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万見
- PDB-7cci: Acinetobacter baumannii response regulator AdeR with disordered N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cci
タイトルAcinetobacter baumannii response regulator AdeR with disordered N terminus
要素AdeR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Acinetobacter Baumannii / Response regulator / AdeR / receiver domain
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Wen, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870132 中国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2021
タイトル: Proteolysis and multimerization regulate signaling along the two-component regulatory system AdeRS.
著者: Zhenlin Ouyang / Fang Zheng / Li Zhu / Jan Felix / Di Wu / Ke Wu / Irina Gutsche / Yi Wu / Peter M Hwang / Junjun She / Yurong Wen /
要旨: Bacterial two-component regulatory systems are ubiquitous environment-sensing signal transducers involved in pathogenesis and antibiotic resistance. The two-component regulatory system AdeRS is made ...Bacterial two-component regulatory systems are ubiquitous environment-sensing signal transducers involved in pathogenesis and antibiotic resistance. The two-component regulatory system AdeRS is made up of a sensor histidine kinase AdeS and a cognate response regulator AdeR, which together reduce repression of the multidrug-resistant efflux pump AdeABC. Herein we demonstrate that an N-terminal intrinsically disordered tail in AdeR is important for the upregulation of expression, although it greatly increases the susceptibility of AdeR to proteasome-mediated degradation. We also show that AdeS assembles into a hexameric state that is necessary for its full histidine kinase activity, which appears to occur via autophosphorylation. Taken together, this study demonstrates new structural mechanisms through which two-component systems can transduce environmental signals to impact gene expression and enlightens new potential antimicrobial approach by targeting two-component regulatory systems.
履歴
登録2020年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AdeR
B: AdeR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9315
ポリマ－32,8582
非ポリマー733
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.885, 70.975, 53.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.065, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 AdeR / Efflux system DNA-binding response regulator AdeR


分子量: 16428.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: adeR, FJV14_17460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TA00
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6.0 M Ammonium nitrate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→41.37 Å / Num. obs: 28508 / % possible obs: 95.12 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Num. unique obs: 1993 / CC1/2: 0.987

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X5J

5x5j


解像度: 1.65→41.37 Å / SU ML: 0.1513 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 19.0553
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1858 2014 7.07 %
Rwork0.1544 26484 -
obs0.1567 28498 95.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→41.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2119 0 3 347 2469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00622193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81342982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.9913298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.235960.1691272X-RAY DIFFRACTION65.02
1.69-1.740.23151170.17881548X-RAY DIFFRACTION77.51
1.74-1.790.20821350.161760X-RAY DIFFRACTION89.98
1.79-1.840.21591500.17461993X-RAY DIFFRACTION99.81
1.84-1.910.23531390.16061986X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.990.19291550.15861973X-RAY DIFFRACTION99.91
1.99-2.080.21441510.15761986X-RAY DIFFRACTION99.72
2.08-2.190.21041580.15471990X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.320.1861470.15211990X-RAY DIFFRACTION99.86
2.32-2.50.19811450.15981978X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.750.17921610.1591980X-RAY DIFFRACTION99.95
2.75-3.150.17821520.15772004X-RAY DIFFRACTION99.95
3.15-3.970.15691570.13671991X-RAY DIFFRACTION99.95
3.97-41.370.16321510.15062033X-RAY DIFFRACTION99.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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