PDB-7c50: Crystal structure of a Simpl-like protein from Campylobacter jeju...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c50

タイトル

Crystal structure of a Simpl-like protein from Campylobacter jejuni (selenomethionine-incorporated protein)

要素

SIMPL domain-containing protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION /

Campylobacter jejuni / Simpl-like protein

機能・相同性

Uncharacterised conserved protein UCP029033, periplasmic protein / Interleukin-1 receptor-associated kinase 1-binding protein 1/DUF541 / Protein of unknown function (DUF541) / SIMPL domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Oh, H.B. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of a Simpl-like protein from Campylobacter jejuni.
著者: Oh, H.B. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2020年5月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c50.cif.gz	106.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c50.ent.gz	72.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/7c50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/7c50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c51C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c51-d 4kqt-d 4ts0-d 4phq-3 4pho-3 4rhd-d 5lea-d 4ts2-d 3o01-1 4fmk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SIMPL domain-containing protein

24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.675, 82.675, 202.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-368- HOH
2	1	A-369- HOH

#1: タンパク質	SIMPL domain-containing protein / Simpl-like protein 分子量: 24548.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: EAS83_04275, EID16_09040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Z9IF87
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: polyethylene glycol 8000, calcium acetate, imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→30 Å / Num. obs: 20244 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 41.1
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1001 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.93→29.21 Å / SU ML: 0.2411 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1324
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2496	1021	5.04 %
R_work	0.2185	19221	-
obs	0.2201	20242	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→29.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1497	0	0	71	1568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0127	1515
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1532	2053
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0731	244
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	265
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5558	935

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-2.03	0.3041	149	0.2391	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.03-2.16	0.3429	140	0.2544	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.16-2.33	0.2884	135	0.2462	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.33-2.56	0.287	140	0.2416	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.56-2.93	0.2784	156	0.2408	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.93-3.69	0.2471	138	0.2109	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.69-29.21	0.2112	163	0.1983	2793	X-RAY DIFFRACTION	97.08

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.03943877576	0.165867847191	-3.34595975624	4.50892840082	2.62016684801	2.15726865736	-0.291603574663	-0.374608707479	0.121966281502	0.421676833104	-0.484232997196	0.181195940162	0.0965460112387	0.510717988622	0.687254789673	0.243499016063	-0.0305925601269	0.00619587024462	0.536749155233	-0.0757509514556	0.280509362382	28.4838436114	-4.08708208709	57.3133308915
2	5.98461276811	4.96975167408	4.64298392515	6.55058447538	4.53947190816	6.38553950872	-0.216018200793	-0.0120694258388	0.108550445055	-0.378439028631	0.111769842773	0.982610075506	-0.285138065	-0.0259291383772	0.147760112699	0.271426834826	-0.0378696465722	-0.124496460146	0.23209452395	0.0870949334223	0.45329732456	11.4901506683	-27.0640328474	19.4868232793
3	6.88351240064	5.72823160125	1.84500829646	2.67628990398	3.72783166981	2.95728524272	-0.634339022973	0.445890082956	-0.13742645614	-1.17893670313	0.509883433251	0.26689217031	-0.454294127094	0.160048837834	0.100731773413	0.411214374711	-0.127332428973	-0.167013531579	0.3272631923	0.123438987423	0.468038844802	12.7784702737	-29.3680864798	9.99138244644
4	6.08670089153	2.02570134479	2.4340769889	6.95306466926	1.57023193792	2.9592655515	0.0813098935491	-0.19087282207	-0.42747175822	0.0693843629952	-0.135569109368	0.211998225189	-0.243529015326	0.481117420603	0.0538176804615	0.242516583747	-0.0358403545042	-0.0614292296621	0.314016107303	0.0724523244615	0.311281165819	17.1750602999	-30.1979179083	17.9971805286
5	0.404859022887	0.130126331046	-1.16105212348	4.09744489924	3.69911350542	7.97195226547	-0.233947308379	-0.0428972075186	-0.404631437758	-0.502651188054	0.351411396183	-0.573570443034	-1.53649371374	-2.34863452565	-0.117209437203	0.560267030389	0.0951152497548	-0.0981956613099	0.874858957481	0.0622459314867	1.27414152083	-10.0196847897	-38.1261472779	13.6297071114
6	3.34621504204	2.12479800754	1.57704137168	4.20619556563	2.59332447556	3.819971108	-0.389166421565	0.260029162651	0.469404340022	-0.388654194337	0.0791564159629	0.936550123107	-0.743192432391	0.1324796108	0.306164317285	0.33703115857	-0.0431475146632	-0.0892634732665	0.285117527266	0.0723610473574	0.391985013745	15.2968168231	-20.300751373	21.5093348248
7	4.23474867528	3.01382282383	0.795765596565	7.95444870626	5.19547303926	7.49122200034	-0.012637128307	-0.588712542233	0.343187209164	0.0103365097921	0.451793838142	-0.428184650102	-0.232794548389	1.4516053199	-0.482585325101	0.243222296619	-0.0357122794419	0.0310923404199	0.810039132526	-0.0928662862118	0.293679016886	34.1751711863	-9.21620505371	50.1930835416
8	5.95871369013	4.72294696875	4.14446582552	6.09181643446	3.39697396757	6.67900989989	-0.126687876035	0.16915220904	-0.00283342356966	0.33395491967	0.464942216386	-0.847606144811	0.41973894918	1.00924473204	-0.618738458187	0.450026473399	0.159035461341	-0.0292899853956	0.845317977958	-0.0797570238564	0.476612891248	32.2956213613	-8.27387451917	64.200709418
9	2.560118095	0.166829128596	-0.789489092467	4.42931033676	3.77376351838	5.83360738359	0.0184480757086	0.023871763961	0.470623984347	-0.891079745693	-0.119452892667	0.95256799982	-1.11504634053	-1.12260406831	0.257973626575	0.458782393296	0.0713548550652	-0.159075233463	0.445799493865	0.00980963277567	0.408111647875	20.4579777791	-9.44243489601	37.4141745154
10	2.25244845892	0.769254471031	0.132745000342	5.08831496471	4.60970529745	2.09646297121	0.220399448831	-0.695705660673	-0.0739312025307	0.408110993888	0.594116508426	0.0139655633351	0.456442689004	0.866986167376	-0.233692054908	0.207013505157	0.044399839305	0.00876210703939	0.719377080969	-0.0573371095781	0.211002135996	28.1068372383	-7.80584918899	53.5523363212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 102 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 117 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 118 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 185 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 186 through 203 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 217 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 218 through 230 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)