PDB-7c62: The Crystal Structure of Parkinson disease protein 7 (DJ-1) from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c62

タイトル

The Crystal Structure of Parkinson disease protein 7 (DJ-1) from Biortus

要素

Protein/nucleic acid deglycase DJ-1

キーワード

CHAPERONE / oxidative stress sensor / redox-sensitive chaperone / protease

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly ...tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / glycolate biosynthetic process / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / negative regulation of protein acetylation / methylglyoxal metabolic process / detoxification of mercury ion / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / protein deglycase / mercury ion binding / protein deglycase activity / positive regulation of dopamine biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate biosynthetic process / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / protein repair / peptidase inhibitor activity / cellular detoxification of aldehyde / peroxiredoxin activity / small protein activating enzyme binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / detoxification of copper ion / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein export from nucleus / membrane hyperpolarization / cupric ion binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / insulin secretion / oxygen sensor activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / nuclear androgen receptor binding / hydrogen peroxide metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / signaling receptor activator activity / cuprous ion binding / regulation of synaptic vesicle endocytosis / androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / membrane depolarization / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / removal of superoxide radicals / SUMOylation of transcription cofactors / enzyme activator activity / regulation of mitochondrial membrane potential / adult locomotory behavior / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / adherens junction / mitochondrion organization / positive regulation of protein-containing complex assembly / Late endosomal microautophagy / PML body / mitochondrial intermembrane space / positive regulation of protein localization to nucleus / autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / kinase binding / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / synaptic vesicle / glucose homeostasis / peptidase activity / cell body / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.027 Å

データ登録者

Wang, F. / Lin, D. / Lv, Z. / Tan, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Parkinson disease protein 7 (DJ-1) from Biortus.
著者: Wang, F. / Lin, D. / Lv, Z. / Tan, J.

履歴

登録	2020年5月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / database_2 / struct Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c62.cif.gz	55.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c62.ent.gz	36.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/7c62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/7c62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pdvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6e5z-d 4oq4-d 2rk4-d 6afj-d 2rk3-d 1pdv-d 6afh-d 6af5-d 3ezg-d 6m8z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein/nucleic acid deglycase DJ-1

ヘテロ分子

22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.570, 74.570, 74.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7 / Parkinsonism-associated deglycase ...Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1 分子量: 21930.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, protein deglycase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.1 M DL-Malic acid pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.027→50 Å / Num. obs: 16019 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.03→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.506 / Num. unique obs: 786

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1pdv

1pdv

解像度: 2.027→26.446 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / WR_factor R_free: 0.174 / WR_factor R_work: 0.152 / SU B: 2.51 / SU ML: 0.069 / Average fsc free: 0.961 / Average fsc work: 0.9667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1736	847	5.292 %
R_work	0.152	15158	-
all	0.153	-	-
obs	-	16005	99.732 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.486 Å²	0.243 Å²	0 Å²
2-	-	0.486 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.577 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.027→26.446 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1375	0	6	151	1532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.636	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.195	1.579	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.613	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.381	23.509	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.934	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.732	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.14	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	599
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.949	2.72	754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.94	2.718	753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.561	4.074	943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.56	4.077	944
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.432	2.962	658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.431	2.965	659
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.354	4.334	965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.353	4.337	966
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.185	33.841	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.003	33.318	1507

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.027-2.08	0.232	60	0.204	1093	X-RAY DIFFRACTION	98.295
2.08-2.137	0.167	65	0.181	1066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.137-2.199	0.206	46	0.167	1082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.199-2.266	0.156	65	0.16	993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.266-2.34	0.184	49	0.155	994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.422	0.227	52	0.156	957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.422-2.514	0.169	55	0.162	921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.514-2.616	0.182	57	0.163	880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.616-2.732	0.177	51	0.157	857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.732-2.865	0.192	40	0.159	830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.865-3.02	0.202	36	0.153	794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.203	0.184	28	0.152	758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.203-3.423	0.17	40	0.145	696	X-RAY DIFFRACTION	99.8643
3.423-3.697	0.15	53	0.131	639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.697-4.048	0.128	37	0.122	603	X-RAY DIFFRACTION	99.844
4.048-4.524	0.19	30	0.131	553	X-RAY DIFFRACTION	100
4.524-5.219	0.176	36	0.13	487	X-RAY DIFFRACTION	99.8092
5.219-6.382	0.137	19	0.18	429	X-RAY DIFFRACTION	99.7773
6.382-8.982	0.139	13	0.159	337	X-RAY DIFFRACTION	98.8701
8.982-26.446	0.204	15	0.184	189	X-RAY DIFFRACTION	93.1507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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