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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cii | ||||||
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タイトル | Crystal structure of L-methionine decarboxylase from Streptomyces sp.590 in complexed with L- methionine methyl ester (external aldimine form). | ||||||
要素 | L-methionine decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / decarboxylase / PLP-Dependent Enzymes | ||||||
機能・相同性 | Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Chem-G06 / L-methionine decarboxylase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. 590 KI-2014 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | ||||||
データ登録者 | Okawa, A. / Shiba, T. / Hayashi, M. / Onoue, Y. / Murota, M. / Sato, D. / Inagaki, J. / Tamura, T. / Harada, S. / Inagaki, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021 タイトル: Structural basis for substrate specificity of l-methionine decarboxylase. 著者: Okawa, A. / Shiba, T. / Hayashi, M. / Onoue, Y. / Murota, M. / Sato, D. / Inagaki, J. / Tamura, T. / Harada, S. / Inagaki, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cii.cif.gz | 223.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cii.ent.gz | 176.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cii.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cii_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cii_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7cii_validation.xml.gz | 41.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cii_validation.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/7cii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/7cii | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61477.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. 590 KI-2014 (バクテリア) プラスミド: pET-52b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G4DBU7, EC: 4.1.1.57 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MMT buffer pH 6.0, 23.5 % (w/v) PEG1500 / PH範囲: 5.6-6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 143471 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.714 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 46587 / CC1/2: 0.623 / Rpim(I) all: 0.885 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7CIF 解像度: 1.51→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.569 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.981 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.51→19.91 Å
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拘束条件 |
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