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- PDB-7c45: The crystal structure of Trypanosoma brucei RNase D complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c45
タイトルThe crystal structure of Trypanosoma brucei RNase D complex with RNA U12
要素
  • CCHC-type domain-containing protein
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Trypanosoma brucei (ブルーストリパノソーマ) / RNase D / guide RNA degradation / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA U12 / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PET complex / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / ミトコンドリア / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / CCHC-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.769 Å
データ登録者Gao, Y.Q. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019FY101500 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for guide RNA trimming by RNase D ribonuclease in Trypanosoma brucei.
著者: Gao, Y. / Liu, H. / Zhang, C. / Su, S. / Chen, Y. / Chen, X. / Li, Y. / Shao, Z. / Zhang, Y. / Shao, Q. / Li, J. / Huang, Z. / Ma, J. / Gan, J.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCHC-type domain-containing protein
D: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2676
ポリマ－37,0562
非ポリマー2114
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area14800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.449, 65.843, 99.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CCHC-type domain-containing protein / RNase D


分子量: 33427.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (ブルーストリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb09.211.3670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38DE2
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.65 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.769→50 Å / Num. obs: 28011 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.915 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.77-1.833.90.47325800.7870.2650.546190.2
1.83-1.914.10.38826810.8510.2110.4441.01892.8
1.91-1.994.10.31527870.8720.1720.361.00495.6
1.99-2.140.24527540.9110.1380.2831.02195.4
2.1-2.234.20.1828540.9450.0990.2070.99997.9
2.23-2.44.20.13728620.9650.0760.1580.97698.4
2.4-2.644.10.10728300.9780.060.1240.91696.2
2.64-3.034.30.07728610.9890.0410.0880.84597.1
3.03-3.814.20.04928560.9950.0270.0560.76595.4
3.81-5040.03629460.9950.020.0410.64193.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.769→36.84 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 1356 5.04 %
Rwork0.1925 25565 -
obs0.194 26921 91.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.45 Å2 / Biso mean: 22.2613 Å2 / Biso min: 13.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.769→36.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2262 197 4 225 2688
Biso mean--18.84 26.81 -
残基数----305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9893458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2891499
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7692-1.83250.28171230.2317215079
1.8325-1.90580.29751120.2304232184
1.9058-1.99260.26341420.2159242788
1.9926-2.09760.27481380.2147248091
2.0976-2.2290.2181380.2047265596
2.229-2.40110.24691310.2082267697
2.4011-2.64260.23131170.2086269996
2.6426-3.02490.23341620.203269397
3.0249-3.81040.20531360.1752271095
3.8104-36.840.17931570.164275493
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.5865 Å / Origin y: -5.6245 Å / Origin z: -11.48 Å
111213212223313233
T0.1661 Å20.0014 Å20.0153 Å2-0.1781 Å20.0244 Å2--0.1883 Å2
L0.2102 °20.147 °20.3261 °2-0.5495 °20.4562 °2--0.8558 °2
S0.0364 Å °-0.0194 Å °-0.0332 Å °0.0222 Å °0.0041 Å °-0.0598 Å °0.0185 Å °0.0214 Å °-0.0438 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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