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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ffp | |||||||||
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Title | Crystal structure of di-peptidase-E from Xenopus laevis | |||||||||
![]() | Alpha-aspartyl dipeptidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Peptidase-E / Aspartyl dipeptidase / Alpha-aspartyl dipeptidase | |||||||||
Function / homology | ![]() dipeptidase E / dipeptidase activity / serine-type peptidase activity / proteolysis / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kumar, A. / Singh, R. / Makde, R.D. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of aspartyl dipeptidase from Xenopus laevis revealed ligand binding induced loop ordering and catalytic triad assembly. Authors: Kumar, A. / Singh, R. / Ghosh, B. / Makde, R.D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 86.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 727 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7c9bC ![]() 6a4sS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 26990.814 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-ASP / |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.84 % / Mosaicity: 0.25 ° |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: microbatch / pH: 7 Details: 50 mM Bis-Tris, 200 mM NaNO3, 10 mM CaCl2, 30% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jun 7, 2019 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→41.19 Å / Num. obs: 20727 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 29.1 / Num. measured all: 66076 / Scaling rejects: 55 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6A4S Resolution: 1.8→29.22 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 22.63 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.86 Å2 / Biso mean: 25.0644 Å2 / Biso min: 7.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→29.22 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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