PDB-7cbw: Blasnase-T13A with D-asn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cbw

タイトル

Blasnase-T13A with D-asn

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / substrate / complex / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular anatomical entity / asparagine metabolic process / asparaginase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus paralicheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.978 Å

データ登録者

Lu, F. / Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures of l-asparaginase from Bacillus licheniformis Reveal an Essential Residue for its Substrate Stereoselectivity.
著者: Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W. / Chen, J. / Chi, H. / Lu, Z. / Zhang, C. / Xu, D. / Lu, F.

履歴

登録	2020年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cbw.cif.gz	245.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cbw.ent.gz	196.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cbw_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cbw_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	7cbw_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	7cbw_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c8qC 7c8xC 7c91SC 7cb4C 7cbrC 7cbuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c8x-d 7cb4-d 1wls-d 4h67-4 7cbr-d 3plz-d 5b74-1 5cbp-1 4xsl-2 5xmb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

ヘテロ分子

83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.940, 91.940, 231.516
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-599- HOH
2	1	A-707- HOH
3	1	B-746- HOH

#1: タンパク質	L-asparaginase 分子量: 41405.742 Da / 分子数: 2 / 変異: Y278M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus paralicheniformis (バクテリア) 遺伝子: B4121_3474 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q8GMZ7, UniProt: A0A6I7U6Y2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→49.029 Å / Num. obs: 93591 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 23.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.8→2.02 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3638 / CC_1/2: 0.826 / R_pim(I) all: 0.235 / % possible all: 82.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C91

7c91

解像度: 1.978→49.029 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.185 / WR_factor R_work: 0.165 / Average fsc free: 0.946 / Average fsc work: 0.9519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1874	3438	4.955 %
R_work	0.1673	65950	-
all	0.168	-	-
obs	-	69388	98.819 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.464 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.281 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.281 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.563 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.978→49.029 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4920	0	25	459	5404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	5022
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	4698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.699	1.645	6794
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.3	1.58	10876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.746	5	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.915	22.713	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.327	15	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.72	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.15	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.909	3.411	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.909	3.411	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.6	5.088	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.6	5.09	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.752	3.644	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.732	3.644	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.077	5.326	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.082	5.326	3591
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.841	41.062	5799
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.842	41.043	5796

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.978-2.03	0.28	215	0.251	4071	X-RAY DIFFRACTION	84.1878
2.03-2.085	0.248	242	0.203	4747	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.085-2.146	0.207	232	0.187	4612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.212	0.224	228	0.185	4472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.212-2.284	0.211	210	0.176	4362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.284-2.364	0.19	228	0.165	4219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.364-2.453	0.204	231	0.165	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.453-2.554	0.187	195	0.168	3942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.554-2.667	0.172	188	0.17	3766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.667-2.797	0.202	185	0.168	3611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.797-2.948	0.203	181	0.174	3440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.948-3.127	0.18	171	0.177	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.127-3.342	0.186	180	0.176	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
3.342-3.61	0.173	160	0.163	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.953	0.183	134	0.148	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.953-4.419	0.152	123	0.13	2424	X-RAY DIFFRACTION	100
4.419-5.1	0.15	99	0.136	2189	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1-6.241	0.187	109	0.179	1835	X-RAY DIFFRACTION	100
6.241-8.802	0.178	88	0.176	1465	X-RAY DIFFRACTION	100
8.802-49.029	0.225	39	0.198	902	X-RAY DIFFRACTION	98.9485

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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