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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cfc | ||||||
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タイトル | Drosophila melanogaster Krimper eTud1-Ago3 complex | ||||||
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![]() | GENE REGULATION / piRNA ampilication / gene silencing | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of oskar mRNA translation / : / oocyte karyosome formation / secondary piRNA processing / oocyte dorsal/ventral axis specification / piRNA binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / P granule / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / perinuclear region of cytoplasm ...negative regulation of oskar mRNA translation / : / oocyte karyosome formation / secondary piRNA processing / oocyte dorsal/ventral axis specification / piRNA binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / P granule / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hu, H. / Li, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Binding of guide piRNA triggers methylation of the unstructured N-terminal region of Aub leading to assembly of the piRNA amplification complex. 著者: Huang, X. / Hu, H. / Webster, A. / Zou, F. / Du, J. / Patel, D.J. / Sachidanandam, R. / Toth, K.F. / Aravin, A.A. / Li, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 197 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27130.713 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: krimp, Dmel\CG15707, KRIMP, Krimp, krimp-RA, mtc, CG15707, Dmel_CG15707 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1773.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7PLK0 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.5M lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 61822 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.891 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 6092 / CC1/2: 0.613 / CC star: 0.872 / Rpim(I) all: 0.467 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.14 Å2 / Biso mean: 56.0044 Å2 / Biso min: 27.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→47.513 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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