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万見
- PDB-7c61: Crystal structure of 5-HT1B-BRIL and SRP2070_Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c61
タイトルCrystal structure of 5-HT1B-BRIL and SRP2070_Fab complex
要素
  • 5-hydroxytryptamine receptor 1B,Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 1B
  • IGG HEAVY CHAIN
  • IGG LIGHT CHAIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / BRIL / Crystallization / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / serotonergic synapse / G protein-coupled serotonin receptor complex / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / regulation of behavior / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to mineralocorticoid / negative regulation of serotonin secretion / Serotonin receptors ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / serotonergic synapse / G protein-coupled serotonin receptor complex / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / regulation of behavior / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to mineralocorticoid / negative regulation of serotonin secretion / Serotonin receptors / drinking behavior / cellular response to temperature stimulus / serotonin binding / bone remodeling / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / vasoconstriction / G protein-coupled receptor internalization / G protein-coupled serotonin receptor activity / : / neurotransmitter receptor activity / regulation of synaptic vesicle exocytosis / cellular response to alkaloid / regulation of dopamine secretion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / calyx of Held / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to cocaine / electron transport chain / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / response to ethanol / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / dendrite / heme binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 1B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Ergotamine / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Suzuki, M. / Miyagi, H. / Asada, H. / Yasunaga, M. / Suno, C. / Takahashi, Y. / Saito, J. / Iwata, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: The discovery of a new antibody for BRIL-fused GPCR structure determination.
著者: Miyagi, H. / Asada, H. / Suzuki, M. / Takahashi, Y. / Yasunaga, M. / Suno, C. / Iwata, S. / Saito, J.I.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG LIGHT CHAIN
H: IGG HEAVY CHAIN
A: 5-hydroxytryptamine receptor 1B,Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6154
ポリマ－104,0333
非ポリマー5821
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)248.800, 65.700, 79.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 IGG LIGHT CHAIN


分子量: 23681.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 IGG HEAVY CHAIN


分子量: 35237.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 5-hydroxytryptamine receptor 1B,Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 1B / 5-HT1B / S12 / Serotonin 1D beta receptor / 5-HT-1D-beta / Serotonin receptor 1B / Cytochrome b-562 ...5-HT1B / S12 / Serotonin 1D beta receptor / 5-HT-1D-beta / Serotonin receptor 1B / Cytochrome b-562 / 5-HT1B / S12 / Serotonin 1D beta receptor / 5-HT-1D-beta / Serotonin receptor 1B


分子量: 45114.523 Da / 分子数: 1 / Mutation: L138W,M1007W,H1102I,R1106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR1B, HTR1DB, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P28222, UniProt: P0ABE7
#4: 化合物 ChemComp-ERM / Ergotamine / エルゴタミン


分子量: 581.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35N5O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経伝達物質, alkaloid*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 30% PEG400, 0.4M SODIUM THIOCYANATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.5 Å / Num. obs: 25815 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.483 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.491 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 760396 / Scaling rejects: 271
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.1828.23.25711623441190.5940.6173.3171.6100
9-48.528.30.1072868710150.9920.0210.1093199.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.02 Å48.5 Å
Translation7.02 Å48.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IAR

4iar


解像度: 3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.444 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2898 1247 4.8 %RANDOM
Rwork0.2522 ---
obs0.2541 24564 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 360.78 Å2 / Biso mean: 152.781 Å2 / Biso min: 42.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å20 Å20.19 Å2
2--2.07 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6143 0 43 0 6186
Biso mean--287.77 --
残基数----790
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0136351
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0175754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.681.6488676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4131.57413345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2225781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.78722.825269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.45515997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3961522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021339
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 79 -
Rwork0.34 1788 -
all-1867 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04580.5316-0.2524.8483-0.10762.32420.0918-0.0209-0.109-0.3741-0.2755-0.2005-0.1322-0.00940.18370.27670.03530.03520.01650.01480.173249.20911.261101.632
21.076-0.2071-0.52385.8221-0.45422.6103-0.08360.0751-0.2495-0.4226-0.1105-0.5782-0.01810.81740.19410.58730.04480.21860.32890.02930.519770.39710.1275.091
30.7720.71270.87711.16910.7911.80150.08040.5525-0.1904-0.45960.0538-0.02150.2843-0.1254-0.13410.83740.0888-0.0291.9889-0.08021.8028-12.66-3.729101.64
46.8186-0.5119-1.23045.5728-1.3175.31250.01870.7790.06480.1018-0.13830.8716-0.1651-0.79110.11960.3993-0.00790.08180.1957-0.02260.353332.2166.203120.396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 109
2X-RAY DIFFRACTION1H1 - 119
3X-RAY DIFFRACTION2L110 - 213
4X-RAY DIFFRACTION2H120 - 219
5X-RAY DIFFRACTION3A38 - 239
6X-RAY DIFFRACTION3A240 - 422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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