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万見
- PDB-7c4k: Ancestral L-amino acid oxidase (AncLAAO-N5) ligand free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c4k
タイトルAncestral L-amino acid oxidase (AncLAAO-N5) ligand free form
要素Ancestral L-amino acid oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-amino acid oxidase
機能・相同性FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nakano, S. / Minamino, Y. / Karasuda, H. / Ito, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K18688 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K14391 日本
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: Ancestral L-amino acid oxidases for deracemization and stereoinversion of amino acids
著者: Nakano, S. / Kozuka, K. / Minamino, Y. / Karasuda, H. / Hasebe, F. / Ito, S.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancestral L-amino acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7502
ポリマ－74,9641
非ポリマー7861
水5,296294
1
A: Ancestral L-amino acid oxidase
ヘテロ分子

A: Ancestral L-amino acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,4994
ポリマ－149,9282
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area6790 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area46320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.897, 131.897, 191.225
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ancestral L-amino acid oxidase


分子量: 74963.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 1.0M NaCl, 0.1M citric acid pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.81 Å / Num. obs: 33315 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 34.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.674 / Num. unique obs: 4796 / CC1/2: 0.967

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.8 Å / SU ML: 0.2586 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.4428 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 1587 4.76 %
Rwork0.1706 31723 -
obs0.1734 33310 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4898 0 53 294 5245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00785081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92336907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0519729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.78022974
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.24251350.18952845X-RAY DIFFRACTION99.87
2.48-2.570.29131350.19072827X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.670.24811370.18972862X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.790.25861470.18952834X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.940.25481370.19642858X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.120.25961430.20262849X-RAY DIFFRACTION99.97
3.12-3.360.2511370.18882884X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.70.23841660.16572869X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.230.2031530.14912882X-RAY DIFFRACTION100
4.23-5.330.19921270.13772966X-RAY DIFFRACTION100
5.33-47.80.21221700.17173047X-RAY DIFFRACTION99.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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