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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7chp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P5A-3C8 with RBD | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / spike / receptor binding domain / antibody | ||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, X. / Zhang, L. / Ge, J. / Wang, R. / Zhang, Q. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Potent and protective IGHV3-53/3-66 public antibodies and their shared escape mutant on the spike of SARS-CoV-2. 著者: Zhang, Q. / Ju, B. / Ge, J. / Chan, J.F. / Cheng, L. / Wang, R. / Huang, W. / Fang, M. / Chen, P. / Zhou, B. / Song, S. / Shan, S. / Yan, B. / Zhang, S. / Ge, X. / Yu, J. / Zhao, J. / Wang, H. ...著者: Zhang, Q. / Ju, B. / Ge, J. / Chan, J.F. / Cheng, L. / Wang, R. / Huang, W. / Fang, M. / Chen, P. / Zhou, B. / Song, S. / Shan, S. / Yan, B. / Zhang, S. / Ge, X. / Yu, J. / Zhao, J. / Wang, H. / Liu, L. / Lv, Q. / Fu, L. / Shi, X. / Yuen, K.Y. / Liu, L. / Wang, Y. / Chen, Z. / Zhang, L. / Wang, X. / Zhang, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 143.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24600.631 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0DTC2 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23353.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 23490.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M HEPES, pH 7.5, 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.357→68.22 Å / Num. obs: 43632 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.357→2.48 Å / Num. unique obs: 4424 / CC1/2: 0.808 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6M0J 解像度: 2.357→50.984 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.58 Å2 / Biso mean: 47.2866 Å2 / Biso min: 22.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.357→50.984 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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