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- PDB-7cj0: Crystal structure of DNAJC9 HBD in complex with H3.3-H4 dimer and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cj0
タイトルCrystal structure of DNAJC9 HBD in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD
要素
  • DNA replication licensing factor MCM2
  • DnaJ homolog subfamily C member 9
  • Histone H3.3
  • Histone H4
キーワードCHAPERONE / Histone chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / : / nuclear origin of replication recognition complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / CMG complex / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation ...Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / : / nuclear origin of replication recognition complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / CMG complex / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / positive regulation of ATP-dependent activity / MCM complex / muscle cell differentiation / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / oocyte maturation / protein folding chaperone complex / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / nucleosomal DNA binding / nucleus organization / DNA replication origin binding / cochlea development / spermatid development / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / single fertilization / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / Activation of ATR in response to replication stress / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / heat shock protein binding / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / embryo implantation / telomere organization / cellular response to interleukin-4 / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / DNA helicase activity / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / Assembly of the pre-replicative complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Orc1 removal from chromatin / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / multicellular organism growth / male gonad development / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / single-stranded DNA binding / Processing of DNA double-strand break ends / protein-folding chaperone binding / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cell growth / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding
類似検索 - 分子機能
: / : / DNAJC9 HTH domain / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site ...: / : / DNAJC9 HTH domain / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM2 / Histone H4 / Histone H3.3 / DnaJ homolog subfamily C member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bao, H. / Huang, H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFC1004500 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)the Thousand Young Talents Program 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800619 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: DNAJC9 integrates heat shock molecular chaperones into the histone chaperone network.
著者: Hammond, C.M. / Bao, H. / Hendriks, I.A. / Carraro, M. / Garcia-Nieto, A. / Liu, Y. / Reveron-Gomez, N. / Spanos, C. / Chen, L. / Rappsilber, J. / Nielsen, M.L. / Patel, D.J. / Huang, H. / Groth, A.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Histone H3.3
F: Histone H4
G: DNA replication licensing factor MCM2
D: DnaJ homolog subfamily C member 9
B: Histone H3.3
C: Histone H4
H: DNA replication licensing factor MCM2
A: DnaJ homolog subfamily C member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3049
ポリマ－75,2118
非ポリマー921
水1,24369
1
E: Histone H3.3
F: Histone H4
G: DNA replication licensing factor MCM2
D: DnaJ homolog subfamily C member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6985
ポリマ－37,6064
非ポリマー921
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11650 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
2
B: Histone H3.3
C: Histone H4
H: DNA replication licensing factor MCM2
A: DnaJ homolog subfamily C member 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6064
ポリマ－37,6064
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.510, 47.510, 616.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 EBFCGHDA

#1: タンパク質 Histone H3.3


分子量: 9026.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H3-3A, H3.3A, H3F3, H3F3A, PP781, H3-3B, H3.3B, H3F3B
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P84243
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62805
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2 homolog / Nuclear protein BM28


分子量: 7860.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49736, DNA helicase
#4: タンパク質 DnaJ homolog subfamily C member 9 / HDJC9 / DnaJ protein SB73


分子量: 9455.661 Da / 分子数: 2 / Mutation: C243S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNAJC9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8WXX5

-
非ポリマー , 2種, 70分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.17 M Sodium acetate, 0.1 M Tris, pH8.5, 25% (v/v) PEG 4000, 20% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.13
反射解像度: 2.24→41.084 Å / Num. obs: 41413 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.24-2.316.82.0342958199.1
10.02-41.0813.70.043621199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BNV

5bnv


解像度: 2.5→41.08 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 32.39 / 位相誤差: 34.6 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2948 1479 4.94 %
Rwork0.2577 28442 -
obs0.2607 29934 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.75 Å2 / Biso mean: 81.1957 Å2 / Biso min: 29.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→41.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4621 0 6 69 4696
Biso mean--82.07 69.03 -
残基数----590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4456245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035689
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5572926
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5003-2.5810.40311080.39822456256496
2.581-2.67330.37391050.36632562266796
2.6733-2.78030.39121460.35172530267695
2.7803-2.90680.33391230.33872487261095
2.9068-3.060.36311580.32242535269394
3.06-3.25160.35851140.31432543265796
3.2516-3.50250.33841430.28172568271195
3.5025-3.85470.28841410.27252572271395
3.8547-4.41190.28751410.21842624276595
4.4119-5.55630.26581430.21562660280395
5.5563-40.34880.26121570.22392905306295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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