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- PDB-7cgc: Silver-bound E. coli Malate dehydrogenase (C113 and C251) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cgc
タイトルSilver-bound E. coli Malate dehydrogenase (C113 and C251)
要素Malate dehydrogenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Malate dehydrogenase / silver
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity ...malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 1, bacterial / Malate dehydrogenase, type 1 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SILVER ION / Malate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.548 Å
データ登録者Wang, H. / Wang, M. / Sun, H.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)17307017 香港
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Atomic differentiation of silver binding preference in protein targets: Escherichia coli malate dehydrogenase as a paradigm.
著者: Wang, H. / Yang, X. / Wang, M. / Hu, M. / Xu, X. / Yan, A. / Hao, Q. / Li, H. / Sun, H.
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
C: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,19520
ポリマ－129,4694
非ポリマー1,72616
水25214
1
A: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7995
ポリマ－32,3671
非ポリマー4314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12760 Å2
手法PISA
2
B: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7995
ポリマ－32,3671
非ポリマー4314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
3
C: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7995
ポリマ－32,3671
非ポリマー4314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
4
D: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7995
ポリマ－32,3671
非ポリマー4314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.222, 125.129, 85.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Malate dehydrogenase


分子量: 32367.191 Da / 分子数: 4 / 変異: E307Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Silver bound at C251 and C113 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: mdh, b3236, JW3205 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61889, malate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: Tris-HNO3 0.1M pH 7.2, PEG3000 30% / PH範囲: 7.0-7.5 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen gas flow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月21日 / 詳細: Direct
放射モノクロメーター: 0.97914 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.548→81.43 Å / Num. obs: 37363 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 30.34 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.55-2.616.30.51927740.8250.240.57399.5
11.4-81.435.50.0964470.9850.0430.10699.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.6データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia20.3.7データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z3W

