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- PDB-7chl: Crystal structure of hybrid Arabinose isomerase AI-10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7chl
タイトルCrystal structure of hybrid Arabinose isomerase AI-10
要素Hybrid Arabinose isomerase
キーワードISOMERASE / hybrid Arabinose isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase activity / L-arabinose catabolic process to xylulose 5-phosphate / arabinose catabolic process / manganese ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase, C-terminal / L-arabinose isomerase, N-terminal domain superfamily / L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase C-terminal domain / L-fucose/L-arabinose isomerase, C-terminal / L-fucose isomerase, N-terminal/central domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus sp. TP-7 (バクテリア)
Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Cao, T.P. / Dhanasingh, I. / Sung, J.Y. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of hybrid Arabinose isomerase AI-10
著者: Cao, T.P. / Dhanasingh, I. / Sung, J.Y. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hybrid Arabinose isomerase
B: Hybrid Arabinose isomerase
C: Hybrid Arabinose isomerase
D: Hybrid Arabinose isomerase
E: Hybrid Arabinose isomerase
F: Hybrid Arabinose isomerase
G: Hybrid Arabinose isomerase
H: Hybrid Arabinose isomerase
I: Hybrid Arabinose isomerase
J: Hybrid Arabinose isomerase
K: Hybrid Arabinose isomerase
L: Hybrid Arabinose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)671,95836
ポリマ-671,02212
非ポリマー93524
21612
1
A: Hybrid Arabinose isomerase
B: Hybrid Arabinose isomerase
C: Hybrid Arabinose isomerase
D: Hybrid Arabinose isomerase
E: Hybrid Arabinose isomerase
F: Hybrid Arabinose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,97918
ポリマ-335,5116
非ポリマー46812
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42420 Å2
ΔGint-272 kcal/mol
Surface area92650 Å2
手法PISA
2
G: Hybrid Arabinose isomerase
H: Hybrid Arabinose isomerase
I: Hybrid Arabinose isomerase
J: Hybrid Arabinose isomerase
K: Hybrid Arabinose isomerase
L: Hybrid Arabinose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,97918
ポリマ-335,5116
非ポリマー46812
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42500 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area92340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.086, 164.297, 151.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
21(chain B and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
31(chain C and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
41(chain D and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
51(chain E and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
61(chain F and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
71(chain G and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
81(chain H and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
91(chain I and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
101(chain J and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
111(chain K and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))
121(chain L and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSILEILE(chain A and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))AA2 - 592 - 59
12ARGARGGLYGLY(chain A and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))AA61 - 49761 - 497
21LYSLYSILEILE(chain B and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))BB2 - 592 - 59
22ARGARGGLYGLY(chain B and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))BB61 - 49761 - 497
31LYSLYSILEILE(chain C and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))CC2 - 592 - 59
32ARGARGGLYGLY(chain C and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))CC61 - 49761 - 497
41LYSLYSILEILE(chain D and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))DD2 - 592 - 59
42ARGARGGLYGLY(chain D and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))DD61 - 49761 - 497
51LYSLYSILEILE(chain E and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))EE2 - 592 - 59
52ARGARGGLYGLY(chain E and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))EE61 - 49761 - 497
61LYSLYSILEILE(chain F and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))FF2 - 592 - 59
62ARGARGGLYGLY(chain F and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))FF61 - 49761 - 497
71LYSLYSILEILE(chain G and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))GG2 - 592 - 59
72ARGARGGLYGLY(chain G and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))GG61 - 49761 - 497
81LYSLYSILEILE(chain H and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))HH2 - 592 - 59
82ARGARGGLYGLY(chain H and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))HH61 - 49761 - 497
91LYSLYSILEILE(chain I and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))II2 - 592 - 59
92ARGARGGLYGLY(chain I and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))II61 - 49761 - 497
101LYSLYSILEILE(chain J and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))JJ2 - 592 - 59
102ARGARGGLYGLY(chain J and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))JJ61 - 49761 - 497
111LYSLYSILEILE(chain K and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))KK2 - 592 - 59
112ARGARGGLYGLY(chain K and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))KK61 - 49761 - 497
121LYSLYSILEILE(chain L and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))LL2 - 592 - 59
122ARGARGGLYGLY(chain L and (resid 2 through 59 or resid 61 through 497))LL61 - 49761 - 497

