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- PDB-7cfa: Crystal structure of the restriction DNA glycosylase R.CcoLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cfa
タイトルCrystal structure of the restriction DNA glycosylase R.CcoLI
要素R.Pab1 family restriction endonuclease
キーワードLYASE / glycosylase / complex
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, Pab1 / R.Pab1 restriction endonuclease / R.Pab1 family restriction endonuclease
機能・相同性情報
生物種Campylobacter coli (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.355 Å
データ登録者Miyazono, K. / Wang, D. / Ito, T. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Crystal structure and DNA cleavage mechanism of the restriction DNA glycosylase R.CcoLI from Campylobacter coli.
著者: Miyazono, K.I. / Wang, D. / Ito, T. / Tanokura, M.
履歴
登録2020年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R.Pab1 family restriction endonuclease
B: R.Pab1 family restriction endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0532
ポリマ－56,0532
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.493, 89.596, 100.658
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 R.Pab1 family restriction endonuclease / Restriction endonuclease


分子量: 28026.398 Da / 分子数: 2 / 変異: C189S, D225N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter coli (カンピロバクター)
遺伝子: AXG48_08150, AXG48_09140, CJD21_04805, CJD21_09410, CYB97_01935, CYT04_03595, CYT09_05275, CYT22_08660, DNT33_05280, DZ997_05640, DZ997_09735, FDN29_08335, FPU03_05430, FRN51_06960
プラスミド: pET48b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: A0A697F4U6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0 and 8% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→47.17 Å / Num. obs: 25594 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 56.271 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 23.1 / Num. measured all: 183674 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.35-2.446.60.8651725826310.7050.3640.942.199.7
8.81-47.175.90.02333045600.9990.010.02569.198.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHENIX1.12精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IFF

5iff


解像度: 2.355→40.928 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2592 2472 5.14 %
Rwork0.229 --
obs0.2306 25558 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.355→40.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3545 0 0 10 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023611
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3844839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5452155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.355-2.39990.27521340.29062540X-RAY DIFFRACTION99
2.3999-2.44890.31361220.28722569X-RAY DIFFRACTION100
2.4489-2.50210.32611200.27632543X-RAY DIFFRACTION100
2.5021-2.56030.33091250.28252565X-RAY DIFFRACTION100
2.5603-2.62440.31991250.27272548X-RAY DIFFRACTION100
2.6244-2.69530.29771610.25592470X-RAY DIFFRACTION100
2.6953-2.77460.35711270.24512588X-RAY DIFFRACTION100
2.7746-2.86410.27781500.23912521X-RAY DIFFRACTION100
2.8641-2.96650.29981460.24252494X-RAY DIFFRACTION100
2.9665-3.08520.34891660.25122526X-RAY DIFFRACTION100
3.0852-3.22560.29061250.25142530X-RAY DIFFRACTION100
3.2256-3.39560.33111470.24652515X-RAY DIFFRACTION100
3.3956-3.60820.28431400.24682552X-RAY DIFFRACTION100
3.6082-3.88660.23341300.22892555X-RAY DIFFRACTION100
3.8866-4.27730.21581300.20342534X-RAY DIFFRACTION100
4.2773-4.89540.2041420.19092519X-RAY DIFFRACTION100
4.8954-6.16430.23851420.21152527X-RAY DIFFRACTION100
6.1643-40.9280.23921400.23132534X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5398-1.5178-0.49223.0191-0.4253.16440.1827-0.12720.3858-0.323-0.1751-0.244-0.18130.4328-0.06110.4889-0.04380.06540.3561-0.0710.470.3051-14.29191.9682
22.0223-1.6587-1.47873.43192.06151.8929-0.0055-0.23970.19080.0364-0.00290.062-0.07610.04740.15070.4017-0.0607-0.03840.4155-0.01350.4180.8016-24.45673.656
34.27580.299-0.54621.88320.35642.8245-0.12510.17480.7546-0.28020.1677-0.244-0.46260.1587-0.17770.5689-0.1486-0.03490.61010.18240.680335.0913-33.0629-22.9077
43.5179-0.063-2.4561.51140.17543.0621-0.14280.17820.3428-0.02740.1146-0.2769-0.08890.25340.06050.4176-0.0647-0.05670.44260.14810.444624.6768-37.2785-15.2525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 236 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -2 through 103 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 104 through 236 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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