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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cfz | ||||||
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タイトル | SH3 domain of NADPH oxidase activator 1 | ||||||
![]() | NADPH oxidase activator 1 | ||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / SH3 / NOXA1 / NADPH oxidase activator 1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / regulation of respiratory burst / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / NADPH oxidase complex / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / superoxide anion generation / superoxide metabolic process / CDC42 GTPase cycle / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC3 GTPase cycle ...superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / regulation of respiratory burst / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / NADPH oxidase complex / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / superoxide anion generation / superoxide metabolic process / CDC42 GTPase cycle / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / small GTPase binding / SH3 domain binding / enzyme binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, M. / Park, J.H. / Attri, P. / Lee, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural modification of NADPH oxidase activator (Noxa 1) by oxidative stress: An experimental and computational study. 著者: Attri, P. / Park, J.H. / De Backer, J. / Kim, M. / Yun, J.H. / Heo, Y. / Dewilde, S. / Shiratani, M. / Choi, E.H. / Lee, W. / Bogaerts, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5k28S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7111.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 25% PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.885→50 Å / Num. obs: 9201 / % possible obs: 98.57 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 33.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 27.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.885→1.96 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 225 / % possible all: 98.22 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5k28 解像度: 1.89→40.68 Å / SU ML: 0.2188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.303 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→40.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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