[日本語] English
万見
- PDB-7caz: Crystal structure of bacterial reductase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7caz
タイトルCrystal structure of bacterial reductase
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossman fold / reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Kim, Y. / Lee, W.C.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)MSIP-2019R1H1A2079889 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017R1A6A3A11032521 韓国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of bacterial reductase
著者: Lee, W.C. / Choi, S. / Jang, A. / Son, K. / Kim, Y.
履歴
登録2020年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5995
ポリマ－104,5074
非ポリマー921
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13120 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area34560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.611, 100.039, 120.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量: 26126.660 Da / 分子数: 4 / 断片: reductase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: C1 / 遺伝子: FabG / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: V5VHN7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M sodium formate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→19.909 Å / Num. obs: 166939 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.618 % / Biso Wilson estimate: 22.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 13.62
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.79-1.93.090.5612.074149314209134290.80.6794.5
1.9-2.034.710.3764.356312713425134020.9380.42399.8
2.03-2.194.9380.227.566179012529125120.9750.24599.9
2.19-2.394.950.13511.415701111546115180.9880.1599.8
2.39-2.674.9680.09215.265188510507104440.9930.10399.4
2.67-3.084.9640.06420.445921934192500.9960.07299
3.08-3.754.940.04627.4338723797678380.9970.05198.3
3.75-5.214.9180.03933.4629964628660930.9970.04496.9
5.21-19.9094.6740.04133.5416834392236020.9960.04691.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CAW

7caw


解像度: 1.79→19.909 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 3774 2.26 %
Rwork0.2073 163165 -
obs0.2078 166939 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.35 Å2 / Biso mean: 29.6887 Å2 / Biso min: 10.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→19.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7218 0 6 527 7751
Biso mean--58.25 30.51 -
残基数----962
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7904-1.8130.34481030.3446449473
1.813-1.83690.34441260.3295574692
1.8369-1.8620.3021450.3125594595
1.862-1.88860.28771380.2931602597
1.8886-1.91680.27521380.291613298
1.9168-1.94670.28451450.2724614099
1.9467-1.97860.29531450.25846261100
1.9786-2.01270.27691440.25176228100
2.0127-2.04920.29231420.24966206100
2.0492-2.08860.26111460.24766232100
2.0886-2.13120.27361430.22636206100
2.1312-2.17750.20931450.21976201100
2.1775-2.22810.23161450.22186197100
2.2281-2.28370.23211410.2259619699
2.2837-2.34540.24881400.2204622699
2.3454-2.41430.21621480.2118618799
2.4143-2.49210.22881450.206620199
2.4921-2.5810.22721450.2066613099
2.581-2.68410.23261430.2111614198
2.6841-2.80590.21181440.212613398
2.8059-2.95340.25621410.2113612398
2.9534-3.13780.24981370.2092606098
3.1378-3.37890.23251390.2062603997
3.3789-3.7170.21061370.1946604996
3.717-4.25030.22021430.1697595996
4.2503-5.33780.16521320.147591495
5.3378-19.9090.14781340.1527579493

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る