-19.0014-16.393
153.1863-1.38770.28414.79790.05753.6244-0.09790.0863-0.04770.09870.05050.3191-0.087-0.04180.04970.1661-0.01960.02290.20040.04050.17388.5494-17.7012-9.5288
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173.11551.1125-2.27561.3823-2.01722.7585-0.14840.1423-0.2344-0.18850.0917-0.10290.0330.03470.0420.2006-0.00550.00910.1748-0.0570.167551.3169-33.3226-8.4799
182.0879-0.08-0.01381.1579-0.34652.1034-0.10830.4009-0.2869-0.14020.0276-0.03860.0336-0.02040.08610.1935-0.02440.04850.2478-0.06540.178548.442-32.6434-17.3832
192.6730.931-3.0330.8428-1.0244.055-0.04330.4566-0.1195-0.01810.1405-0.0405-0.0528-0.4947-0.11810.1707-0.0038-0.01250.2954-0.01080.203331.9637-31.85-10.1045
203.00041.661.54471.9780.16794.8130.0343-0.0905-0.00980.0232-0.15610.10870.4921-0.21780.06120.19710.03060.06630.24980.02960.216717.5437-36.33163.5569
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222.433-1.48091.11093.09450.4851.53250.0510.1051-0.25040.1737-0.21480.1388-0.08590.19870.110.1398-0.0540.04950.21780.05790.237430.6175-34.56487.368
230.9888-0.39850.14231.9335-0.43951.06780.1078-0.2397-0.31250.0944-0.02-0.00690.128-0.0124-0.08090.2022-0.01030.0170.23460.09050.333854.8439-44.827713.5568
241.6126-0.4646-0.89243.49810.06292.7193-0.155-0.3359-0.61580.54940.0970.06530.65340.17560.04570.39810.03750.07220.28510.17040.614461.5288-55.792719.7804
252.2117-2.4935-1.89383.95573.74743.8732-0.1732-0.253-0.12580.69290.1077-1.01280.35430.202-0.05860.27880.0593-0.09320.38180.13890.524665.5929-47.762421.3083
263.367-0.6332-1.17030.96651.22832.7867-0.0490.00860.1191-0.05190.1368-0.3433-0.1860.281-0.11880.2096-0.00260.01510.13980.03540.249664.7368-37.61559.624
273.7368-0.19760.72874.51531.88683.6742-0.2062-0.042-0.07920.06920.2741-0.1273-0.1155-0.0563-0.0170.16780.03510.01570.23520.0610.229548.7928-36.252212.1005
281.3049-1.1895-0.31812.9751-0.1790.0247-0.1362-0.3469-0.21240.33250.15540.1312-0.06370.1218-0.03930.26720.04150.02660.27780.04410.204950.1619-32.411217.4661
291.62630.20450.63862.1673-1.02960.8906-0.2546-0.22550.25680.34610.07460.10940.0910.24350.03330.30810.1021-0.03250.3305-0.00810.104340.5413-8.848916.8693
306.86440.2466-2.74754.5025-0.23986.66650.0005-0.2760.23140.12540.0075-0.3421-0.2960.0290.04120.16420.0162-0.04230.18290.01820.194142.2643-7.702510.0306
317.5195-0.596-1.16922.88710.76423.7875-0.00440.2249-0.2253-0.31770.07780.19070.21990.1156-0.04780.25850.0110.01240.15490.01050.229640.2822-19.14226.908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 75 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 100 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 101 through 138 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 139 through 212 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 213 through 244 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 245 through 270 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 271 through 299 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 52 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 53 through 75 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 76 through 90 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 91 through 109 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 110 through 138 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 139 through 212 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 213 through 244 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 245 through 280 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 281 through 298 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 0 through 32 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 33 through 174 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 175 through 212 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 213 through 244 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 245 through 270 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 271 through 299 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 0 through 52 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 53 through 75 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 76 through 90 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 91 through 109 )D0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 110 through 138 )D0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 139 through 212 )D0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 213 through 244 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 245 through 270 )D0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 271 through 299 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る