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万見
- PDB-7c4j: Cryo-EM structure of the yeast Swi/Snf complex in a nucleosome fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c4j
タイトルCryo-EM structure of the yeast Swi/Snf complex in a nucleosome free state
要素
  • (SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit ...) x 2
  • (Transcription regulatory protein ...) x 3
  • Actin-like protein ARP9
  • Actin-related protein 7
  • Regulator of Ty1 transposition protein 102
  • SWI/SNF complex subunit SWI3
  • SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
  • Unkown
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SWI/SNF remodeling / Swi-Snf complex / nucleosome
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite activation of transcription / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / histone H4 reader activity / aggrephagy / Platelet degranulation ...carbon catabolite activation of transcription / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / histone H4 reader activity / aggrephagy / Platelet degranulation / HDACs deacetylate histones / DNA strand invasion / rDNA binding / DNA translocase activity / nucleosome array spacer activity / ATP-dependent chromatin remodeler activity / RSC-type complex / nucleosome disassembly / SUMOylation of chromatin organization proteins / SWI/SNF complex / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / maturation of LSU-rRNA / cellular response to amino acid starvation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / histone reader activity / : / nucleotide-excision repair / helicase activity / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / chromatin DNA binding / DNA-templated DNA replication / structural constituent of chromatin / double-strand break repair / chromatin organization / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / histone binding / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / : / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ ...Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / : / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / HSA domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / SANT domain profile. / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Actin; Chain A, domain 4 / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / ATPase, nucleotide binding domain / Actin / Actin family / Actin / Helicase conserved C-terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Nucleotidyltransferase; domain 5 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / Transcription regulatory protein SNF6 / Transcription regulatory protein SNF2 / SWI/SNF complex subunit SWI3 / SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82 / Regulator of Ty1 transposition protein 102 / Transcription regulatory protein SNF12 / Actin-like protein ARP9 / Actin-related protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Wang, C.C. / Guo, Z.Y. / Zhan, X.C. / Zhang, X.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the yeast Swi/Snf complex in a nucleosome free state.
著者: Chengcheng Wang / Zhouyan Guo / Xiechao Zhan / Fenghua Yang / Mingxuan Wu / Xiaofeng Zhang /
要旨: SWI/SNF remodelers play a key role in regulating chromatin architecture and gene expression. Here, we report the cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae Swi/Snf complex in a nucleosome-free ...SWI/SNF remodelers play a key role in regulating chromatin architecture and gene expression. Here, we report the cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae Swi/Snf complex in a nucleosome-free state. The structure consists of a stable triangular base module and a flexible Arp module. The conserved subunits Swi1 and Swi3 form the backbone of the complex and closely interact with other components. Snf6, which is specific for yeast Swi/Snf complex, stabilizes the binding of the ATPase-containing subunit Snf2 to the base module. Comparison of the yeast Swi/Snf and RSC complexes reveals conserved structural features that govern the assembly and function of these two subfamilies of chromatin remodelers. Our findings complement those from recent structures of the yeast and human chromatin remodelers and provide further insights into the assembly and function of the SWI/SNF remodelers.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30285
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription regulatory protein SNF12
B: SWI/SNF complex subunit SWI3
C: Transcription regulatory protein SNF6
D: SWI/SNF complex subunit SWI3
E: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
F: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
H: Transcription regulatory protein SNF2
I: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1
G: Unkown
J: Regulator of Ty1 transposition protein 102
K: Actin-related protein 7
L: Actin-like protein ARP9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)935,47012
ポリマ－935,47012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area105490 Å2
ΔGint-630 kcal/mol
Surface area166180 Å2

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要素

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Transcription regulatory protein ... , 3種, 3分子 ACH

#1: タンパク質 Transcription regulatory protein SNF12 / SWI/SNF complex component SWP73


分子量: 63947.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P53628
#3: タンパク質 Transcription regulatory protein SNF6 / SWI/SNF complex component SNF6


分子量: 37652.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P18888
#6: タンパク質 Transcription regulatory protein SNF2 / ATP-dependent helicase SNF2 / Regulatory protein GAM1 / Regulatory protein SWI2 / SWI/SNF complex ...ATP-dependent helicase SNF2 / Regulatory protein GAM1 / Regulatory protein SWI2 / SWI/SNF complex component SNF2 / Transcription factor TYE3


分子量: 194315.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c
参照: UniProt: P22082, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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タンパク質 , 6種, 7分子 BDEGJKL

#2: タンパク質 SWI/SNF complex subunit SWI3 / Transcription factor TYE2 / Transcription regulatory protein SWI3


分子量: 93034.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P32591
#4: タンパク質 SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82


分子量: 70366.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P43554
#8: タンパク質 Unkown


分子量: 7600.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c
#9: タンパク質 Regulator of Ty1 transposition protein 102


分子量: 17817.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P53330
#10: タンパク質 Actin-related protein 7 / Actin-like protein ARP7 / Chromatin structure-remodeling complex protein ARP7 / SWI/SNF complex component ARP7


分子量: 53863.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q12406
#11: タンパク質 Actin-like protein ARP9 / Chromatin structure-remodeling complex protein ARP9 / SWI/SNF complex component ARP9


分子量: 53131.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q05123

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SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit ... , 2種, 2分子 FI

#5: タンパク質 SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / SWI/SNF complex subunit SNF5 / Transcription factor TYE4 / Transcription regulatory protein SNF5


分子量: 102642.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P18480
#7: タンパク質 SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / Regulatory protein GAM3 / SWI/SNF complex subunit SWI1 / Transcription regulatory protein ADR6 / ...Regulatory protein GAM3 / SWI/SNF complex subunit SWI1 / Transcription regulatory protein ADR6 / Transcription regulatory protein SWI1


分子量: 148065.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P09547

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詳細

配列の詳細Authors state that the residues except Ala were basically generated from our EM map and seem like ...Authors state that the residues except Ala were basically generated from our EM map and seem like those side-chains for the chain G (unknown molecule).

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: the yeast Swi/Snf complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1.14 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288C
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 386469 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.89 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00722752
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72930722
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.8712936
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0463455
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053933

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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