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- PDB-7c94: Crystal structure of the anti-human podoplanin antibody Fab fragm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c94
タイトルCrystal structure of the anti-human podoplanin antibody Fab fragment complex with glycopeptide
要素
  • Heavy chain of Fab fragment
  • Light chain of Fab fragment
  • Peptide from Podoplanin
キーワードIMMUNE SYSTEM / human podoplanin / monoclonal antibody / glycopeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myofibroblast contraction / lymphatic endothelial cell fate commitment / actin-mediated cell contraction / leading edge of lamellipodium / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / chemokine binding / Specification of primordial germ cells / positive regulation of extracellular matrix disassembly / lymphangiogenesis / regulation of lamellipodium morphogenesis ...regulation of myofibroblast contraction / lymphatic endothelial cell fate commitment / actin-mediated cell contraction / leading edge of lamellipodium / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / chemokine binding / Specification of primordial germ cells / positive regulation of extracellular matrix disassembly / lymphangiogenesis / regulation of lamellipodium morphogenesis / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of platelet aggregation / filopodium membrane / wound healing, spreading of cells / anchoring junction / microvillus membrane / lamellipodium membrane / lymph node development / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Rho protein signal transduction / GPVI-mediated activation cascade / ruffle / lung development / cell projection / filopodium / platelet activation / ruffle membrane / cell junction / cell migration / lamellipodium / regulation of cell shape / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / cell adhesion / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / membrane raft / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Podoplanin / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Podoplanin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Suzuki, K. / Nakamura, S. / Ogasawara, S. / Naruchi, K. / Shimabukuro, J. / Tukahara, N. / Kaneko, M.K. / Kato, Y. / Murata, T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of an anti-podoplanin antibody bound to a disialylated O-linked glycopeptide.
著者: Ogasawara, S. / Suzuki, K. / Naruchi, K. / Nakamura, S. / Shimabukuro, J. / Tsukahara, N. / Kaneko, M.K. / Kato, Y. / Murata, T.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light chain of Fab fragment
B: Heavy chain of Fab fragment
C: Peptide from Podoplanin
D: Light chain of Fab fragment
E: Heavy chain of Fab fragment
F: Peptide from Podoplanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,53919
ポリマ－100,5826
非ポリマー2,95613
水37821
1
A: Light chain of Fab fragment
B: Heavy chain of Fab fragment
C: Peptide from Podoplanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7209
ポリマ－50,2913
非ポリマー1,4296
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
2
D: Light chain of Fab fragment
E: Heavy chain of Fab fragment
F: Peptide from Podoplanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,81810
ポリマ－50,2913
非ポリマー1,5277
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.100, 42.960, 221.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.366, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 ADBE

#1: 抗体 Light chain of Fab fragment


分子量: 24260.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Heavy chain of Fab fragment


分子量: 24145.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Peptide from Podoplanin / Aggrus / Glycoprotein 36 / Gp36 / PA2.26 antigen / T1-alpha / T1A


分子量: 1885.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: We synthesized the binding epitope region of the Fab fragment that includes the peptide (-L67VATSVNSV-T76-GIRIEDLP84-) possessing a disialyl-core-1 O-glycan at Ther76.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86YL7
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 965.858 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3[DNeup5Aca2-6]DGalpNAca1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-3/a3-b1_a6-d2_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 32分子

#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 0.2M magnesium Acetate, 25% v/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→44.2 Å / Num. obs: 19390 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.852 % / Biso Wilson estimate: 47.21 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rrim(I) all: 0.202 / Χ2: 0.913 / Net I/σ(I): 7.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.84-3.024.7080.6572.0431290.7480.73996.1
3.02-3.226.3340.4713.5327990.8840.51399.1
3.22-3.486.2790.3364.9227200.9310.36699.3
3.48-3.816.1940.2277.1925310.9780.24899.4
3.81-4.256.0610.1569.8322610.9870.1799.5
4.25-4.95.8530.11212.9320100.990.12299.1
4.9-5.995.440.11312.0317620.9890.12599.8
5.99-8.396.2530.10813.5413610.9920.11799.9
8.39-44.25.7370.07117.578170.9970.07797.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A4J

