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- PDB-2z8y: Xenon-bound structure of bifunctional carbon monoxide dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z8y
タイトルXenon-bound structure of bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase(CODH/ACS) from Moorella thermoacetica
要素(Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit ...) x 2
キーワードOxidoreductase/Transferase / Xenon / carbon monoxide (CO) channel / Nickel-Iron-Sulfur (Ni-Fe-S) cluster / Nickel-Copper-Iron-Sulfur (Ni-Cu-Fe-S) cluster / Helical domain / Rossmann fold / Clostridium thermoaceticum / Wood-Ljundahl pathway / Carbon dioxide fixation / Electron transport / Metal-binding / Oxidoreductase / Transport / Transferase / Oxidoreductase-Transferase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / hydroxylamine reductase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / acetyl-CoA metabolic process / carbon fixation / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity ...CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / hydroxylamine reductase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / acetyl-CoA metabolic process / carbon fixation / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain M, domain 1 / Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain D, domain 4 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5 / Ribonuclease HI; Chain A / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal ...Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain M, domain 1 / Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain D, domain 4 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5 / Ribonuclease HI; Chain A / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / XENON / Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha / Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Doukov, T.I. / Blasiak, L.C. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Xenon in and at the End of the Tunnel of Bifunctional Carbon Monoxide Dehydrogenase/Acetyl-CoA Synthase
著者: Doukov, T.I. / Blasiak, L.C. / Seravalli, J. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L.
履歴
登録2007年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN The oxidation states of metal clusters in this structure are unknown.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit beta
B: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit beta
C: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit beta
D: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit beta
M: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit alpha
N: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit alpha
O: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit alpha
P: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)630,94479
ポリマ－619,2958
非ポリマー11,64971
水20,7711153
1
A: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit beta
B: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit beta
M: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit alpha
N: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,61041
ポリマ－309,6484
非ポリマー5,96337
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26210 Å2
ΔGint-304.4 kcal/mol
Surface area86460 Å2
手法PISA
2
C: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit beta
D: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit beta
O: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit alpha
P: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,33438
ポリマ－309,6484
非ポリマー5,68634
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25330 Å2
ΔGint-302.3 kcal/mol
Surface area88190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.54, 136.60, 141.75
Angle α, β, γ (deg.)101.29, 109.22, 103.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
12M
22N
32O
42P
13M
23N
33O
43P
14M
24N
34O
44P

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROARGARGAA2 - 5302 - 530
211PROPROARGARGBB2 - 5302 - 530
311PROPROARGARGCC2 - 5302 - 530
411PROPROARGARGDD2 - 5302 - 530
521GLYGLYTYRTYRAA540 - 674540 - 674
621GLYGLYTYRTYRBB540 - 674540 - 674
721GLYGLYTYRTYRCC540 - 674540 - 674
821GLYGLYTYRTYRDD540 - 674540 - 674
112THRTHRGLYGLYME2 - 3102 - 310
212THRTHRGLYGLYNF2 - 3102 - 310
312THRTHRGLYGLYOG2 - 3102 - 310
412THRTHRGLYGLYPH2 - 3102 - 310
113LEULEUMETMETME320 - 478320 - 478
213LEULEUMETMETNF320 - 478320 - 478
313LEULEUMETMETOG320 - 478320 - 478
413LEULEUMETMETPH320 - 478320 - 478
114VALVALHISHISME500 - 720500 - 720
214VALVALHISHISNF500 - 720500 - 720
314VALVALHISHISOG500 - 720500 - 720
414VALVALHISHISPH500 - 720500 - 720

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit ... , 2種, 8分子 ABCDMNOP

#1: タンパク質
Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit beta / Carbon monoxide dehydrogenase subunit / CODH/ACS / CODH subunit


分子量: 73006.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア)
参照: UniProt: P27989, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質
Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl CoA synthase subunit alpha / Acetyl CoA synthase subunit / CODH/ACS / ACS subunit


分子量: 81816.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア) / 参照: UniProt: P27988, CO-methylating acetyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 7種, 1224分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4
#5: 化合物...
ChemComp-XE / XENON


分子量: 131.293 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#8: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8-10% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 20% glycerol, 200mM calcium acetate, 100mM PIPES pH 6.5, 2mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→49 Å / Num. all: 217468 / Num. obs: 217468 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 43.3 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.51→2.6 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 20805 / Rsym value: 0.422 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1MJG

1mjg


解像度: 2.51→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 9.127 / SU ML: 0.205 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.617 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 10717 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.182 203798 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20.21 Å2-0.63 Å2
2--1.21 Å2-0.59 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43321 0 228 1153 44702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.02244452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2841.98460308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.52155595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.47524.1981927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.786157582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.25615279
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.26679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0233479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.224542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.230737
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.22622
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2270.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0751.527834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.908244877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.197317229
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8144.515279
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A4998LOOSE POSITIONAL0.325
12B4998LOOSE POSITIONAL0.335
13C4998LOOSE POSITIONAL0.35
14D4998LOOSE POSITIONAL0.375
11A4998LOOSE THERMAL3.8510
12B4998LOOSE THERMAL4.2810
13C4998LOOSE THERMAL4.5810
14D4998LOOSE THERMAL5.9210
21M2446LOOSE POSITIONAL0.295
22N2446LOOSE POSITIONAL0.315
23O2446LOOSE POSITIONAL0.45
24P2446LOOSE POSITIONAL0.335
21M2446LOOSE THERMAL6.5610
22N2446LOOSE THERMAL8.0410
23O2446LOOSE THERMAL14.9610
24P2446LOOSE THERMAL2.7710
31M1263LOOSE POSITIONAL0.575
32N1263LOOSE POSITIONAL0.65
33O1263LOOSE POSITIONAL1.045
34P1263LOOSE POSITIONAL0.815
31M1263LOOSE THERMAL18.4110
32N1263LOOSE THERMAL17.2810
33O1263LOOSE THERMAL23.910
34P1263LOOSE THERMAL13.910
41M1676LOOSE POSITIONAL0.45
42N1676LOOSE POSITIONAL0.395
43O1676LOOSE POSITIONAL0.65
44P1676LOOSE POSITIONAL0.55
41M1676LOOSE THERMAL13.7110
42N1676LOOSE THERMAL17.810
43O1676LOOSE THERMAL22.1310
44P1676LOOSE THERMAL9.8610
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.575 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 801 -
Rwork0.277 14384 -
all-15185 -
obs-15185 91.77 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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