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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c9j | ||||||
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タイトル | Transglutaminase from Geobacillus stearothermophilus (without C-terminal extension) | ||||||
要素 | Protein-glutamine gamma-glutamyltransferaseタンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Transglutaminase (タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, bacteria / タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / クエン酸 / タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Takita, T. / Mikami, B. / Lei, Y. / Jing, Y. / Yamada, A. / Yasukawa, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Transglutaminase from Geobacillus stearothermophilus (without C-terminal extension) 著者: Takita, T. / Mikami, B. / Lei, Y. / Jing, Y. / Yamada, A. / Yamada, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c9j.cif.gz | 60.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7c9j.ent.gz | 42.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c9j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/7c9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/7c9j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4p8iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29130.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 遺伝子: D9548_14210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3L7D5Y5, タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-CIT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 20000, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15940 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 44.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 21.16 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 2.98 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique obs: 4544 / CC1/2: 0.743 / Rrim(I) all: 0.618 / % possible all: 91.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4P8I 解像度: 2.1→39.45 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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