PDB-7c9k: Crystal Structure of E84Q mutant of CntL in complex with SAM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c9k

タイトル

Crystal Structure of E84Q mutant of CntL in complex with SAM

要素

D-histidine 2-aminobutanoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Metallophore / Biosynthesis / Substrate / Aminobutyrate

機能・相同性

D-histidine 2-aminobutanoyltransferase / nicotianamine synthase activity / nicotianamine biosynthetic process / Nicotianamine synthase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYLMETHIONINE / D-histidine 2-aminobutanoyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Luo, Z. / Zhou, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Faseb J. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the ligand recognition and catalysis of the key aminobutanoyltransferase CntL in staphylopine biosynthesis.
著者: Luo, Z. / Luo, S. / Ju, Y. / Ding, P. / Xu, J. / Gu, Q. / Zhou, H.

履歴

登録	2020年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c9k.cif.gz	196.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c9k.ent.gz	155 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c9k_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c9k_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7c9k_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	7c9k_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/7c9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/7c9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c7mSC 7c9mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vpu-3 1sfp-1 6pgl-2 6z63-3 1qm8-d 2ouk-1 6kfq-d 6et8-1 1x0i-d 1uuz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-histidine 2-aminobutanoyltransferase

B: D-histidine 2-aminobutanoyltransferase

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-histidine 2-aminobutanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: D-histidine 2-aminobutanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.816, 133.210, 135.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- CA
2	1	B-301- CA

#1: タンパク質	D-histidine 2-aminobutanoyltransferase / Nicotianamine synthase-like enzyme / NAS 分子量: 31957.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: cntL, SAV2469 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H3JXA8, D-histidine 2-aminobutanoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.3 M caesium acetate, 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.540562 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.540562 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→22.79 Å / Num. obs: 14688 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 32.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / R_merge(I) obs: 0.407 / Num. unique obs: 1476 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C7M

7c7m

解像度: 2.75→22.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.891 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.866 / SU B: 36.04 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28632	680	4.9 %	RANDOM
R_work	0.25894	-	-	-
obs	0.26033	13223	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.961 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.12 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.75→22.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3506	0	56	41	3603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.014	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.767	1.646	4947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.694	1.657	7651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.155	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.353	24.408	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.646	15	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.164	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.032	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.086	1.753	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.086	1.753	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.154	2.629	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.154	2.629	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.111	1.809	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.11	1.808	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.199	2.709	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.686	21.001	3931
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.686	21.006	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.418	52	-
R_work	0.322	958	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5044	2.9368	2.6245	6.8238	1.6714	5.0009	0.0559	-0.2229	0.1652	0.3015	0.0493	-0.3214	-0.275	0.3827	-0.1053	0.2187	0.0042	0.0223	0.3333	0.0307	0.1604	-12.032	-27.3825	30.2066
2	5.822	-1.4104	-3.0467	2.4367	-1.5996	8.5563	0.0781	0.4875	-0.4573	0.0778	-0.0789	-0.205	0.3593	0.3574	0.0008	0.0838	0.0985	-0.0732	0.202	-0.0583	0.2548	-10.6903	-32.2926	17.8549
3	0.7948	-0.0775	0.919	3.7561	-2.1603	3.1992	-0.1401	-0.2615	0.2212	0.8209	-0.0466	0.06	-1.2783	-0.0879	0.1867	0.8106	0.0077	0.137	0.1653	-0.005	0.1803	-25.4086	-7.8118	20.8495
4	3.6045	-2.7304	1.1871	5.5462	-2.1868	3.9915	-0.0466	0.2368	-0.0501	-0.0838	-0.0727	0.2998	-0.3255	0.0187	0.1193	0.2036	0.0003	0.0482	0.0191	0.0057	0.0809	-25.2546	-18.2044	7.6095
5	3.6641	0.2876	0.6068	3.9529	1.2397	5.7277	0.2537	-0.0815	0.188	0.2258	-0.2465	0.3765	-0.1649	-0.5857	-0.0072	0.1018	0.0053	0.0122	0.184	-0.0537	0.1152	-44.4876	-35.3665	21.9096
6	1.5223	-0.57	-1.1405	3.2531	2.5868	2.4538	-0.1796	-0.3157	-0.4696	0.9227	-0.0297	0.054	0.9648	0.1373	0.2093	0.9773	0.0485	-0.2088	0.1133	0.0632	0.2422	-32.3461	-55.5497	21.1105
7	4.4155	1.5004	-2.0288	2.6089	2.7083	6.8657	-0.0875	-0.3298	-0.6565	0.6397	-0	-0.5844	1.2624	0.6323	0.0875	0.6223	0.209	-0.145	0.222	0.2406	0.5879	-24.3701	-59.4172	14.6263
8	3.0837	-3.3693	-1.042	5.9287	2.5012	4.74	0.1075	0.3802	0.3922	-0.1893	-0.0208	-0.6599	0.4695	0.173	-0.0867	0.2253	0.0336	-0.0346	0.1211	-0.0037	0.1362	-31.6353	-46.1392	6.3447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	72 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	183 - 262
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 164
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	165 - 195
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	196 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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