PDB-7ccm: Crystal structure of selenomethionine-derived human BFK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ccm

タイトル

Crystal structure of selenomethionine-derived human BFK

要素

Bcl-2-like protein 15

キーワード

APOPTOSIS / BCL-2 family kin

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of apoptotic process / apoptotic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Oh, E.K. / Jang, D.M. / Han, B.W.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analyses on human BFK, a Novel BCL-2 Family Member.
著者: Jang, D.M. / Oh, E.K. / Han, B.W.

履歴

登録	2020年6月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ccm.cif.gz	98.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ccm.ent.gz	72.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ccm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7ccm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7ccm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cclC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ccl-1 2inb-d 3lb4-3 1b4t-d 6gxg-3 3mm4-d 2x1v-d 6vc8-1 1yso-d 3jrv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 15

B: Bcl-2-like protein 15

C: Bcl-2-like protein 15

60.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bcl-2-like protein 15

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bcl-2-like protein 15

登録者が定義した集合体
20.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Bcl-2-like protein 15

登録者が定義した集合体
20.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.156, 116.156, 27.679
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 15 / Bcl2-L-15 分子量: 20235.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L15, C1orf178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TBC7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 28% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 15406 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.32
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 708 / CC_1/2: 0.803 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.45→38.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / WR_factor R_free: 0.236 / WR_factor R_work: 0.198 / SU B: 12.053 / SU ML: 0.267 / Average fsc free: 0.8679 / Average fsc work: 0.8956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.354 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2538	629	4.955 %
R_work	0.2124	12064	-
all	0.214	-	-
obs	-	12693	82.561 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.143 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.183 Å²	0.092 Å²	0 Å²
2-	-	0.183 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.595 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→38.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3310	0	0	19	3329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	3117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.119	1.635	4539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.056	1.563	7245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.639	5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.756	25.031	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.018	15	537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.221	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.024	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.159	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.154	0.2	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.133	0.2	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.084	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.136	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.071	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.964	4.214	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.964	4.214	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.723	6.313	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.722	6.313	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.378	4.315	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.378	4.314	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.146	6.403	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.146	6.403	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.199	50.672	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.199	50.68	3665

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.513	0.266	11	0.302	338	X-RAY DIFFRACTION	29.4019
2.513-2.582	0.377	30	0.286	321	X-RAY DIFFRACTION	32.7731
2.582-2.657	0.227	9	0.256	459	X-RAY DIFFRACTION	43.7383
2.657-2.738	0.33	18	0.26	666	X-RAY DIFFRACTION	64.2253
2.738-2.828	0.301	76	0.267	830	X-RAY DIFFRACTION	91.1469
2.828-2.927	0.296	50	0.254	901	X-RAY DIFFRACTION	98.2438
2.927-3.037	0.29	48	0.247	905	X-RAY DIFFRACTION	98.9616
3.037-3.16	0.3	44	0.238	855	X-RAY DIFFRACTION	99.6674
3.16-3.3	0.287	46	0.235	826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.461	0.277	51	0.224	790	X-RAY DIFFRACTION	99.6445
3.461-3.647	0.258	26	0.193	745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.647-3.867	0.236	43	0.183	721	X-RAY DIFFRACTION	99.8693
3.867-4.132	0.207	18	0.176	668	X-RAY DIFFRACTION	99.8544
4.132-4.461	0.244	28	0.176	645	X-RAY DIFFRACTION	100
4.461-4.882	0.176	24	0.18	569	X-RAY DIFFRACTION	99.6639
4.882-5.452	0.215	45	0.216	505	X-RAY DIFFRACTION	98.7433
5.452-6.283	0.345	18	0.245	452	X-RAY DIFFRACTION	99.7877
6.283-7.665	0.207	20	0.22	385	X-RAY DIFFRACTION	100
7.665-10.715	0.17	18	0.16	312	X-RAY DIFFRACTION	99.6979
10.715-38.05	0.395	6	0.242	171	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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