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- PDB-7ceb: Crystal structure of alpha6beta1 integrin headpiece -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ceb
タイトルCrystal structure of alpha6beta1 integrin headpiece
要素
  • Integrin alpha-6
  • Integrin beta-1
  • TS2/16 VH(S112C)-SARAH
  • TS2/16 VL-SARAH(S37C)
キーワードCELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM / Integrin / Fv-clasp / Laminin / CELL ADHESION / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alpha6-beta4 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification ...integrin alpha6-beta4 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / regulation of inward rectifier potassium channel activity / regulation of collagen catabolic process / integrin alpha9-beta1 complex / ectodermal cell differentiation / integrin alpha4-beta1 complex / neuregulin binding / cardiac cell fate specification / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin alpha1-beta1 complex / Type I hemidesmosome assembly / nail development / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / regulation of synapse pruning / reactive gliosis / formation of radial glial scaffolds / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / Other semaphorin interactions / Formation of the ureteric bud / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / calcium-independent cell-matrix adhesion / integrin alphav-beta1 complex / CD40 signaling pathway / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Fibronectin matrix formation / basement membrane organization / myelin sheath abaxonal region / CHL1 interactions / skin morphogenesis / Laminin interactions / cardiac muscle cell myoblast differentiation / MET interacts with TNS proteins / germ cell migration / leukocyte tethering or rolling / cardiac muscle cell differentiation / mesodermal cell differentiation / cell projection organization / Platelet Adhesion to exposed collagen / insulin-like growth factor I binding / myoblast fusion / Elastic fibre formation / cell-substrate junction assembly / axon extension / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of fibroblast migration / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / wound healing, spreading of epidermal cells / myoblast differentiation / positive regulation of cell-substrate adhesion / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / regulation of spontaneous synaptic transmission / Basigin interactions / dendrite morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / muscle organ development / lamellipodium assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / cell adhesion mediated by integrin / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / MET activates PTK2 signaling / negative regulation of vasoconstriction / Syndecan interactions / leukocyte cell-cell adhesion / leukocyte migration / sarcomere organization / positive regulation of wound healing / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of neuroblast proliferation / cell-substrate adhesion / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / establishment of mitotic spindle orientation / cellular response to organic cyclic compound / cleavage furrow / glial cell projection / fibronectin binding / negative regulation of anoikis / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / intercalated disc / RHOG GTPase cycle / negative regulation of neuron differentiation / neuroblast proliferation / ECM proteoglycans / RAC2 GTPase cycle / Integrin cell surface interactions / RAC3 GTPase cycle / cellular defense response
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-1 / Integrin alpha-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Arimori, T. / Takagi, J.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02389 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)19am0101075 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural mechanism of laminin recognition by integrin.
著者: Takao Arimori / Naoyuki Miyazaki / Emiko Mihara / Mamoru Takizawa / Yukimasa Taniguchi / Carlos Cabañas / Kiyotoshi Sekiguchi / Junichi Takagi /
要旨: Recognition of laminin by integrin receptors is central to the epithelial cell adhesion to basement membrane, but the structural background of this molecular interaction remained elusive. Here, we ...Recognition of laminin by integrin receptors is central to the epithelial cell adhesion to basement membrane, but the structural background of this molecular interaction remained elusive. Here, we report the structures of the prototypic laminin receptor α6β1 integrin alone and in complex with three-chain laminin-511 fragment determined via crystallography and cryo-electron microscopy, respectively. The laminin-integrin interface is made up of several binding sites located on all five subunits, with the laminin γ1 chain C-terminal portion providing focal interaction using two carboxylate anchor points to bridge metal-ion dependent adhesion site of integrin β1 subunit and Asn189 of integrin α6 subunit. Laminin α5 chain also contributes to the affinity and specificity by making electrostatic interactions with large surface on the β-propeller domain of α6, part of which comprises an alternatively spliced X1 region. The propeller sheet corresponding to this region shows unusually high mobility, suggesting its unique role in ligand capture.
履歴
登録2020年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-6
B: Integrin beta-1
C: TS2/16 VH(S112C)-SARAH
D: TS2/16 VL-SARAH(S37C)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,53415
ポリマ－158,0224
非ポリマー1,51211
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10520 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area51810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.520, 251.310, 63.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrin alpha-6 / CD49 antigen-like family member F / VLA-6


分子量: 69776.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23229
#2: タンパク質 Integrin beta-1 / Fibronectin receptor subunit beta / Glycoprotein IIa / GPIIA / VLA-4 subunit beta


