PDB-7cga: Crystal structure of human unphosphorylated p38gamma

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cga

タイトル

Crystal structure of human unphosphorylated p38gamma

要素

Mitogen-activated protein kinase 12

キーワード

SIGNALING PROTEIN / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of peptidase activity / myoblast differentiation / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / muscle organ development / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / negative regulation of cell cycle / MAP kinase activity / signal transduction in response to DNA damage / mitogen-activated protein kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Lee, C.C. / Hsu, S.F. / Chen, K.E. / Wang, A.H.J. / Meng, T.C.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis for allosteric regulation of protein tyrosine phosphatase PTPN3 by unphosphorylated MAP kinase p38g
著者: Hsu, S.F. / Chen, K.E. / Lee, C.C. / Chang, Y.C. / Ho, M.R. / Lin, S.Y. / Wang, A.H.J. / Meng, T.C.

履歴

登録	2020年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cga.cif.gz	294 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cga.ent.gz	233.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cga_validation.pdf.gz	465.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cga_full_validation.pdf.gz	498.3 KB	表示
XML形式データ	7cga_validation.xml.gz	52.1 KB	表示
CIF形式データ	7cga_validation.cif.gz	72 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/7cga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/7cga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cm8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7a52-1 3anq-2 5a4q-1 6eij-1 6eiq-1 6yf8-1 5a3x-1 3anq-1 6eiv-1 4yu2-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 12

B: Mitogen-activated protein kinase 12

C: Mitogen-activated protein kinase 12

D: Mitogen-activated protein kinase 12

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Mitogen-activated protein kinase 12

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Mitogen-activated protein kinase 12

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Mitogen-activated protein kinase 12

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Mitogen-activated protein kinase 12

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	183.631, 183.631, 294.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 12 / MAPK 12 / Extracellular signal-regulated kinase 6 / ERK-6 / Mitogen-activated protein kinase p38 ...MAPK 12 / Extracellular signal-regulated kinase 6 / ERK-6 / Mitogen-activated protein kinase p38 gamma / MAP kinase p38 gamma / Stress-activated protein kinase 3 分子量: 39907.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK12, ERK6, SAPK3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53778, mitogen-activated protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Mitogen-activated protein kinase 12 / MAPK 12 / Extracellular signal-regulated kinase 6 / ERK-6 / Mitogen-activated protein kinase p38 ...

分子量: 39907.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK12, ERK6, SAPK3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53778, mitogen-activated protein kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.9 M Sodium Malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 94 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→20 Å / Num. obs: 51419 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 0.905 / CC star: 0.975 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 11 % / Num. unique obs: 5039 / R_pim(I) all: 0.86 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1cm8

1cm8

解像度: 3.15→19.944 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 14.579 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.094 / ESU R Free: 0.341 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2178	2558	5.037 %	Random
R_work	0.1603	48225	-	-
all	0.163	-	-	-
obs	-	50783	98.963 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.137 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.069 Å²	-0.034 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.069 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.224 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→19.944 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11192	0	0	230	11422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	11432
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	1.646	15448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.278	1.581	24880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.84	5	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.315	22.166	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.362	15	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.225	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	10427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	5350
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.054	6.753	5548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.053	6.753	5547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.411	10.129	6928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.41	10.13	6929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.264	7.226	5884
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.263	7.226	5885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.84	10.631	8520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.84	10.632	8521
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.935	77.435	12801
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.931	77.447	12797

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.15-3.23	0.289	167	0.253	3271	X-RAY DIFFRACTION	93.7551
3.23-3.317	0.309	192	0.224	3345	X-RAY DIFFRACTION	99.326
3.317-3.412	0.261	158	0.22	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.412-3.515	0.278	145	0.203	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.515-3.628	0.218	151	0.17	3131	X-RAY DIFFRACTION	100
3.628-3.752	0.227	166	0.163	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.752-3.89	0.192	162	0.155	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.045	0.219	149	0.145	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
4.045-4.22	0.209	151	0.133	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.42	0.171	146	0.124	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-4.651	0.222	115	0.126	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
4.651-4.922	0.18	128	0.131	2374	X-RAY DIFFRACTION	100
4.922-5.248	0.206	145	0.148	2214	X-RAY DIFFRACTION	100
5.248-5.647	0.254	123	0.166	2085	X-RAY DIFFRACTION	100
5.647-6.155	0.247	96	0.166	1966	X-RAY DIFFRACTION	100
6.155-6.83	0.227	108	0.151	1787	X-RAY DIFFRACTION	99.9473
6.83-7.79	0.2	82	0.161	1611	X-RAY DIFFRACTION	100
7.79-9.318	0.189	82	0.155	1405	X-RAY DIFFRACTION	100
9.318-12.348	0.161	56	0.136	1161	X-RAY DIFFRACTION	99.9179
12.348-19	0.251	36	0.203	703	X-RAY DIFFRACTION	85.6315

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関連情報:EMDBヘッダ

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