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万見
- PDB-7c7q: Cryo-EM structure of the baclofen/BHFF-bound human GABA(B) recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c7q
タイトルCryo-EM structure of the baclofen/BHFF-bound human GABA(B) receptor in active state
要素
  • Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
  • Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GABAB / Cryo-EM / GPCR / active / PAM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / negative regulation of dopamine secretion / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion ...negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / negative regulation of dopamine secretion / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / negative regulation of synaptic transmission / positive regulation of glutamate secretion / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / axolemma / dendritic shaft / response to nicotine / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / mitochondrial membrane / GABA-ergic synapse / Schaffer collateral - CA1 synapse / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / osteoblast differentiation / synaptic vesicle / transmembrane signaling receptor activity / presynaptic membrane / response to ethanol / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / extracellular space / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
baclofen / Chem-FN0 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mao, C. / Shen, C. / Li, C. / Shen, D. / Xu, C. / Zhang, S. / Zhou, R. / Shen, Q. / Chen, L. / Jiang, Z. ...Mao, C. / Shen, C. / Li, C. / Shen, D. / Xu, C. / Zhang, S. / Zhou, R. / Shen, Q. / Chen, L. / Jiang, Z. / Liu, J. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81922071 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507003 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of inactive and active GABA receptor.
著者: Chunyou Mao / Cangsong Shen / Chuntao Li / Dan-Dan Shen / Chanjuan Xu / Shenglan Zhang / Rui Zhou / Qingya Shen / Li-Nan Chen / Zhinong Jiang / Jianfeng Liu / Yan Zhang /
要旨: Metabotropic GABA G protein-coupled receptor functions as a mandatory heterodimer of GB1 and GB2 subunits and mediates inhibitory neurotransmission in the central nervous system. Each subunit is ...Metabotropic GABA G protein-coupled receptor functions as a mandatory heterodimer of GB1 and GB2 subunits and mediates inhibitory neurotransmission in the central nervous system. Each subunit is composed of the extracellular Venus flytrap (VFT) domain and transmembrane (TM) domain. Here we present cryo-EM structures of full-length human heterodimeric GABA receptor in the antagonist-bound inactive state and in the active state complexed with an agonist and a positive allosteric modulator in the presence of G protein at a resolution range of 2.8-3.0 Å. Our structures reveal that agonist binding stabilizes the closure of GB1 VFT, which in turn triggers a rearrangement of TM interfaces between the two subunits from TM3-TM5/TM3-TM5 in the inactive state to TM6/TM6 in the active state and finally induces the opening of intracellular loop 3 and synergistic shifting of TM3, 4 and 5 helices in GB2 TM domain to accommodate the α5-helix of G. We also observed that the positive allosteric modulator anchors at the dimeric interface of TM domains. These results provide a structural framework for understanding class C GPCR activation and a rational template for allosteric modulator design targeting the dimeric interface of GABA receptor.
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30300
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
B: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,20912
ポリマ－185,8952
非ポリマー2,31410
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / Gb1


分子量: 99082.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR1, GPRC3A / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBS5
#2: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gb2 / G-protein coupled receptor 51 / HG20


分子量: 86812.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR2, GPR51, GPRC3B / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75899
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-FN0 / (3S)-5,7-ditert-butyl-3-oxidanyl-3-(trifluoromethyl)-1-benzofuran-2-one / (S)-BHFF


分子量: 330.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21F3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-2C0 / baclofen / (3R)-4-amino-3-(4-chlorophenyl)butanoic acid / (-)-バクロフェン


分子量: 213.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12ClNO2 / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The baclofen/BHFF-bound GABAB heterodimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293F
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
150 mMHEPES1
2150 mMNaCl1
32 mMMgCl21
40.002 (w/v)%LMNG1
50.0004 (w/v)%CHS1
6100 uMbaclofen1
750 uMBHFF1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 倍率（補正後）: 49310 X / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 64 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 4624
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4Gctfv1.18CTF補正
7Coot0.89モデルフィッティング
11RELION3.0-beta2分類
12RELION3.0-beta2３次元再構成
13PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3075533
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 237606 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 7C7S

7c7s


Accession code: 7C7S / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00411150
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68815133
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.5356591
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0681728
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0161886

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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