5z3w


解像度: 2.548→40.714 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 31.49
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. 3 macro cycles of phenix.refine
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1799 4.82 %Random
Rwork0.2427 ---
obs0.245 37323 97.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.98 Å2 / Biso mean: 35.5243 Å2 / Biso min: 15.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.548→40.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8698 0 16 14 8728
Biso mean--46.32 31.5 -
残基数----1201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49711932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.1795305
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5482-2.61710.42941570.3211271699
2.6171-2.69410.33141260.30752788100
2.6941-2.78110.34811390.2991277299
2.7811-2.88040.30491330.3008274399
2.8804-2.99570.32771410.2898274999
2.9957-3.1320.36121430.2878273999
3.132-3.29710.35111470.2766271198
3.2971-3.50360.27661580.2596267197
3.5036-3.77390.32041260.2467271097
3.7739-4.15330.25181490.2145274298
4.1533-4.75350.25451020.1894262193
4.7535-5.98590.22221450.2108272998
5.9859-40.7140.22891330.1861283399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08430.0056-0.53213.06851.64061.13390.03670.1025-0.02830.0767-0.0232-0.30740.1456-0.04720.00870.22110.03790.00380.18720.0180.1848-14.7435-31.679134.1183
23.3014-1.1466-0.17231.86790.11020.3325-0.07220.0613-0.0323-0.0503-0.0460.22060.1332-0.06890.03830.2642-0.02580.0470.2286-0.09170.1883-34.2253-41.0108131.3759
31.4551-1.0738-0.40691.5133-0.1680.54970.00780.2766-0.2469-0.19420.0190.1520.0746-0.10.04820.3064-0.0333-0.00280.28-0.08140.2547-31.2026-43.6043128.909
41.37781.53611.04632.98511.4222.05090.1686-0.27780.12370.172-0.3990.35440.1678-0.40990.2080.2703-0.03750.06640.2156-0.05310.2406-33.0136-25.058390.4969
52.4691-0.70050.92882.4121-0.01341.24980.05840.1739-0.1764-0.0187-0.0637-0.02160.18840.07670.0060.3369-0.02250.02350.2105-0.02420.1594-24.2105-40.662179.1263
61.99831.07540.48012.23260.00813.62360.0430.2434-0.08640.0549-0.0127-0.2065-0.0449-0.1085-0.09710.2606-0.0152-0.00140.1256-0.00610.2492-8.2996-31.395299.6289
72.10661.6130.49961.97370.4682.84020.14350.0833-0.3074-0.0195-0.0314-0.25160.26660.2394-0.18080.27460.0239-0.00990.2275-0.01310.2333-7.1085-35.097101.9983
81.4933-0.53970.76392.3251-0.32871.26380.04930.04410.00380.06580.0699-0.13740.08340.1122-0.12070.2906-0.04130.01690.2199-0.04620.2097-3.3617-20.0632110.3881
92.39910.11791.17552.9850.45111.5061-0.18660.2262-0.0632-0.39980.36030.2164-0.23230.2907-0.02110.3573-0.05560.01650.33490.01940.2147-10.084-4.406101.2101
102.92810.3966-0.35683.4461-0.26852.8487-0.1618-0.10960.5055-0.2204-0.0340.5809-0.2999-0.05720.03130.4034-0.089-0.02630.22550.02460.3409-16.31352.3859102.5671
111.43640.27050.90312.870.23641.11120.28120.28440.3370.1044-0.0352-0.0416-0.21020.1411-0.09290.4145-0.02670.01320.2589-0.05840.2191-13.5096-18.3244101.9778
121.696-0.3733-0.23382.22420.26472.3874-0.11850.4156-0.1083-0.4377-0.0128-0.3624-0.28230.0004-0.09360.2927-0.07710.07240.2389-0.00730.23422.8326-10.6763105.3404
131.1142-0.18790.36372.73450.07560.9181-0.0024-0.05620.05710.04950.1791-0.274-0.0475-0.2065-0.00720.3191-0.09080.04820.1846-0.02140.2576-0.991-6.9802113.103
142.6550.04120.48374.0041.01511.9873-0.1994-0.1919-0.39370.1486-0.26230.16260.0385-0.1930.10120.27080.05990.01890.2258-0.03470.2083-34.9813-16.3653136.1061
151.6620.3226-0.01024.18191.32922.4521-0.14140.21070.194-0.4126-0.02770.3656-0.1649-0.20640.16870.27310.04140.05750.27970.05980.207-39.4234-11.7924130.8029
163.477-1.01780.01283.2444-0.74552.85680.13120.45510.8884-0.0686-0.30720.1651-0.4199-0.29010.12130.30950.04420.01140.23160.04310.3914-36.06171.9245139.0604
173.07-0.93291.46361.3586-0.63321.76130.0001-0.07360.18460.2736-0.00650.0958-0.2112-0.12990.03980.3725-0.03180.02090.12080.00680.2196-25.5819-7.3825152.0881
182.1496-0.28850.41792.0681-0.25432.4979-0.1757-0.12250.19460.16550.0426-0.1513-0.01520.66510.0960.3136-0.06750.01910.30750.00680.3286-13.773-8.5704150.2951
193.1283-1.47310.73432.36380.36722.07110.2495-0.11760.09280.0444-0.14030.2251-0.17440.2311-0.0910.24410.0050.04970.2060.01160.2752-34.0599-13.7605145.6243
202.1931-0.4099-0.24012.0042-0.4642.3598-0.3427-0.27920.08540.65680.22670.09-0.346-0.4032-0.00230.44330.27120.09040.1388-0.01670.3612-35.6822-1.5288152.8758
211.3467-0.72350.71521.143-0.16571.86280.0318-0.49210.71750.5815-0.08690.0311-0.4274-0.17750.16620.61410.1161-0.09370.3184-0.05650.4502-28.95351.2255158.2979
221.543-0.99620.05691.5672-0.88481.9336-0.32270.05520.5402-0.29970.1406-0.1986-0.63330.10950.28560.5188-0.0994-0.07440.16740.08330.6376-27.124711.2829141.6953
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 134 )A1 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 135 through 188 )A135 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 189 through 311 )A189 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 134 )B1 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 135 through 312 )B135 - 312
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 38 )C1 - 38
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 39 through 90 )C39 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 91 through 162 )C91 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 163 through 188 )C163 - 188
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 189 through 207 )C189 - 207
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 208 through 243 )C208 - 243
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 244 through 271 )C244 - 271
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 272 through 311 )C272 - 311
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 23 )D1 - 23
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 24 through 108 )D24 - 108
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 109 through 134 )D109 - 134
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 135 through 188 )D135 - 188
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 189 through 224 )D189 - 224
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 225 through 242 )D225 - 242
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 243 through 271 )D243 - 271
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 272 through 295 )D272 - 295
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 296 through 311 )D296 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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