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万見
- PDB-7cfz: SH3 domain of NADPH oxidase activator 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cfz
タイトルSH3 domain of NADPH oxidase activator 1
要素NADPH oxidase activator 1
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / SH3 / NOXA1 / NADPH oxidase activator 1
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / regulation of respiratory burst / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / NADPH oxidase complex / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / superoxide anion generation / superoxide metabolic process / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle ...superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / regulation of respiratory burst / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / NADPH oxidase complex / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / superoxide anion generation / superoxide metabolic process / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / small GTPase binding / SH3 domain binding / enzyme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / TPR repeat region circular profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / SH3 domain ...: / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / TPR repeat region circular profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADPH oxidase activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Kim, M. / Park, J.H. / Attri, P. / Lee, W.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Structural modification of NADPH oxidase activator (Noxa 1) by oxidative stress: An experimental and computational study.
著者: Attri, P. / Park, J.H. / De Backer, J. / Kim, M. / Yun, J.H. / Heo, Y. / Dewilde, S. / Shiratani, M. / Choi, E.H. / Lee, W. / Bogaerts, A.
履歴
登録2020年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH oxidase activator 1
B: NADPH oxidase activator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2222
ポリマ－14,2222
非ポリマー00
水86548
1
A: NADPH oxidase activator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1111
ポリマ－7,1111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NADPH oxidase activator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1111
ポリマ－7,1111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.596, 49.014, 72.868
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-121-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NADPH oxidase activator 1 / NOX activator 1 / Antigen NY-CO-31 / NCF2-like protein / P67phox-like factor / p51-nox


分子量: 7111.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOXA1, P51NOX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86UR1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 25% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.885→50 Å / Num. obs: 9201 / % possible obs: 98.57 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 33.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.885→1.96 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 225 / % possible all: 98.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20001.13_2998データスケーリング
PHASER1.13_2998位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.13-2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5k28

5k28


解像度: 1.89→40.68 Å / SU ML: 0.2188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.303 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 920 10 %
Rwork0.227 8276 -
obs0.2298 9196 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→40.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数909 0 0 48 957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69541270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0508135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.0669539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.980.27981270.27141150X-RAY DIFFRACTION98.69
1.98-2.110.25251300.25341160X-RAY DIFFRACTION99.61
2.11-2.270.27981300.24331173X-RAY DIFFRACTION99.16
2.27-2.50.29931300.22951171X-RAY DIFFRACTION98.94
2.5-2.860.27581300.24681171X-RAY DIFFRACTION98.41
2.86-3.610.25781340.22281198X-RAY DIFFRACTION98.38
3.61-40.680.23331390.21221253X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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