PDB-7c87: Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) C50S/F80C/C207S/C2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c87

タイトル

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) C50S/F80C/C207S/C213S mutant (ApPrx*F80C)

要素

Peroxiredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / antioxidant activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Himiyama, T. / Nakamura, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2021
タイトル: Rebuilding Ring-Type Assembly of Peroxiredoxin by Chemical Modification.
著者: Himiyama, T. / Tsuchiya, Y. / Yonezawa, Y. / Nakamura, T.

履歴

登録	2020年5月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c87.cif.gz	515.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c87.ent.gz	412.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c87_validation.pdf.gz	530.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c87_full_validation.pdf.gz	569 KB	表示
XML形式データ	7c87_validation.xml.gz	96.8 KB	表示
CIF形式データ	7c87_validation.cif.gz	131.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c89C 7c8aC 7cqjC 6krkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a2v-d 6krk-d 3a2w-d 2nvl-d 2e2g-d 2e2m-d 6krq-d 1x0r-d 6krm-d 3a5w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxiredoxin

B: Peroxiredoxin

C: Peroxiredoxin

D: Peroxiredoxin

E: Peroxiredoxin

F: Peroxiredoxin

G: Peroxiredoxin

H: Peroxiredoxin

I: Peroxiredoxin

J: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

288 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.065, 103.134, 104.956
Angle α, β, γ (deg.)	106.026, 104.752, 92.595
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase / ApTPx 分子量: 28651.797 Da / 分子数: 10 / 変異: C50S, F80C, C207S, C213S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 株: K1 / 遺伝子: APE_2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y9L0, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The reservoir solution contained 0.10 M sodium citrate (pH5.5) 0.20 M lithium sulfate 15% (v/v) reagent alcohol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 146036 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 7276 / CC_1/2: 0.927

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KRK

6krk

解像度: 2.2→49.227 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.108 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.181 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2072	7443	5.107 %
R_work	0.1564	138301	-
all	0.159	-	-
obs	-	145744	97.546 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.523 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.006 Å²	-0.002 Å²	0.004 Å²
2-	-	-0.005 Å²	-0.002 Å²
3-	-	-	-0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.227 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19680	0	130	896	20706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	20340
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	19070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.616	1.647	27660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.304	1.575	43960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.876	5	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.58	19.829	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.519	15	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.554	15	220
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	22670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	19129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	9791
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	9812
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	856
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.398	4.385	9750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.397	4.384	9749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.499	6.56	12170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.499	6.561	12171
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.707	4.94	10590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.707	4.94	10587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.903	7.181	15490
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.903	7.181	15491
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.595	51.257	22822
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.591	51.107	22698

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.263	560	0.208	10162	X-RAY DIFFRACTION	96.5772
2.257-2.319	0.235	519	0.185	9891	X-RAY DIFFRACTION	96.6305
2.319-2.386	0.229	530	0.176	9610	X-RAY DIFFRACTION	96.6451
2.386-2.46	0.221	498	0.169	9367	X-RAY DIFFRACTION	96.9247
2.46-2.54	0.238	451	0.175	9057	X-RAY DIFFRACTION	96.9512
2.54-2.629	0.245	504	0.183	8791	X-RAY DIFFRACTION	97.096
2.629-2.728	0.254	449	0.174	8526	X-RAY DIFFRACTION	97.4802
2.728-2.84	0.26	438	0.181	8190	X-RAY DIFFRACTION	97.5025
2.84-2.966	0.232	429	0.17	7820	X-RAY DIFFRACTION	97.6907
2.966-3.11	0.231	400	0.169	7537	X-RAY DIFFRACTION	97.6862
3.11-3.279	0.225	406	0.159	7161	X-RAY DIFFRACTION	97.6639
3.279-3.477	0.219	340	0.162	6803	X-RAY DIFFRACTION	97.7957
3.477-3.717	0.216	335	0.152	6373	X-RAY DIFFRACTION	98.3866
3.717-4.014	0.172	343	0.138	5997	X-RAY DIFFRACTION	98.8309
4.014-4.397	0.167	285	0.128	5502	X-RAY DIFFRACTION	98.9062
4.397-4.914	0.164	271	0.12	4998	X-RAY DIFFRACTION	98.837
4.914-5.672	0.177	233	0.137	4399	X-RAY DIFFRACTION	99.0167
5.672-6.941	0.199	200	0.149	3728	X-RAY DIFFRACTION	98.7431
6.941-9.792	0.144	164	0.126	2832	X-RAY DIFFRACTION	98.6825
9.792-49.227	0.193	88	0.192	1557	X-RAY DIFFRACTION	96.651

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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