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- PDB-7c41: KRAS G12V and H-REV107 peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c41
タイトルKRAS G12V and H-REV107 peptide complex
要素
  • GTPase KRas
  • HRAS-like suppressor 3
キーワードONCOPROTEIN/HYDROLASE / KRAS G12V / H-REV107 / inhibitor / STRUCTURAL PROTEIN / ONCOPROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane disassembly / ether lipid metabolic process / regulation of adipose tissue development / organelle disassembly / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity ...membrane disassembly / ether lipid metabolic process / regulation of adipose tissue development / organelle disassembly / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / peroxisome organization / N-acyltransferase activity / phospholipid biosynthetic process / phospholipase A2 activity / lens fiber cell differentiation / phospholipase A2 / peroxisomal membrane / forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / triglyceride metabolic process / acyltransferase activity / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / localization / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / phospholipid metabolic process / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / lipid catabolic process / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / small monomeric GTPase / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / mitochondrial membrane / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / response to bacterium / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / visual learning
類似検索 - 分子機能
Lecithin retinol acyltransferase / LRAT domain profile. / LRAT domain / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family ...Lecithin retinol acyltransferase / LRAT domain profile. / LRAT domain / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase KRas / Phospholipase A and acyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.276 Å
データ登録者Han, C.W. / Jeong, M.S. / Jang, S.B.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1D1A1B07043701 韓国
引用ジャーナル: Cancers (Basel) / 年: 2020
タイトル: A H-REV107 Peptide Inhibits Tumor Growth and Interacts Directly with Oncogenic KRAS Mutants.
著者: Han, C.W. / Jeong, M.S. / Ha, S.C. / Jang, S.B.
履歴
登録2020年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
D: HRAS-like suppressor 3
J: GTPase KRas
M: GTPase KRas
G: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,05513
ポリマ－81,1855
非ポリマー1,8708
水1,49583
1
A: GTPase KRas
D: HRAS-like suppressor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6124
ポリマ－21,1452
非ポリマー4682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
2
J: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4813
ポリマ－20,0141
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
3
M: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4813
ポリマ－20,0141
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area8380 Å2
手法PISA
4
G: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4813
ポリマ－20,0141
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.907, 84.339, 84.335
Angle α, β, γ (deg.)59.98, 89.96, 89.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 20013.539 Da / 分子数: 4 / 変異: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01116
#2: タンパク質・ペプチド HRAS-like suppressor 3 / Phospholipase A and acyltransferase 3 / Adipose-specific phospholipase A2 / AdPLA / Group XVI ...Phospholipase A and acyltransferase 3 / Adipose-specific phospholipase A2 / AdPLA / Group XVI phospholipase A1/A2 / H-rev 107 protein homolog / HREV107-1 / HRAS-like suppressor 1 / HRSL3 / HREV107-3 / Renal carcinoma antigen NY-REN-65


分子量: 1131.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53816, phospholipase A1, phospholipase A2
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.31 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: polyethylene glycol 3350, 0.2 M potassium nitrate at pH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 45859 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.27→2.3284 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 2465

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UQW

5uqw


解像度: 2.276→36.522 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 29.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2834 2143 4.67 %
Rwork0.2603 --
obs0.2613 45859 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.276→36.522 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5427 0 116 83 5626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.167627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6193397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058859
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005969
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.276-2.32840.28841160.22452996X-RAY DIFFRACTION99
2.3284-2.38670.28781710.21622797X-RAY DIFFRACTION100
2.3867-2.45120.30751040.20912985X-RAY DIFFRACTION100
2.4512-2.52330.24882060.19152850X-RAY DIFFRACTION100
2.5233-2.60470.2567920.19593012X-RAY DIFFRACTION100
2.6047-2.69780.27641770.21732865X-RAY DIFFRACTION100
2.6978-2.80570.34471500.23652952X-RAY DIFFRACTION100
2.8057-2.93340.26941500.22992834X-RAY DIFFRACTION100
2.9334-3.0880.28121540.23732884X-RAY DIFFRACTION100
3.088-3.28130.2381810.25562938X-RAY DIFFRACTION100
3.2813-3.53450.3893880.2782956X-RAY DIFFRACTION100
3.5345-3.88980.28291520.28232887X-RAY DIFFRACTION100
3.8898-4.45180.29651260.27532948X-RAY DIFFRACTION100
4.4518-5.60560.2639960.28922946X-RAY DIFFRACTION100
5.6056-36.5220.28121800.32032866X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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