PDB-7cb4: Crystal structures of of BlAsnase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cb4

タイトル

Crystal structures of of BlAsnase

要素

L-asparaginase

アスパラギナーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / substrate /

complex /

mutant (ミュータント (人類))

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular anatomical entity / asparagine metabolic process /

asparaginase activity /

metal ion binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus paralicheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Lu, F. / Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures of l-asparaginase from Bacillus licheniformis Reveal an Essential Residue for its Substrate Stereoselectivity.
著者: Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W. / Chen, J. / Chi, H. / Lu, Z. / Zhang, C. / Xu, D. / Lu, F.

履歴

登録	2020年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cb4.cif.gz	241.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cb4.ent.gz	195.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cb4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c8qC 7c8xC 7c91SC 7cbrC 7cbuC 7cbwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c8x-d 7cbr-d 7cbw-d 2gju-1 3plz-d 5b5u-1 7c91-d 4pgl-2 5xmb-1 4q7i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: L-asparaginase

A: L-asparaginase

ヘテロ分子

83.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.080, 92.080, 230.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	L-asparaginase / アスパラギナーゼ分子量: 41437.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus paralicheniformis (バクテリア) 遺伝子: B4121_3474 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q8GMZ7, UniProt: A0A6I7U6Y2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.037→85.52 Å / Num. obs: 64416 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 2.04→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4657 / CC_1/2: 0.87 / R_pim(I) all: 0.188

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C91

7c91

解像度: 2.04→85.517 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2036	3207	4.987 %
R_work	0.1822	61106	-
all	0.183	-	-
obs	-	64313	99.91 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.204 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.571 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.571 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.143 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→85.517 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4924	0	33	307	5264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	5036
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	4715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.692	1.646	6811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.297	1.58	10915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.791	5	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.923	22.68	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.133	15	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.133	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5669
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.226	0.2	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.117	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.881	4.362	2553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.881	4.362	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.649	6.511	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.649	6.512	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.872	4.618	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.868	4.618	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.299	6.779	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.299	6.78	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.994	51.277	5633
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.995	51.274	5633

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.037-2.089	0.296	220	0.267	4432	0.268	4655	0.88	0.893	99.9356	0.232
2.089-2.147	0.237	221	0.223	4335	0.224	4561	0.913	0.922	99.8904	0.194
2.147-2.209	0.196	238	0.199	4195	0.199	4439	0.941	0.939	99.8648	0.176
2.209-2.277	0.239	218	0.197	4080	0.199	4304	0.921	0.94	99.8606	0.176
2.277-2.351	0.226	206	0.194	3987	0.196	4201	0.933	0.941	99.8096	0.176
2.351-2.434	0.232	204	0.193	3849	0.195	4061	0.927	0.946	99.803	0.175
2.434-2.526	0.226	184	0.193	3715	0.194	3908	0.936	0.944	99.7697	0.177
2.526-2.629	0.195	214	0.198	3583	0.198	3799	0.947	0.948	99.9474	0.184
2.629-2.745	0.222	193	0.202	3417	0.203	3612	0.938	0.943	99.9446	0.191
2.745-2.879	0.229	152	0.193	3359	0.194	3512	0.937	0.946	99.9715	0.188
2.879-3.035	0.235	154	0.195	3149	0.197	3306	0.928	0.944	99.9093	0.198
3.035-3.219	0.23	161	0.193	2991	0.195	3152	0.943	0.949	100	0.204
3.219-3.441	0.202	164	0.18	2826	0.181	2990	0.947	0.957	100	0.197
3.441-3.716	0.197	137	0.162	2631	0.164	2768	0.956	0.964	100	0.186
3.716-4.07	0.197	120	0.16	2459	0.162	2579	0.957	0.968	100	0.192
4.07-4.549	0.147	108	0.145	2228	0.145	2336	0.975	0.974	100	0.174
4.549-5.25	0.185	104	0.15	1982	0.152	2086	0.967	0.972	100	0.185
5.25-6.424	0.181	88	0.196	1709	0.195	1800	0.962	0.962	99.8333	0.248
6.424-9.059	0.188	74	0.176	1355	0.176	1430	0.963	0.967	99.9301	0.232
9.059-85.517	0.223	47	0.238	824	0.238	872	0.958	0.955	99.8853	0.374

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関連情報:EMDBヘッダ

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