-
要素

#1: タンパク質
Hybrid Arabinose isomerase / L-arabinose isomerase


分子量: 55918.539 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus sp. TP-7 (バクテリア), (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア), (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: araA, araA, GK1904, araA, b0062, JW0061 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: K0IGW6, UniProt: Q5KYP7, UniProt: P08202, L-arabinose isomerase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 3350, 0.1M Tris pH 8.5, 2% Tacismate pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 84659 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.828 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 544079
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.4-3.466.90.42540860.9280.1730.460.85192
3.46-3.526.90.37440850.9510.1530.4050.87593.1
3.52-3.596.90.35340620.9490.1440.3820.85692.7
3.59-3.666.70.28341220.9530.1170.3070.9393
3.66-3.746.70.24140960.960.10.2610.98793.1
3.74-3.836.70.21241060.9720.0880.2310.93193.2
3.83-3.926.60.17741770.9790.0740.1920.87693.7
3.92-4.036.60.15340510.9820.0640.1660.87393.8
4.03-4.156.50.13441850.9840.0560.1460.88994.2
4.15-4.286.40.11341980.9870.0480.1230.87295.1
4.28-4.446.10.0942160.990.0390.0980.93895.5
4.44-4.616.30.07642680.9920.0330.0830.88796
4.61-4.826.20.06543050.9940.0290.0710.80897.7
4.82-5.086.20.06343990.9940.0280.0690.75998.4
5.08-5.46.30.0643490.9930.0260.0660.71998.8
5.4-5.816.40.06243920.9940.0270.0670.70499.4
5.81-6.46.40.05944270.9940.0260.0650.66699.6
6.4-7.326.40.04844340.9940.0210.0530.66499.5
7.32-9.216.10.0444200.9970.0170.0440.70899.5
9.21-505.50.03842810.9960.0180.0420.76693.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R1O
解像度: 3.4→30.54 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 4249 5.03 %
Rwork0.208 80202 -
obs0.2108 84451 95.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.4 Å2 / Biso mean: 51.1456 Å2 / Biso min: 19.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→30.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47131 0 24 12 47167
Biso mean--42.7 30.33 -
残基数----5969
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
12B18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
13C18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
14D18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
15E18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
16F18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
17G18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
18H18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
19I18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
110J18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
111K18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
112L18096X-RAY DIFFRACTION14.559TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.440.32971160.26022473258987
3.44-3.480.30861710.25242528269993
3.48-3.530.33851170.24992565268292
3.53-3.570.32531260.26712585271192
3.57-3.620.27951420.25982613275592
3.62-3.670.38171310.25822550268193
3.67-3.720.37911160.24892624274092
3.72-3.770.27851460.23172547269393
3.77-3.830.27481500.2392610276093
3.83-3.90.25391830.2182564274794
3.9-3.960.30051140.2242593270794
3.96-4.040.37821330.22432652278593
4.04-4.110.26681390.2322670280993
4.11-4.20.2761350.21092568270394
4.2-4.290.23681260.21462665279195
4.29-4.390.23651310.2132729286095
4.39-4.50.23811260.19282694282096
4.5-4.620.29491420.19352715285796
4.62-4.750.25031270.18742718284597
4.75-4.910.26541350.19432750288598
4.91-5.080.24171400.19332800294099
5.08-5.280.23521670.1862672283999
5.28-5.520.23491720.20272772294499
5.52-5.810.2721560.20062764292099
5.81-6.170.25551740.213428072981100
6.17-6.640.26211470.20928182965100
6.64-7.30.23571300.19322801293199
7.3-8.340.20481770.171627972974100
8.34-10.440.20321480.15382806295499
10.45-30.540.2551320.18282752288494
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.1553 Å / Origin y: -40.1143 Å / Origin z: 43.9344 Å
111213212223313233
T0.1831 Å2-0.0104 Å2-0.0117 Å2-0.2593 Å20.019 Å2--0.1896 Å2
L0.084 °2-0.0474 °2-0.0318 °2-0.2493 °20.0864 °2--0.1292 °2
S0.002 Å °0.0115 Å °0.0099 Å °0.0084 Å °0.0091 Å °-0.0232 Å °0.0113 Å °-0.0174 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 498
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 497
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 498
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 498
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 497
6X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 497
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 498
8X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 497
9X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 498
10X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 498
11X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 498
12X-RAY DIFFRACTION1allL2 - 497
13X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 12
14X-RAY DIFFRACTION1allN1 - 12
15X-RAY DIFFRACTION1allO1 - 12

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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