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万見
- PDB-7c6b: Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 6-(3-(2-carb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c6b
タイトルCrystal structure of Ago2 MID domain in complex with 6-(3-(2-carboxyethyl)phenyl)purine riboside monophosphate
要素Protein argonaute-2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ARGONAUTE / MID DOMAIN / RIBONUCLEOPROTEIN / RNA-BINDING / RNA-MEDIATED GENE SILENCING / TRANSLATION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / positive regulation of trophoblast cell migration / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / miRNA metabolic process / mRNA cap binding / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / siRNA processing / siRNA binding / regulation of synapse maturation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / RISC complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / P-body assembly / miRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II complex binding / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / RNA endonuclease activity / positive regulation of translation / post-embryonic development / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / P-body / MAPK6/MAPK4 signaling / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / postsynapse / translation / dendrite / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain ...Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K2R / PHOSPHATE ION / Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Suzuki, M. / Takahashi, Y. / Saito, J. / Miyagi, H. / Shinohara, F.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2021
タイトル: siRNA potency enhancement via chemical modifications of nucleotide bases at the 5'-end of the siRNA guide strand.
著者: Shinohara, F. / Oashi, T. / Harumoto, T. / Nishikawa, T. / Takayama, Y. / Miyagi, H. / Takahashi, Y. / Nakajima, T. / Sawada, T. / Koda, Y. / Makino, A. / Sato, A. / Hamaguchi, K. / Suzuki, M. ...著者: Shinohara, F. / Oashi, T. / Harumoto, T. / Nishikawa, T. / Takayama, Y. / Miyagi, H. / Takahashi, Y. / Nakajima, T. / Sawada, T. / Koda, Y. / Makino, A. / Sato, A. / Hamaguchi, K. / Suzuki, M. / Yamamoto, J. / Tomari, Y. / Saito, J.I.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-2
B: Protein argonaute-2
C: Protein argonaute-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0278
ポリマ－46,3963
非ポリマー1,6315
水5,098283
1
A: Protein argonaute-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9462
ポリマ－15,4651
非ポリマー4801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7210 Å2
手法PISA
2
B: Protein argonaute-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9462
ポリマ－15,4651
非ポリマー4801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7000 Å2
手法PISA
3
C: Protein argonaute-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1364
ポリマ－15,4651
非ポリマー6703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.280, 66.460, 40.420
Angle α, β, γ (deg.)107.060, 95.630, 86.400
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-2 / hAgo2 / Argonaute RISC catalytic component 2 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 2 / ...hAgo2 / Argonaute RISC catalytic component 2 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 2 / eIF2C 2 / PAZ Piwi domain protein / PPD / Protein slicer


分子量: 15465.193 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGO2, EIF2C2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UKV8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-K2R / 3-[3-[9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]purin-6-yl]phenyl]propanoic acid


分子量: 480.365 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.51 Å / Num. obs: 51572 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.429 % / Biso Wilson estimate: 37.512 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rrim(I) all: 0.215 / Χ2: 1.143 / Net I/σ(I): 5.44 / Num. measured all: 228418 / Scaling rejects: 456
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.83.3511.11.4427052811180730.6011.30799.5
1.8-1.934.0980.6642.9433629823382070.8320.76399.7
1.93-2.084.6410.4144.9332942710970980.9270.46899.8
2.08-2.284.8140.3136.2232811682468160.9390.35299.9
2.28-2.554.7930.2597.0129262611461050.9460.29199.9
2.55-2.944.7660.2257.6525292530753070.9580.253100
2.94-3.614.7890.2078.2621964459245860.9560.23399.9
3.61-5.14.7890.168.5916656349034780.970.1899.7
5.1-38.514.6320.1268.488810192019020.9860.14399.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.05 Å38.51 Å
Translation3.05 Å38.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L45

6l45
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.7→38.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 8.614 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.1072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 2589 5 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
obs0.1962 48783 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.25 Å2 / Biso mean: 42.944 Å2 / Biso min: 23.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20.14 Å2-0.49 Å2
2---0.57 Å20.57 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→38.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3103 0 109 283 3495
Biso mean--62.62 51.16 -
残基数----400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7171.6964485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3771.5967282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7165404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78822.329146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17315584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2851519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02644
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 205 -
Rwork0.363 3583 -
all-3788 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8147-0.25730.79533.54020.12933.7279-0.0709-0.0488-0.0272-0.01350.0860.1568-0.03150.0587-0.0150.1514-0.0101-0.08640.01090.02040.07586.4337-10.7326-23.8075
24.58921.36670.64442.86930.34891.62910.2503-0.12190.10690.2069-0.073-0.0220.0341-0.1775-0.17730.25890.0485-0.15490.0372-0.00770.1728-13.84251.0475-2.7079
31.7634-0.1389-0.62743.55541.52213.74310.02760.223-0.0639-0.71540.0562-0.2679-0.25220.2501-0.08380.43920.022-0.0540.08010.03680.274611.08622.3642-10.1524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A441 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B441 - 601
3X-RAY DIFFRACTION3C441 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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