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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ccm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of selenomethionine-derived human BFK | ||||||
要素 | Bcl-2-like protein 15 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS / BCL-2 family kin | ||||||
機能・相同性 | Bcl-2-like protein 15 / Bcl-2-like superfamily / regulation of apoptotic process / apoptotic process / nucleus / cytosol / Bcl-2-like protein 15 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Oh, E.K. / Jang, D.M. / Han, B.W. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural analyses on human BFK, a Novel BCL-2 Family Member. 著者: Jang, D.M. / Oh, E.K. / Han, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ccm.cif.gz | 94.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ccm.ent.gz | 73.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ccm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ccm_validation.pdf.gz | 437.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ccm_full_validation.pdf.gz | 437.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ccm_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ccm_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7ccm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7ccm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20235.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L15, C1orf178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TBC7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 28% PEG 3350 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 15406 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.32 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 708 / CC1/2: 0.803 / % possible all: 90.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→38.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / WRfactor Rfree: 0.236 / WRfactor Rwork: 0.198 / SU B: 12.053 / SU ML: 0.267 / Average fsc free: 0.8679 / Average fsc work: 0.8956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.354 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.143 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→38.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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