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- PDB-7cfc: Drosophila melanogaster Krimper eTud1-Ago3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cfc
タイトルDrosophila melanogaster Krimper eTud1-Ago3 complex
要素
  • FI20010p1
  • Protein argonaute-3
キーワードGENE REGULATION / piRNA ampilication / gene silencing
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of mitochondrial outer membrane / transposable element silencing by piRNA-mediated mRNA destabilization / negative regulation of oskar mRNA translation / oocyte karyosome formation / oocyte dorsal/ventral axis specification / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / secondary piRNA processing / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / P granule ...extrinsic component of mitochondrial outer membrane / transposable element silencing by piRNA-mediated mRNA destabilization / negative regulation of oskar mRNA translation / oocyte karyosome formation / oocyte dorsal/ventral axis specification / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / secondary piRNA processing / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / P granule / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Krimper first tudor domain / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily ...: / Krimper first tudor domain / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / Tudor domain / Tudor domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / SNase-like, OB-fold superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tudor domain-containing protein krimp / Protein argonaute-3
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hu, H. / Li, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870755 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Binding of guide piRNA triggers methylation of the unstructured N-terminal region of Aub leading to assembly of the piRNA amplification complex.
著者: Huang, X. / Hu, H. / Webster, A. / Zou, F. / Du, J. / Patel, D.J. / Sachidanandam, R. / Toth, K.F. / Aravin, A.A. / Li, S.
履歴
登録2020年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FI20010p1
B: FI20010p1
C: FI20010p1
D: FI20010p1
E: FI20010p1
F: Protein argonaute-3
G: Protein argonaute-3
H: Protein argonaute-3
I: Protein argonaute-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,7469
ポリマ－142,7469
非ポリマー00
水5,188288
1
A: FI20010p1
F: Protein argonaute-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9042
ポリマ－28,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9280 Å2
手法PISA
2
B: FI20010p1
G: Protein argonaute-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9042
ポリマ－28,9042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9420 Å2
手法PISA
3
C: FI20010p1
H: Protein argonaute-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9042
ポリマ－28,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
4
D: FI20010p1
I: Protein argonaute-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9042
ポリマ－28,9042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9510 Å2
手法PISA
5
E: FI20010p1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1311
ポリマ－27,1311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.464, 88.464, 181.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
FI20010p1 / Krimper


分子量: 27130.713 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: krimp, Dmel\CG15707, KRIMP, Krimp, krimp-RA, mtc, CG15707, Dmel_CG15707
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1ZAC4
#2: タンパク質・ペプチド
Protein argonaute-3 / Ago3


分子量: 1773.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7PLK0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.5M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 61822 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.891 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 6092 / CC1/2: 0.613 / CC star: 0.872 / Rpim(I) all: 0.467 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.513 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 3073 4.98 %
Rwork0.2342 58648 -
obs0.2354 61721 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.14 Å2 / Biso mean: 56.0044 Å2 / Biso min: 27.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7227 0 0 288 7515
Biso mean---52.88 -
残基数----915
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.43740.29351200.286268498
2.4374-2.47730.30851820.2948258198
2.4773-2.520.35461360.2973266299
2.52-2.56590.30971030.30942674100
2.5659-2.61520.3487960.301274499
2.6152-2.66860.3504950.2939270099
2.6686-2.72660.31411650.28282638100
2.7266-2.790.30471550.2627265099
2.79-2.85980.30171710.2732648100
2.8598-2.93710.28151560.2682685100
2.9371-3.02350.33441220.27072664100
3.0235-3.12110.30241930.26752628100
3.1211-3.23260.2772920.2448267199
3.2326-3.3620.24341720.23142687100
3.362-3.5150.24951270.22782691100
3.515-3.70020.25521420.2178267199
3.7002-3.93190.24821660.22282628100
3.9319-4.23540.22871380.20092728100
4.2354-4.66130.1981220.18512693100
4.6613-5.3350.1971540.2007263099
5.335-6.71850.21711320.2459268199
6.7185-47.5130.30451340.225261097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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