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- PDB-7c9b: Crystal structure of dipeptidase-E from Xenopus laevis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c9b
タイトルCrystal structure of dipeptidase-E from Xenopus laevis
要素Alpha-aspartyl dipeptidase
キーワードHYDROLASE / Peptidase-E / Aspartyl dipeptidase / Alpha-aspartyl dipeptidase
機能・相同性dipeptidase E / Peptidase S51 / Peptidase family S51 / dipeptidase activity / Class I glutamine amidotransferase-like / serine-type peptidase activity / proteolysis / cytoplasm / Alpha-aspartyl dipeptidase
機能・相同性情報
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kumar, A. / Singh, R. / Makde, R.D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of aspartyl dipeptidase from Xenopus laevis revealed ligand binding induced loop ordering and catalytic triad assembly.
著者: Kumar, A. / Singh, R. / Ghosh, B. / Makde, R.D.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年8月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / database_2 / entity / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_conn / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_high / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_number_measured_all / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns.pdbx_scaling_rejects / _reflns.percent_possible_obs / _software.version / _struct.title / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Model completeness
詳細: Rerefined the structure to further account difference map peaks in electron density.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-aspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1005
ポリマ－26,9911
非ポリマー1094
水3,549197
1
A: Alpha-aspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

A: Alpha-aspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, equilibrate between monomeric and dimeric form, homology, homologs of protein as well as pisa analysis shows the biological active form is a dimer
  • 54.2 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,20010
ポリマ－53,9822
非ポリマー2188
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.775, 40.900, 74.221
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.196, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Alpha-aspartyl dipeptidase / Asp-specific dipeptidase / Dipeptidase E


分子量: 26990.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: aad-a / プラスミド: pST50Tr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q91642, dipeptidase E
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 50 mM Bis-Tris, 200 mM NaNO3, 10 mM CaCl2, 30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月7日 / 詳細: X-ray mirror, monochromator
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→41.5 Å / Num. obs: 49297 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 185643 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.28-1.311.20.4688647030.750.4640.6590.925.1
7.03-41.54.10.05715583800.9930.0320.06523.598.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A4S

6a4s


解像度: 1.4→34.84 Å / SU ML: 0.1499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.2004
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 2165 5.04 %
Rwork0.191 40771 -
obs0.1926 42936 96.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1831 0 4 197 2032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01411914
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34162601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1162287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0801262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.430.325980.27522132X-RAY DIFFRACTION76.16
1.43-1.470.28831340.26152529X-RAY DIFFRACTION90.42
1.47-1.510.29811560.2442721X-RAY DIFFRACTION96.64
1.51-1.550.21611530.2362711X-RAY DIFFRACTION96.69
1.55-1.60.30341450.22352733X-RAY DIFFRACTION97.36
1.6-1.660.24491420.21272713X-RAY DIFFRACTION97.17
1.66-1.730.27251610.22692786X-RAY DIFFRACTION97.71
1.73-1.80.26421580.21872701X-RAY DIFFRACTION97.91
1.8-1.90.26171520.21722761X-RAY DIFFRACTION98.08
1.9-2.020.24231270.20772812X-RAY DIFFRACTION98.49
2.02-2.170.24381510.1962779X-RAY DIFFRACTION98.65
2.18-2.390.19761670.18782796X-RAY DIFFRACTION98.93
2.39-2.740.24591280.19372843X-RAY DIFFRACTION99.2
2.74-3.450.22371390.18572833X-RAY DIFFRACTION99.33
3.45-34.840.16911540.15552921X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15578279988-0.14964020510.8757287643151.446073674150.1519091046141.9871465194-0.126997224942-0.09158321221820.07276131147430.179749359017-0.03297228355720.0431216465436-0.522887109642-0.1518768947520.0149006004920.3119962851780.0088609005857-0.1287654573450.191829346047-0.007435138811110.1497840258211.96323710953-3.9477575179922.4522757254
20.4721338556680.008836419864670.06138623984840.4811540356390.561027817991.3644384237-0.1915155745420.01179627397640.2671467244810.179289694695-0.0619249958423-0.178309930468-0.498000349170.418513285861-0.08794410335450.343377074735-0.0565379850845-0.174461347570.3086770256840.05010260099920.23785657112412.9766121763-3.9301525447122.647291937
30.686454027168-0.007627733202-0.01030465124620.6299075107850.1713526038811.26549390514-0.03764620588570.00151902891842-0.045385753890.0960569367063-0.0334644546192-0.06838680283280.05699730365530.2135563323110.02279168013730.1445919394960.00643425100618-0.07067742986950.190577167030.01606749432150.1192170713436.68621312008-13.938135680315.3270041114
42.07402576672-0.242802311761.162115974051.67329079372-1.506257820033.21762941241-0.07207014559690.1692630460850.215776975599-0.156430016925-0.04769248181510.119408878319-0.521185366602-0.2258951413130.07826486345860.2749946573120.0723159706669-0.09799780870490.283699043429-0.01229584271750.139224413097-5.55735175424-3.5124798515910.5445583862
51.63107913240.03922503827611.9747097010.868938350934-0.3449742165436.11250718134-0.1133390664040.03675800681240.08627475925090.0527429968340.005797922360390.00158675142317-0.429935731873-0.3822371910060.1204907554330.2214939435240.143963392811-0.08744594358040.380635747009-0.03890750485680.182556237929-9.22150805371-3.4599487230712.6345652582
60.301042322362-0.07991695284430.541946985050.385049197049-0.5649907310061.45855051452-0.04158142274510.01041186655720.0951372732793-0.0264947542590.06652459671940.0213670455741-0.310904631624-0.2717614302470.3224937197160.4007270018730.369314723285-0.1916904122580.669624593665-0.1331402195810.165180703442-13.56625929480.88274842480316.9764027063
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 22 )1 - 221 - 22
22chain 'A' and (resid 23 through 64 )23 - 6423 - 64
33chain 'A' and (resid 65 through 151 )65 - 15165 - 151
44chain 'A' and (resid 152 through 176 )152 - 176152 - 169
55chain 'A' and (resid 177 through 213 )177 - 213170 - 206
66chain 'A' and (resid 214 through 240 )214 - 240207 - 233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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