PDB-7cbu: Blasnase-T13A with L-Asp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cbu

タイトル

Blasnase-T13A with L-Asp

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / substrate / complex / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular anatomical entity / asparagine metabolic process / asparaginase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus paralicheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Lu, F. / Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures of l-asparaginase from Bacillus licheniformis Reveal an Essential Residue for its Substrate Stereoselectivity.
著者: Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W. / Chen, J. / Chi, H. / Lu, Z. / Zhang, C. / Xu, D. / Lu, F.

履歴

登録	2020年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cbu.cif.gz	239.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cbu.ent.gz	193.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cbu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cbu_validation.pdf.gz	5.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cbu_full_validation.pdf.gz	5.2 MB	表示
XML形式データ	7cbu_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	7cbu_validation.cif.gz	38.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c8qC 7c8xC 7c91SC 7cb4C 7cbrC 7cbwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c8x-d 1hfj-d 4q0m-1 4h6d-2 7cb4-d 4ojx-1 6aae-d 7cbr-d 5ha7-d 5xmb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

ヘテロ分子

83.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.651, 92.651, 234.096
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-555- HOH
2	1	B-533- HOH

#1: タンパク質	L-asparaginase 分子量: 41407.691 Da / 分子数: 2 / 変異: T13A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus paralicheniformis (バクテリア) 遺伝子: B4121_3474 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q8GMZ7, UniProt: A0A6I7U6Y2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→19.925 Å / Num. obs: 49335 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.25→2.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4447 / CC_1/2: 0.724 / R_pim(I) all: 0.408

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C91

7c91

解像度: 2.25→19.925 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.202 / WR_factor R_work: 0.183 / Average fsc free: 0.9078 / Average fsc work: 0.9155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2169	2380	4.833 %
R_work	0.1964	46864	-
all	0.197	-	-
obs	-	49244	99.785 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.808 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.277 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.277 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.554 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4897	0	37	263	5197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5013
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.702	1.646	6784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.311	1.582	10829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.706	5	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.721	22.72	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.568	15	832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.274	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5678
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	4349
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.214	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.051	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.004	4.774	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.003	4.775	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.861	7.133	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.861	7.133	3191
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.791	4.879	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.792	4.878	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.92	7.219	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.919	7.219	3593
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.729	55.226	5432
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.73	55.153	5399

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.308	0.286	172	0.275	3396	X-RAY DIFFRACTION	99.972
2.308-2.372	0.313	164	0.264	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.44	0.268	192	0.247	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.515	0.293	154	0.233	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.515-2.598	0.248	140	0.232	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.598-2.689	0.277	136	0.229	2978	X-RAY DIFFRACTION	99.9679
2.689-2.79	0.253	149	0.223	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.9669
2.79-2.904	0.23	141	0.212	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.904-3.033	0.215	145	0.209	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.033-3.181	0.232	140	0.202	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.181-3.353	0.242	108	0.198	2438	X-RAY DIFFRACTION	100
3.353-3.556	0.22	112	0.185	2313	X-RAY DIFFRACTION	100
3.556-3.801	0.193	115	0.177	2139	X-RAY DIFFRACTION	100
3.801-4.105	0.19	106	0.171	2028	X-RAY DIFFRACTION	100
4.105-4.495	0.141	86	0.141	1901	X-RAY DIFFRACTION	100
4.495-5.024	0.182	92	0.153	1703	X-RAY DIFFRACTION	100
5.024-5.798	0.23	71	0.203	1544	X-RAY DIFFRACTION	100
5.798-7.093	0.234	64	0.205	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
7.093-9.998	0.182	57	0.167	1045	X-RAY DIFFRACTION	100
9.998-19.925	0.207	36	0.207	542	X-RAY DIFFRACTION	85

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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