PDB-7c84: Esterase AlinE4 mutant, D162A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c84

タイトル

Esterase AlinE4 mutant, D162A

要素

SGNH-hydrolase family esterase

キーワード

HYDROLASE / esterase / SGNH-hydrolase family / marine

機能・相同性

: / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / lysophospholipase activity / ACETATE ION / : / SGNH-hydrolase family esterase / SGNH-hydrolase family esterase

機能・相同性情報

生物種

Altererythrobacter indicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.552 Å

データ登録者

Li, Z. / Li, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2020
タイトル: Structure-guided protein engineering increases enzymatic activities of the SGNH family esterases.
著者: Li, Z. / Li, L. / Huo, Y. / Chen, Z. / Zhao, Y. / Huang, J. / Jian, S. / Rong, Z. / Wu, D. / Gan, J. / Hu, X. / Li, J. / Xu, X.W.

履歴

登録	2020年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c84.cif.gz	95.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c84.ent.gz	68.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c84_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c84_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	7c84_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	7c84_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c23C 7c29C 7c82C 7c85C 4jggS 7c2c S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c2c-d 7c82-d 7c2a-d 4mix-2 7c2d-d 2n3r-d 7c85-d 4fzn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SGNH-hydrolase family esterase

ヘテロ分子

21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.810, 79.810, 60.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-472- HOH

#1: タンパク質	SGNH-hydrolase family esterase 分子量: 20663.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Altererythrobacter indicus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LYH5, UniProt: A0A4P1LYH6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1M Sodium acetate, 100mM HEPES, pH 7.5, 50mM Cadmium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.06881 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.06881 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.552→48.42 Å / Num. obs: 29037 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 32.71
反射シェル	解像度: 1.552→1.607 Å / R_merge(I) obs: 0.262 / Num. unique obs: 2859

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JGG

4jgg

解像度: 1.552→48.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.827 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1538	1496	5.152 %
R_work	0.1144	27542	-
all	0.116	-	-
obs	-	27541	99.976 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.865 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.066 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.066 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.132 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.552→48.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1436	0	18	188	1642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.911	1.643	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.625	1.579	3508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.783	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.62	21.392	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.52	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.924	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.119	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.085	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.325	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.184	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.85	1.228	802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.756	1.22	799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.285	1.841	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.293	1.844	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.831	1.67	760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.829	1.67	761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.108	2.337	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.106	2.337	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.676	16.701	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.593	16.282	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.848	3	3072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.552-1.592	0.123	111	0.077	2001	X-RAY DIFFRACTION	99.9527
1.592-1.636	0.135	111	0.079	1946	X-RAY DIFFRACTION	100
1.636-1.683	0.147	114	0.078	1876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.683-1.735	0.142	100	0.075	1860	X-RAY DIFFRACTION	100
1.735-1.792	0.145	97	0.081	1784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.855	0.156	95	0.079	1737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.855-1.925	0.107	73	0.09	1675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.925-2.003	0.183	77	0.09	1637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.003-2.092	0.129	88	0.095	1553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.092-2.194	0.125	68	0.101	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.313	0.134	86	0.104	1412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.313-2.453	0.168	83	0.106	1352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.453-2.622	0.131	68	0.116	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.9251
2.622-2.831	0.143	60	0.115	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-3.1	0.147	57	0.134	1105	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.465	0.138	52	0.134	1018	X-RAY DIFFRACTION	100
3.465-3.999	0.175	54	0.145	890	X-RAY DIFFRACTION	99.7886
3.999-4.891	0.193	43	0.135	763	X-RAY DIFFRACTION	100
4.891-6.891	0.2	36	0.178	613	X-RAY DIFFRACTION	99.8462
6.891-48.42	0.232	23	0.197	379	X-RAY DIFFRACTION	99.5049

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関連情報:EMDBヘッダ

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