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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c70 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of beta-glycosides-binding protein (W67A) of ABC transporter in an open-liganded state bound to gentiobiose | ||||||
![]() | Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Conformational dynamics / substrate-binding protein / Induced-fit mechanism / Two-step ligand binding / Venus Fly-trap mechanism | ||||||
機能・相同性 | ![]() maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Samanta, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational Trapping of a beta-Glucosides-Binding Protein Unveils the Selective Two-Step Ligand-Binding Mechanism of ABC Importers. 著者: Chandravanshi, M. / Samanta, R. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 338.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 270.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7c63SC ![]() 7c64C ![]() 7c66C ![]() 7c67C ![]() 7c68C ![]() 7c69C ![]() 7c6fC ![]() 7c6gC ![]() 7c6hC ![]() 7c6iC ![]() 7c6jC ![]() 7c6kC ![]() 7c6lC ![]() 7c6mC ![]() 7c6nC ![]() 7c6rC ![]() 7c6tC ![]() 7c6vC ![]() 7c6wC ![]() 7c6xC ![]() 7c6yC ![]() 7c6zC ![]() 7c71C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 415 / Label seq-ID: 3 - 416
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45908.156 Da / 分子数: 2 / 変異: W67A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: TTHB082 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 10種, 850分子 ![](data/chem/img/SO2.gif)
![](data/chem/img/SO3.gif)
![](data/chem/img/CO2.gif)
![](data/chem/img/PGO.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO3.gif)
![](data/chem/img/CO2.gif)
![](data/chem/img/PGO.gif)
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![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO3 / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #11: 化合物 | ChemComp-IMD / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.36 % / 解説: Monoclinic |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulphate, 55% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年2月11日 / 詳細: VariMax HF | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.63→49.53 Å / Num. obs: 85916 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 15.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7C63 解像度: 1.63→49.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.126 / SU ML: 0.055 / SU R Cruickshank DPI: 0.0882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.21 Å2 / Biso mean: 16.092 Å2 / Biso min: 6.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.63→49.48 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 13309 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.63→1.671 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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