1a4j


解像度: 2.84→44.2 Å / SU ML: 0.4193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.0776 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 / 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 1940 10.02 %
Rwork0.2195 33139 -
obs0.2231 19390 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→44.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6994 0 62 21 7077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00297220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74049843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04461119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.35694251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-2.880.37871250.34151193X-RAY DIFFRACTION89.48
2.88-2.920.36681580.34951229X-RAY DIFFRACTION97.74
2.92-2.960.36331290.31721213X-RAY DIFFRACTION97.96
2.96-3.010.29031570.28961289X-RAY DIFFRACTION98.37
3.01-3.050.35491480.29651291X-RAY DIFFRACTION97.03
3.05-3.10.33121370.2911263X-RAY DIFFRACTION97.63
3.1-3.160.28081310.28411231X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.210.28891530.25521322X-RAY DIFFRACTION99.86
3.21-3.280.29811440.24151265X-RAY DIFFRACTION99.16
3.28-3.340.28931450.25031278X-RAY DIFFRACTION98.82
3.34-3.410.25661330.22191283X-RAY DIFFRACTION99.93
3.41-3.490.29321360.24611261X-RAY DIFFRACTION99.57
3.49-3.580.2421650.21971419X-RAY DIFFRACTION99.31
3.58-3.680.28121160.22771171X-RAY DIFFRACTION99.31
3.68-3.790.24261450.20851306X-RAY DIFFRACTION99.66
3.79-3.910.2151410.19541308X-RAY DIFFRACTION99.25
3.91-4.050.28461560.20521259X-RAY DIFFRACTION99.44
4.05-4.210.26271190.19921287X-RAY DIFFRACTION99.79
4.21-4.40.23251400.18461308X-RAY DIFFRACTION99.18
4.4-4.630.2241380.1611250X-RAY DIFFRACTION99.78
4.63-4.920.17871490.17621265X-RAY DIFFRACTION99.44
4.92-5.30.23341480.19151312X-RAY DIFFRACTION99.66
5.3-5.840.21351530.20021240X-RAY DIFFRACTION99.71
5.84-6.680.24911550.21621298X-RAY DIFFRACTION99.73
6.68-8.40.20751340.20021314X-RAY DIFFRACTION99.86
8.4-44.20.24881350.21081284X-RAY DIFFRACTION98.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1112968559190.0666566227043-0.02632905208850.003499725809530.05968679877050.0114018343002-0.463279104438-0.522645365254-0.4405615699240.0525219378090.214982305175-0.1385687463240.543493206004-0.0758835415309-0.006633125968340.4109629366-0.001220027937420.01397266541540.5207161254810.01340130617360.321761405484-14.73644607152.29157274858-99.7412884404
21.55373679576-0.0755769880218-0.253639636881.25564842189-0.7907331720811.073739856110.02120531929410.339546674966-0.0947903519063-0.259807072263-0.0370817169031-0.1654981246710.02258584004010.227160156685-1.22185587131E-50.3151995361030.00444736662153-0.01958854279270.406952538824-0.01268978037860.403258481932-17.566077265212.5399893971-104.878523493
30.894907961705-0.745701540258-0.1448645671070.165191445071-0.6635307218282.04273221111-0.2616753585710.0273816513477-0.01239350362490.07354522937760.02506939997550.0949405858706-0.06106160556460.10495931523-0.008187427931870.382450134978-0.0168496383680.0121830848660.281204170571-0.008596197914280.361717634705-13.28472269366.2341203943-95.6431064913
41.28527259835-0.493383128155-1.147781782520.8857790202791.069390191941.493989999590.1223348777470.2955386252990.02127863443230.1755606661430.01358036856020.0940478261956-0.0802026060928-0.04212301337164.53235337934E-50.32022216383-0.0213298273951-0.04220465382830.3303710138680.0241077970650.334922773724-11.3771315417-7.63821742392-73.1486115759
51.787948623010.705125549611-1.03122065382.01119166936-0.698103004740.895906525108-0.2364392395680.0457346587065-0.367287646580.17679154176-0.114893679019-0.2072132356460.471451068038-0.293373204037-0.003029076068530.3483768951450.0516771183405-0.05492182776070.348957627636-0.04364852509580.481678449507-13.4031092253-15.4811243795-67.9841794952
62.43655145503-0.366012994439-0.9728410997461.632843027530.7571306920141.57468223541-0.120312473351-0.170639356308-0.04173639838830.07477597769690.1246896268450.179751506842-0.0662118256264-0.180549620139-9.93345077718E-60.3340296764080.0183490893302-0.05106216744220.3773693261150.03276520167590.323367833119-29.163117976422.860233623-87.6733090156
70.783357207173-0.3816191032490.2792086388110.439385282335-0.4870708852811.53160154263-0.01437944867480.06829409721990.04229154607060.07708171370490.0536334633261-0.0184868505726-0.0330232632270.159881223253-9.02998803338E-60.34546845613-0.0273420181487-0.01208722806550.265585031742-0.02133828874910.384613316268-9.904114240455.18924786063-68.9697345737
84.370247914951.756637774390.9961631439992.02484102194-0.1028656896430.429309657547-1.082941340391.212363539270.0834236579341-0.778743417669-0.3999507688180.381571446750.672803198391-0.102075774139-0.2406148030051.38915075433-0.1895170192380.4368375225640.630169385313-0.0235127732117-0.00650114084983-36.542380659625.8641569971-103.772286873
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 81 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 119 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 180 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 181 through 220 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 99 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 100 through 225 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 75 through 81 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 38 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 39 through 161 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 162 through 219 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 1 through 17 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 18 through 98 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 99 through 143 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 144 through 225 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 75 through 81 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る