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- PDB-7cjf: Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with a neutralizin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cjf
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with a neutralizing antibody Fab
要素
  • Spike protein S1
  • antibody heavy chain
  • antibody light chain
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / RBD / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.108 Å
データ登録者Guo, Y. / Li, X. / Zhang, G. / Fu, D. / Schweizer, L. / Zhang, H. / Rao, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)31670731 中国
National Science Foundation (NSF, United States)31870733 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A SARS-CoV-2 neutralizing antibody with extensive Spike binding coverage and modified for optimal therapeutic outcomes.
著者: Guo, Y. / Huang, L. / Zhang, G. / Yao, Y. / Zhou, H. / Shen, S. / Shen, B. / Li, B. / Li, X. / Zhang, Q. / Chen, M. / Chen, D. / Wu, J. / Fu, D. / Zeng, X. / Feng, M. / Pi, C. / Wang, Y. / ...著者: Guo, Y. / Huang, L. / Zhang, G. / Yao, Y. / Zhou, H. / Shen, S. / Shen, B. / Li, B. / Li, X. / Zhang, Q. / Chen, M. / Chen, D. / Wu, J. / Fu, D. / Zeng, X. / Feng, M. / Pi, C. / Wang, Y. / Zhou, X. / Lu, M. / Li, Y. / Fang, Y. / Lu, Y.Y. / Hu, X. / Wang, S. / Zhang, W. / Gao, G. / Adrian, F. / Wang, Q. / Yu, F. / Peng, Y. / Gabibov, A.G. / Min, J. / Wang, Y. / Huang, H. / Stepanov, A. / Zhang, W. / Cai, Y. / Liu, J. / Yuan, Z. / Zhang, C. / Lou, Z. / Deng, F. / Zhang, H. / Shan, C. / Schweizer, L. / Sun, K. / Rao, Z.
履歴
登録2020年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name
改定 1.22021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody heavy chain
B: antibody light chain
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5474
ポリマ－69,3253
非ポリマー2211
水10,647591
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.958, 148.575, 144.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-775-

HOH

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要素

#1: 抗体 antibody heavy chain


分子量: 24271.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 antibody light chain


分子量: 23281.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Spike glycoprotein


分子量: 21772.391 Da / 分子数: 1 / Fragment: receptor binding domain, RBD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 20%(w/v)PEG 3350 0.2M potassium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 49623 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 475973
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.149.70.826390.8950.2640.8440.91799.8
2.14-2.189.80.81226630.890.2670.8560.91799.7
2.18-2.229.40.82923210.9030.2770.8760.91488.7
2.22-2.263.20.1384030.9670.0820.1623.06315.2
2.26-2.319.10.62826360.9440.2160.6650.93699.2
2.31-2.379.50.48926410.9550.1650.5160.92299.9
2.37-2.4210.10.43326420.9660.1410.4560.973100
2.42-2.49100.35226490.9740.1150.3710.96100
2.49-2.569.90.31126360.9780.1020.3280.953100
2.56-2.659.70.24326700.9830.0810.2570.965100
2.65-2.749.40.20126750.9870.0680.2120.98499.9
2.74-2.8510.20.15926600.9940.0520.1680.99100
2.85-2.9810.10.12626590.9960.0410.1320.995100
2.98-3.149.90.09726710.9960.0320.1021.009100
3.14-3.339.60.07426740.9980.0250.0791.05100
3.33-3.599.40.0625890.9980.020.0631.03396.3
3.59-3.958.50.06314990.9910.0240.0681.24955.8
3.95-4.529.60.03927280.9990.0130.0420.9399.8
4.52-5.79.60.03527240.9990.0120.0370.82399.7
5.7-509.20.03328440.9990.0110.0350.74799.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3228精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BWJ

7bwj


解像度: 2.108→36.164 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 1991 4.16 %
Rwork0.1846 45922 -
obs0.1864 47913 89.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.34 Å2 / Biso mean: 39.1355 Å2 / Biso min: 16.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.108→36.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 14 591 5423
Biso mean--82.9 50.18 -
残基数----627
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.108-2.16050.24641290.2236288279
2.1605-2.21890.28891420.247316088
2.2189-2.28420.4314330.329278822
2.2842-2.35790.2931560.2357351996
2.3579-2.44220.27021590.2295360799
2.4422-2.53990.26991570.21853612100
2.5399-2.65550.31581570.21253643100
2.6555-2.79540.28651540.20773669100
2.7954-2.97050.24021590.20233675100
2.9705-3.19970.25491590.1993670100
3.1997-3.52150.22241560.17983675100
3.5215-4.03050.23171020.1948244666
4.0305-5.07570.15411670.12713732100
5.0757-36.1640.19051610.1599384499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.5016 Å / Origin y: -32.9337 Å / Origin z: -5.522 Å
111213212223313233
T0.1721 Å20.0113 Å2-0.0112 Å2-0.2342 Å2-0.0038 Å2--0.2128 Å2
L0.0671 °20.1611 °2-0.1233 °2-0.8778 °2-0.4499 °2--0.525 °2
S-0.0042 Å °-0.0398 Å °-0.0227 Å °-0.1182 Å °0.0032 Å °0.0425 Å °0.0764 Å °0.0253 Å °0.001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 220
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA305 - 515
3X-RAY DIFFRACTION1ALLB1 - 213
4X-RAY DIFFRACTION1ALLB306 - 525
5X-RAY DIFFRACTION1ALLC334 - 878

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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