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- PDB-7c6c: Crystal structure of native chitosanase from Bacillus subtilis MY002 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c6c
タイトルCrystal structure of native chitosanase from Bacillus subtilis MY002
要素Chitosanase
キーワードHYDROLASE / chitosanase
機能・相同性
機能・相同性情報


chitosanase / chitosanase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitosanases families 46 and 80 active sites signature. / Glycoside hydrolase, family 46, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 46 / Glycoside hydrolase, family 46 / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / Chitosanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.258 Å
データ登録者Gou, Y. / Liu, Z.C. / Xie, T. / Wang, G.G.
引用ジャーナル: Colloids Surf B Biointerfaces / 年: 2021
タイトル: Structure-based rational design of chitosanase CsnMY002 for high yields of chitobiose.
著者: Li, Y. / Gou, Y. / Liu, Z. / Xie, T. / Wang, G.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitosanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5982
ポリマ－27,4641
非ポリマー1341
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.381, 77.666, 79.211
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chitosanase


分子量: 27463.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: csn, BSU26890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O07921, chitosanase
#2: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.15 M DL-Malic acid pH7.0 and 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97854 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97854 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.258→28.083 Å / Num. obs: 79276 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 11.76 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.258→1.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 3928 / CC1/2: 0.945 / % possible all: 98.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OLT

4olt


解像度: 1.258→28.083 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.166 3859 4.87 %
Rwork0.1497 75342 -
obs0.1506 79201 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 46.64 Å2 / Biso mean: 17.1443 Å2 / Biso min: 7.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.258→28.083 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1929 0 9 335 2273
Biso mean--31.88 27.12 -
残基数----241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7682738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.4642166
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2581-1.27350.18411150.1532256095
1.2735-1.28960.15531600.13662654100
1.2896-1.30660.15361290.13132676100
1.3066-1.32450.15181260.12222712100
1.3245-1.34340.14731110.12652709100
1.3434-1.36340.14111240.12492696100
1.3634-1.38470.14061270.12112694100
1.3847-1.40740.15931210.12632701100
1.4074-1.43170.14791160.12342715100
1.4317-1.45770.16621340.12422684100
1.4577-1.48580.1461580.12342683100
1.4858-1.51610.15441730.12422674100
1.5161-1.54910.15971410.11912672100
1.5491-1.58510.13371400.12052727100
1.5851-1.62470.13731420.12162684100
1.6247-1.66860.13811480.12592655100
1.6686-1.71770.14831180.13452755100
1.7177-1.77320.15811430.14272714100
1.7732-1.83650.17261400.14972689100
1.8365-1.91010.16971280.15142728100
1.9101-1.9970.19051410.15512721100
1.997-2.10220.16181450.14712728100
2.1022-2.23390.16631590.15012716100
2.2339-2.40630.16031450.15052731100
2.4063-2.64830.16071570.16312743100
2.6483-3.03110.17311510.1661273999
3.0311-3.81730.20061340.1658267495
3.8173-28.0830.16781330.1732250885

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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