分子量: 50510.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB1, FNRB, MDF2, MSK12 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05556

-
抗体 , 2種, 2分子 CD

#3: 抗体 TS2/16 VH(S112C)-SARAH


分子量: 19463.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: chimera of TS2/16 VH(S112C)-SARAH
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 TS2/16 VL-SARAH(S37C)


分子量: 18270.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: chimera of TS2/16 VL-SARAH(S37C)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 1種, 6分子

#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 8分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 23% PEG1000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na/K phosphate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→47.8 Å / Num. obs: 42251 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.75 % / Biso Wilson estimate: 72.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 12.48
反射 シェル解像度: 2.89→3.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 6580 / CC1/2: 0.806

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wk0, 3vi3, 5xcx

4wk0

3vi3

5xcx


解像度: 2.89→44.57 Å / SU ML: 0.402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3919 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 2038 4.83 %
Rwork0.2066 40180 -
obs0.2088 42218 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→44.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9540 0 89 3 9632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00399831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.773713307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05461471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.76925901
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.960.39011250.33072481X-RAY DIFFRACTION94.01
2.96-3.040.36371340.3062653X-RAY DIFFRACTION99.86
3.04-3.120.32561340.27232625X-RAY DIFFRACTION99.86
3.12-3.210.32991440.26532635X-RAY DIFFRACTION99.93
3.21-3.310.30451250.27022713X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.430.32711370.23812615X-RAY DIFFRACTION99.96
3.43-3.570.27451230.22082674X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.730.22981310.2052686X-RAY DIFFRACTION100
3.73-3.930.25511290.20332678X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.170.23131360.18322676X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.50.20941520.15962681X-RAY DIFFRACTION100
4.5-4.950.1971270.14992709X-RAY DIFFRACTION100
4.95-5.660.17061440.16192710X-RAY DIFFRACTION100
5.66-7.130.25551540.20962757X-RAY DIFFRACTION100
7.13-44.570.25991430.23032887X-RAY DIFFRACTION99.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1538432990240.01215995082090.0899633945125-0.006275971671540.01825966607030.06340099919530.001965017172340.159715347486-0.017657262010.4402821802950.140674545863-0.3682927242360.1709096558910.0961042496292-0.001588818170320.589912361690.0543762999294-0.03295619021120.5885926162680.03253220739951.1408798685195.06472631246.709515956240.0774455772023
20.8796542787180.0681698541907-0.3948374484711.115499685770.4537047227911.10411898859-0.0555465738072-0.0733367172109-0.288395571318-0.0485946888466-0.02826422498490.2298252865860.0751396417793-0.0804891009625-0.05564387275530.3871438661390.00398024313874-0.04271303614130.409966821650.06742838385750.45351496502921.059832107833.821968009312.7634295879
30.0464547601295-0.113117050469-0.1170641719110.301738850328-0.2471867338550.3958567450660.297959180172-0.448648576986-0.108153084480.06071316225450.183780658918-0.2586146768660.0347383850114-0.08634400582620.02256737114880.3796080319510.04424336473250.3245269168270.66533883978-0.266923183420.22100409462223.825783634972.678728871239.4366963094
40.135774476556-0.005783067910240.101746622230.00312069619573-0.00209638868260.02001946430850.07994196259290.0359901656749-0.27324129033-0.364760909431-0.0594185770107-0.0500277233962-0.1774477547930.1630284817010.01821582898490.8955665680630.06572063531760.1113127141770.849071412481-0.1586475708870.46102168853224.021367208566.476713197635.3470709578
51.066273506110.01732818468870.397673620140.279543841746-0.4363030341622.569399887330.360248303888-0.554793788945-0.00367435133570.235287753505-0.4172645547130.5550004011910.340446932330.332199614216-0.02206951280340.641218282063-0.1889672096830.1524117528970.762484659629-0.08700596864780.97266406670965.744575595864.3496151213-0.446453740188
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72.0079071616-0.54558144669-0.9840019095391.2707128980.591806735750.854737449905-0.005620508702630.00691522756945-0.0809407318685-0.1615388127720.01485864733540.0268883255833-0.03016942272510.00441556361950.002263581550170.453404819624-0.0122377258386-0.05156540058510.411486808470.003594438994350.41275012942547.037606363132.7275482977-7.57530066647
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 120 through 149 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1 through 425 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 426 through 562 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 563 through 599 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 61 through 89 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 90 through 198 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 199 through 359 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 360 through 442 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 40 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 41 through 63 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 64 through 87 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 88 through 106 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 107 through 163 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 18 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 19 through 119 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る